问题 kmer分析与最后组装基因组大小不同

用kmer分析，gce以及genomescope软件评估基因组大小为900m左右，但是我用hifiasm组装和用canu组装去冗余后基因组大小只有760m左右，想问一下后面该怎么做呢，这种情况正常吗。

问题 用于动物基因家族成员的顺式作用元件分析的数据库

请教老师，是否有用于动物基因家族成员的顺式作用元件分析的数据库？PLANTCARE是植物的

问题 泛基因家族分析

不同品种基因组的保守型不是挺高的吗？为啥都是WRKY家族，成员数量差这么多，11和12是野生种，3是栽培种。基因组当时没下载错误吧。

问题 请问扩增子分析的时候保留多少条OTU/ASV比较合适？

请问扩增子分析的时候保留多少条OTU/ASV比较合适

问题 基因家族扩张收缩分析中，如何才算是显著扩张和显著收缩呢？

基因家族扩张收缩分析中，如何才算是显著扩张和显著收缩呢？

问题 基因组质量比较差，处于草图阶段，可以做基因家族分析吗？

基因组质量比较差，处于草图阶段，可以做基因家族分析吗？

问题 共线性分析

我根据课程的讲解步骤是一样的，包括文件的设置等等，我目前做的是下面第一张图片的蓝色部分出现问题 我运行后出现的错误提示是下面图片的样子 请问是什么原因？检查了路径没有什么错误。谢谢~~

问题 请问在提取对大豆进行共线性分析，在提取一条大豆转录本的cds时候脚本怎么修改，大豆转录本没有.1或者.2用的是组学大讲堂基因家族分析课程的的提供的脚本

问题 老师，您好，我在做wgcna分析时，灰色模块内的基因数量占总基因数量的五分之一，是所有模块中基因数量最多的一个模块，但是我后续分析的结果很好，这样做合理吗？

问题 老师您好！我想请教您关于土壤微生物分子网络构建的问题。我的实验材料是某一林地四个季节的土壤样本，每季节三个重复，三个重复样本能用conet构建网络吗？如果不可以，可以用四个季节的样本（12个样本）放一起做网络吗？这样合理吗（要怎么解释这个网络）？谢谢！

问题 基因加倍与串联重复分析

老师，在进行基因加倍与串联重复分析时，输入该命令：blastall -i pep.fa -d pep.fa -e 1e-10  -p blastp  -b 5 -v 5 -m 8 -o mcscan/AT.blast，运行结束后，MCScanX出现如下问题： 打开pep.fa查看序列为： 在AT.blast文件中没有查找到K5AEM0的结果，...

文章 单细胞转录组质控提示词

...aCp pattern (ZemaCp002, ZemaCp003, ...) # 玉米根尖单细胞转录组分析流程提示词 ## 一、单细胞质控提示词 ### 任务目标 请根据提供的 Cell Ranger 输出目录、样本信息表格及质控标准，生成 Shell 脚本 `02.data_QC.sh`。 ### 背景信息 ...

文章 bcftools建索引报错：Chromosome blocks not continuous

...建索引时报错了（Chromosome blocks not continuous）： 此时并不知道报错内容中所指的“染色体区段不连续”是什么问题 查看vcf文件前几行： 发现VCF文件似乎排序有问题，于是提取了前几行建索引： zcat filter2.vcf.gz|head -n 100 >f...

问题 老师能出个无参转录组拼接和分析的视频吗？

最好能详细一些，也讲一讲一些冷门物种的分析手段，是否可以考虑？

问题 使用promo网站分析动物顺式作用元件遇到问题

老师好，我在使用promo网站分析动物顺式作用原件时，在物种分类里没有我的物种，就选择了较近的分纲，得出的数据放入tbtools可视化得到的图片好奇怪，密密麻麻的，是不是有哪里出问题了。