蓝色背景的是我shell中的程序，黑色的是视频中的程序，在运行到原始测序数据两端合并时，出现以下错误，请指教问题所在
...，直接影响结果的大小比较，比较迷茫，如何根据自己的数据去调整合适的参数大小
...用引号引起来："Stage IA" --fdr 0.05 --fc 2 设置差异基因的筛选条件：显著性和差异倍数（默认fdr=0.05，fold change=2） 使用举例： $$Rscript DEG_limma.R -e TCGA-ESCA_gene_expression_Counts.tsv \ > --fdr 0.05 --fc 2 -m metadata.group.tsv -t subtype.hclust ...
按照课上讲述，使用虚拟机安装了docker，启动和进入容器没有问题，但是共享的文件夹里的数据文件看不到，尝试了restart，也不行，情况如附图所示。求指点，多谢！
基因组重测序数据分析视频课程： https://bdtcd.xetslk.com/s/1VQOjQ 或者扫码二维码： 可以使用tassel GWAS分析软件 转换： perl /share/work/biosoft/tassel/tasseladmin-tassel-v5/run_pipeline.pl -Xms64G -Xmx64G -fork1 -vcf ../gwas_sub/snp.sorted.vcf -export ./hapm...
...db xxx.fa -out out.txt -evalue 1e-5 -outfmt 6 -db: 指定blast搜索用的数据库，同建库步骤的序列 -query:用来查询的输入序列，fasta格式 -out：输出结果文件 -evalue: 设置e值cutoff，e值越小，相似度越高 -outfmt format：设置输出格式， 6是tab格式...
在使用conda安装CARD数据库自带软件rgi的时候，发现一直卡在Solving environment这一步，查了不少攻略也没能解决问题， 结果换了mamba后瞬间就安装上了，安装非常方便 conda install mamba -c conda-forge 上后续使用更加方便，只需要把开...
...择，使项目与组织业务目标一致；一方面通过自下而上的数据归集，为管理者分析和决策提供客观实时数据支持。 CORNERSTONE基石协作是一个一站式项目管理协作平台 结合应用了 销售管理 运营管理 产品&am...
...含要进行相关性分析的两个变量，且两个变量需为数值型数据，如下列表格所示： barcodeHRDIRPSTCGA-A1-A0SB-01A-11R-A144-07013.47TCGA-A1-A0SD-01A-11R-A115-072520.22TCGA-A1-A0SE-01A-11R-A084-071519.54 更多脚本参数设置及说明 初次使用脚本时，可以通...
...er add those bins manually to this pathway or choose a different Pathway! 数据ID和mapping文件里边的BIN已经是对应的了，但是相关的通路却打不开，这是为什么？
...的对照样品比较计算后可以获得DNA的倍性关系。 2. 测序数据分析 Smudgeplot： 从k-mer数据库中提取杂合k-mer对，然后训练这些杂合k-mer对。通过比较k-mer对覆盖度的总数CovA+CovB和相对覆盖度CovB/(CovA + CovB)统计杂合k-mers对的数量，解...
在学习比较基因组课程中，我使用从葫芦库基因组数据库中下载的genome.fa,cds.fa,pep.fa,gff文件运行01.prepare_data.sh脚本时可以正常的获得gff文件，但是在提取cds和ped时，出现报错 报错如下
您好，我看了您发布的《pacbio 三代全长转录组数据分析流程 Iso-Seq 3》的文章，另外我在github 上也看了isoseq3的流程，发现您的文章中没有isoseq3 refine 这个步骤。不过虽然github上有这个步骤，但是isoseq3 中并没有refine 这个工具（...
例如这样的数据 GSVIVG01025691001 GSVIVG01026145001 GSVIVG01014236001 GSVIVG01021397001
...sembly文件，我看教程里似乎要组装后genome.fa文件进行与hic数据的比对，但是verkko的组装结果文件里似乎没有这个文件？