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问题 fastq.gz文件合并

双端测序，同一个样品重测序数据是分两台机器测的，导致释放给我的fastq.gz文件有两份，我能在linux中采用下面的命令直接将两份文件合并吗？会影响文件里的read？ zcat filename.R1.fastq.gz  filename2.R1.fastq.gz | gzip - > filename. R1.fa...

问题 基因家族分析orthfinder运行过程中出现的问题

运行自检都正常，但是到这里就自动停止了，数据有一部分但是不完整。这个是什么原因导致的呢？如何解决呢？我用的是2CPUs，5线程。

问题 关于代谢组学的原始文件处理

老师您好，我去找测序公司提供原始数据，准备按照代谢组课程进行分析，但是公司提供的全是后缀.raw的文件，并说没有excel之类的或者什么矩阵文件，只有波谱峰度，请问我该如何进行下一步处理或分析？

问题 关于lncRNA的转录因子预测

...录因子预测的那个视频感觉真的很严谨特别好，通过TCGA数据转录组（mRNA+lncRNA）做差异分析，然后去做转录因子预测，往往发现，最后预测网络里的lncRNA特别少或者没有，能不能通过其他办法去提高lncRNA的数量或者更有针对性的...

问题 甲基化探针cg号转换为基因名

老师您好，我下载了tcga甲基化芯片数据，其中一个甲基化位点的cg号对应了多个基因，请问我在将cg号转换为基因名应当如何做？ 比如下面这个探针号对应了三个基因名

问题 医学癌症TCGA-差异基因表达分析课程代码报错

老师您好，我按照视频课程的代码运行到保存数据的时候出现这个报错，但是看不懂什么原因，请问怎么解决呀

问题 mysql database里找不到文件

老师好，在做基因组注释的时候，先按照mysql_server.sh的流程设置了一遍，没有修改任何东西。但是在运行PASA_assembly时报错，说mysql数据库里没有我的物种。我记得视频里您也没有修改。这是哪一步出问题了呢？

问题 群体研究合辑work.sh脚本运行问题2

你好，我在服务器上运行work.sh脚本，用的是示例数据，在做这一步时报错了，请问改怎么解决？

问题 基因组偏大

...基因组大小估计的每个品种测序50G，大约30×，目前用hifi数据组装了最初版基因组，组出来的基因组偏大，再怎么处理呢？文献中的图表如下

问题 NCBI下载基因组文件作基因家族分析

从NCBI数据库下载的基因组文件作基因家族分析和Ensembl下载的文件有哪些区别，需要怎么转换文件，gff和gff3文件差异还是挺大，

问题 raw data和clean data有什么区别？

我做了些转录组，测序公司给原始数据的时候说是有raw data和clean data之分，请问这两者有什么区别？

问题 糖苷水解酶家族1 在茶树染色体的定位图

如何绘制染色体定位图？ 这部分数据在基因组里找吗？哪个文件呀？

文章 R语言的小tip

...使用size参数时，将字号用函数I()引起来 0-1标准化是指将数据按比例缩放，使之落入0-1区间：x=（x-min）/（max-min）

文章 TCGA中癌症的名称，简写和中文名称

TCGA数据库中含有的癌症名称，简写和中文名称 Cohort 英文名称 中文名称 ACC Adrenocortical carcinoma 肾上腺皮质癌 BLCA Bladder Urothelial Carcinoma 膀胱尿路上皮癌 BRCA Breast invasive carcinoma 乳腺浸润癌 CESC Cervical squamous cell car...

问题 如何添加内参物种构建进化树

...但是我们没有重测序这些需要添加的内参物种，拿不到snp数据，我知道该怎么办了，请老师指点迷津，十分感谢。