...异作为一个影响因素重要性的判断标准。 一般拿到生存数据之后，可以基于生存状态，和生存时间进行KM分析，获取中位生存时间。 比如下面的生存分析表（部分截图）： 可以采用如下代码进行生存分析： # 估计KM生存曲...
...排队上。转录组实验从样品寄送、RNA提取、建库、测序、数据分析，每一步都得排队。 小编算了一下，如果每一环节都能立马承接上，一个转录组项目10天之内就能出分析结果了。 所以说能自己动手的还是自己来比较快，实验...
使用说明： metadata添加基因表达结果。 基因表达文件行为不同基因，列为不同样本， 只要是列为不同样本的文件都可以用这个脚本合并到metadata中； $Rscript $scriptdir/merge_metadata_genexpdata.r -husage: /share/nas1/huangls/test/TCGA_immu/scripts...
...kmer分析来实现。kmer分析通常都是基于30到80×的二代测序数据去完成。 如何预估自己所需测序数据量？ 1. 流式细胞仪： 通过测量细胞核的DNA含量来估算基因组大小，1pg=978M； 2. 网站查询： 植物基因组大小查询：https://cvalues....
...过下载拟南芥的家族基因序列，用于本地blast我的转录组数据，获得62个含结构域的基因。通过CDD-search确定其中46个基因含有完整的结构域，但有16个基因只有部分结构，如图，黄色标记的是含部分结构域的基因。这些基因我怎么...
...好 2017年5月份，网上有一份关于移动APP月活跃度的排名数据，在这份排行榜中，前十四名里，腾讯的产品就占了七款。 这个耀眼的数据足以说明，腾讯的产品是有多受欢迎。 腾讯的产品为什么会那么好呢？其实这和腾讯的创...
...的方法。它是多元回归分析的直接扩展，用于多变量响应数据建模。 RDA是生态学家手中极其强大的工具。3.环境因子关联分析——我应该选择CCA还是RDA分析 先用species-sample数据（97%相似性的样品OTU表）做DCA（det...
学术造假这种事儿，每年都层出不穷， 有人伪造实验数据，有人侵吞他人学术成果， 有人不知知网，还有人“借鉴”别人一字不差。 各种让人瞠目结舌的科研造假事件让人眼花缭乱、哭笑不得， 而现在，学术造假又多了另...
...日发核心! 一、什么是核心期刊? 国内期刊大约12000余本(数据来自知网统计)，如此数目庞大的期刊数，从学术水平来看自然要分三六九等。 分等级就要有一套分级“标准”，这“标准”即核心期刊遴选体系， 事实上，这个“...
...表，就可以把杂合位点编码成一个字母记录序列信息： 数据来源：https://www.bioinformatics.org/sms/iupac.html IUPAC nucleotide codeBaseAAdenineCCytosineGGuanineT (or U)Thymine (or Uracil)RA or GYC or TSG or CWA or TKG or TMA or CBC or G or TDA or G or THA or C or TVA or C o...
...通货，没有，路当然艰难！ 困境之三：延毕 根据最新数据显示，2017年我国博士研究生延毕率为65.67%， 并且最近这几年，虽然博士招生每年都在增长，但是延毕率也在不断上涨！ 一大半以上的博士都不能正常毕业，你能不...
...itol需要的配置文件美化进化树。下面给出例子： . 示例数据 1. 进化树数据 abunt-tree.nwk： ((OTU_47:0.101892516,OTU_46:0.205918075)0.999:0.12637554249999997,((OTU_7:0.079452354,(OTU_9:0.03389913,OTU_35:0.011411273)0.857:0.016187755)0.936:0.055036757,(((OTU_10:0.17870224...
...wa相同的对齐，并且速度约为1.3-3.1倍，具体取决于用例、数据集和运行机器，近期的版本极大降低了内存和存储使用量（使用了FM-index，和 8x compression） 最初的bwa是由李恒开发的. bwa-mem2的性能增强主要由英特尔并行计算实验室...
...绘制的时候出现报错： 出现这个报错的原因是在输入数据应当是一个有名字的list，要求是这个list中的每个元素都有名字。 venn <- list(A,B,C)names(venn) <- c("A","B","C") 这样之后再进行绘制就没有问题了 附： VennDiagram绘...
...示报错，但是输出文件是空文件 所用代码： 所用数据从jgi网站下载