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文章 IF=4.9 | 多倍体割手密IAA基因家族分析鉴定

...因家族三个组中挑选代表基因的蛋白序列提交给SWISS-MODEL数据库，采用同源建模方法进行预测。如图所示：在二维β3和β4位置处（蓝色椭圆），三维结构展现出不同的保守性。 其中SsIAA15c（组II）缺乏β3和β4，SsIAA23（组 III）具...

问题 Launch_PASA_pipeline.pl脚本报错连不上mysql?

...装转录本的时候遇到如下报错，应该怎么解决？我的mysql数据库是配置好的 -connecting to MySQL db: Specie_name_pasa -*** Running PASA pipeine: * [Wed May 15 16:19:38 2024] Running CMD: /share/work/biosoft/PASApipeline/PASApipeline-v2.5.2/scripts/create_mysql_cdnaassembl...

文章 根据fastq ID列表，输出指定ID对应的双端或单端fastq文件

...ean文件的其中一端出现了错误，我们手里还持有他的原始数据，那我们就可以用以下方法处理1，首先提取clean文件另一端的id，我用了python脚本 import gzipimport argparsedef extract_gene_names(input_fastq_gz, output_file):    with gzip.open(input_fastq...

文章 华科一教授论文抄袭：篮球论文抄足球论文，踢“篮球”你见过没？

...本、硕、博论文库等，统统进行比对! 你可想而知，这个数据量有多大，而且还在每天不端增加、不端更新中， 所以，你写的任何一句话，别人都有可能已经写了， 尤其是常识，或者是专业范围内是公认的内容， 一些常用...

文章 R语言绘制频数、频率分布直方图

...的中心点；  利用返回值，我们可以用hist函数统计一串数据在不同区间的频数分布 更多R语言绘图 将学习  R语言快速入门与提高。

文章 连锁不平衡原理与计算（LD）

...于1时, 表示完全连锁不平衡。 视频课程推荐： 重测序数据自主分析：https://study.163.com/course/introduction/1210221805.htm?share=1&shareId=1030291076群体遗传进化分析https://study.163.com/course/introduction/1212073805.htm?share=1&shareId=1030291076

文章 熊猫全基因组研究进展

...可行性。2016年，Yibo等人[2]结合82x新的大熊猫基因组测序数据以及Ruiqiang等人发表的第一个大熊猫基因组测序数据重新组装了大熊猫基因组，新的大熊猫基因组质量的到了改善，其中contig N50从40kb提升到126.71kb，scaffold N50 从1.28Mb到...

文章 病毒衍生的small RNAs： 宿主与病毒互作的分子“证据”

...，并组装成长的连续序列，再通过组装序列与已知的病毒数据库进行比对，找到相似度非常高的病毒。而当在比对过程中找不到与任何已知的参考序列有相似之处时，则可以利用vsRNA的一些分子特征用来识别潜在的病毒。 利用...

文章 picrust1 16S 微生物功能预测

...u_params.txt # rdp, blast,rtax, mothur, uclust, sortmerna #如果是ITS/18S数据，数据库更改为UNITE，assignment_method方法改为blast。详细使用说明，请读官方文档http://qiime.org/scripts/assign_taxonomy.html #echo assign_taxonomy:assignment_method rdp >>otu_params.txt ...

文章 计算lncRNA 与基因的表达相关性

...4 0.00 0.00 0.00 > dim(lncRNA) [1] 100 5 从lncRNA 的表达数据来看，是5个lncRNA 在100个样本中的表达量矩阵。 2. 获得 gene 的表达矩阵 > head(gene) gene 1 gene 2 gene 3 gene 4 sam1 7.66 7.19 7.30 6.98 sam2 1.34 0.29 1.77 1.61 sam3 0...

文章 分离NR NT库，快速blast本地比对同源注释基因

...对全库的话，就太浪费时间了，我们可以根据NCBI的分类数据库将数据库分开，可下载如下文件，然后利用下面的perl脚本就可以把NR或者NT库分开成小库： wget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nr.gzwget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast...

文章 1000G千人基因组计划人群缩写对照表

...ricanAMR, Ad Mixed AmericanEAS, East AsianEUR, EuropeanSAS, South Asian 数据来源：http://www.internationalgenome.org/faq/which-populations-are-part-your-study/

文章 FGF21突变让你吃多甜食也不发胖？

...8133等位基因可能造成了FGF21功能降低。同时，和身体测序数据的关联分析却表明rs838133等位基因拥有者竟然有更低的体脂含量。 还有天理吗？某些人竟然可以天天吃甜心而不发胖。如果您也发出了这样的感慨，那么看完下一段...

文章 重测序遗传图无验证刊发在《GIGA SCIENCE》上

...硬度、烯禾啶（一种除草剂）抗性，所有性状记录两年的数据。 主要结果概述： 1. 遗传图谱的构建：使用3437个bins构建了包含9条连锁群、总图距为1927.8 cM的高密度遗传图谱 2. 性状的基因定位：5个质量性状（叶片颜色、刺毛...

问题 请教用gtf文件获取基因与mRNA的对应关系的问题

部分分析数据及结果.zip我在ensembl上下载了一个基因组，该基因组是用gtf格式进行注释的，用perl脚本无法建立基因与mRNA的对应关系（mRNAid_to_geneid/ geneid_to_mRNAid），分析结果不能显示mRNA ID。 于是我在网站搜索到GFF与GTF格式转换...