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文章 基因组重复序列分类 转座子

...发玉米GBSSI基因突变形成等位基因,从而改良了淀粉品质[2]。然而,对于转座子是如何调控植物基因表达这一问题认识还较为模糊。近年来,国内外学者在植物转座子类型和结构特征、活性及其影响因素、预测方法及标记开发等...

文章 Linux主分区、扩展分区、逻辑分区 区别与联系

...,硬盘之能够分给为四个主分区。如果此时一块硬盘有120个G,而管理员划分了4个主分区,每个主分区的空间为20个G。那么总共才用去了80G的空间。这块硬盘剩余的40G空间就将无法使用。这显然浪费了硬盘的空间。         为...

文章 论文“挑错”哪家强?中国学者64字diss柳叶刀论文,过于霸气!

...常严谨的, 但是,有人发现了这篇论文的一些缺陷: 2019年6月29日,北京协和医学院邓晓明等人,在线发表题为“Pain relief during labour”的通讯文稿, 该文章仅仅只有64字,直指关键之处,非常霸气! 全文64个字翻译下来就是...

文章 特殊染色技术的原理及其在实践中的应用

...毛细血管中的纤维素、以及神经病理等方面进行染色   2、PAS染色 原理:高碘酸是一种氧化剂,它能破坏多糖结构的碳键。组织切片首先用高碘酸溶液氧化,使存在于组织多糖分子的乙二醇基或氨羟基的碳键打开,生成醛基...

问题 GO注释:blast了nr数据库并通过blast2go获得了GO注释号;也通过blast了swiss-prot数据库获得了GO注释号。这两个结果需要合并吗?

... 首先,我在本地将我的序列blast了nr数据库,并导入blast2go软件进行了GO注释,并获得了go注释号。另外,我还将数据在本地比对swiss-prot数据库并进一步获得了GO注释号。 1. 我想在想讲这个结果导入WEGO进行作图,请问上面两份结...

文章 IF:8.8|TCGA+ceRNA+肝癌文献解析

...进行差异表达分析,获得各自的差异mRNA、lncRNA以及miRNA。2.对两组差异lncRNA取交集,获得的lncRNA在tarbase数据库中预测下游miRNA;预测到的miRNA与差异miRNA取交集,获得的miRNA在miRDB、TargetScan数据库中预测靶mRNA;预测到的靶mRNA与差...

文章 工程院院士论文造假,我国的院士到底是怎样评选出来的?

2019年注定是学术圈“动荡” 的一年, 由年初的“不知知网”的翟博士起头, 依次拉开来了我国学术风气整治的大幕: 各大高校严把毕业论文质量大关还不算,还清除退学了一大波不合格的研究生, 年中才曝出中国工程院...

问题 Circos画图时,想把连接的线换成不同的颜色,配置文件怎么改,基因ID的颜色怎么改?

...abel_parallel=no    label_radius=dims(image,radius)-350p    label_size=25    radius=0.90r    show_label=yes    <spacing>        default=0.005r    </spacing>    stroke_color=dgrey    stroke_thickness=2p    thickness=0.03r</ideogram>karyotype=/Users/823371123/De...

文章 TCGA数据分析机构及编码汇总 Center

...IT and Harvard BI 麻省理工学院和哈佛大学博劳德研究所 2 hms.harvard.edu CGCC Harvard Medical School HMS 哈佛医学院 3 lbl.gov CGCC Lawrence Berkeley National Laboratory LBL 劳伦斯·伯克利国家实验室 4 mskcc.org CGCC Memorial Sloan-Ketter...

文章 BSA分析算法中的ED算法和SNP-index有什么区别?

...噪音能力,一大优势就是无需亲本的信息即可进行定位,2015年一篇《Genome Research》(文末有文章信息)上刊发的文献将该方法构建群体和数据分析的步骤总结如下:  SNP-index算法 该算法也是大有来头,一篇来自《Nature Biotechn...

文章 新物种!世界首例“猪猴混合体”在中国诞生,你能接受吗?

...因的胚胎被植入母猪子宫内, 共有10只仔猪出生,其中2只嵌合体,8只没有嵌合, 这10只猪仔在一周内均死亡,原因尚不明确。 猪猴嵌合体,是为了培育即用型人体器官 通俗来讲,做这个实验的目的,就是希望今后猪的身...

文章 胃癌免疫侵润预后Signature数据挖掘-4.8分SCI思路解析

...UCSC Xena 网站下载得到用于预测模型构建;GEO数据库中 GSE62254 and GSE29274数据集用于模型验证。免疫侵润分析方法:ESTIMATE (R包)和 CIBERSORT (在线工具),ssGSEA(GSVA)。 预后signature查找: 免疫评分聚类区分免疫亚型 根据ssGSEA ...

文章 简述一代、二代、三代测序技术在应用上的区别

...的价格是1.3万3G数据,现在1000块钱6G数据,6年间价格降了20多倍。 3年前三代全长转录组还得8万8G,而上个月已经有公司打出了1万20G的价格,3年间价格就降了20倍! 我相信不少老师手里还有3年前测的三代测序数据没看,相当于...

文章 MFP - Molecular Functional Portrait

...pressionsexp = pd.read_csv('expression.tsv', sep='\t', index_col=0)  # log2+1 transformed; Genes in columnsexp=exp.T# Calc signature scoressignature_scores = ssgsea_formula(exp, gmt)# Scale signaturessignature_scores_scaled = median_scale(signature_scores)signature_scores_scaled.to_csv('signature_s...

文章 微生物组间差异分析之LEfSe

...用的非参数因子Kruskal-Wallis秩和检验检测出biomarker。 Step2:基于上步的显著差异物种基因,进行两两组之间的Wilcoxon秩和检验,检测出组间差异。 Step3:线性判别分析(LDA)对biomarker进行评估差异显著的物种的影响力(即LDA score...