...引起来： “Stage IA” --fdr 0.01 --fc 2 设置差异基因的筛选条件： 显著性和差异倍数 使用举例： Rscript $scriptdir/edger_analysis.r -i ../01.TCGA_download/TCGA-STAD_gene_expression_Counts.tsv \ --fdr 0.01 --fc 2 \ -m ../03.TIME/metadata.group.tsv -t subtyp...
...32门生物信息视频教程，涵盖转录调控、基因家族、癌症数据库挖掘、微生物研究、编程语言（R、Python、Perl）等方向，学员数量超过20000人！多门课程被推送到网易首页推荐位，并在18年的金云奖评选中荣获平台潜力奖！ 组学...
... 2、信息安全 很多互联网软件服务企业，相关的重要数据都只能在内网中获取，但是如今在家办公，导致公司迫不得已必须开放部分数据权限，但是，对于苹果来说，涉及到硬件开发配套软件的信息，员工还是必须得去苹果...
...基因的表达分布，小提琴图（Violin Plot）因其能同时显示数据分布和密度，成为科研绘图的热门选择。然而，传统工具如R、Python的绘图流程往往涉及繁琐的文件处理、颜色搭配调试和图例优化等，让研究者耗费大量时间，更是令...
...道，经过log2转换过。然而下面出现了log2（G/R），完全使数据的正负性发生了改变，进而影响了我对logFC的判断，不知道该探针到底是上调还是下调了。
...tte = "Set1" )# 边框色,貌似不能变为无边框 #准备韦恩图数据列表，一列为一组ID data<-read.table("data.txt",header=T,check.names = F,stringsAsFactors = F,sep="\t",fill=T,na.string="") x<-as.list(data) x<-lapply(x,na.omit)
... 参数说明： -i 基因表达量 ， 建议用TPM标准化之后的数据： IDTCGA-D7-A74A-01A-11R-A32D-31TCGA-BR-7704-01A-11R-2055-13TCGA-VQ-A91N-01A-11R-A414-31TCGA-CD-A4MH-01A-11R-A251-31NUP5018.6550531.5923228.2338228.76485CXCR464.85805125.12356.3524469.98976NT5E111.481869.858779.373...
老师课中 用到的泛基因列表为上面这张，我根据课程泛基因集构建做出的表为下面这个，为什么格式也不一样呢？另外，课程中用到的结构变异分析结果以及基因表达量数据表格，老师说提前下载的，请问哪里可以下载呢？
利用《群体遗传进化课程》提供的原始数据，步骤如PCA，structure等都能重复出结果，但LDdelay绘图时，出不了图。 教程中此步本应该输出更多文件，包括LD绘制图，但是实际只输出了以上3个文件。
...国际顶尖学术期刊上的论文， 学霸姐姐觉得，这个实验数据，价值真的不是很高， 借助实验数据的手段，分析“诚信”这类道德判断方面的问题，算不上什么高明的方法， 并且，作为发表在《science》这样顶级学术期刊上的...
应该如何解决？代码与报错如下，数据来源：ncbi的参考基因组注释文件。 /share/work/biosoft/TransDecoder/latest/util/gff3_file_to_proteins.pl --gff3 $species.longest_isoform.gff3 --fasta $genome --seqType CDS >$species.cds.fa#提取pep序列/share/work/biosoft/TransD...
...列较短，所以在线即可快速完成。具体操作如下。1 输入数据2 结果展示 本次我选用misa格式文件，其格式如下所示 ID SSR nr. SSR type SSR size start end Sd 1 p1 (A)11 11 1549 1559 Sd 2 p5 (ATTTA)3 ...
我手里的数据只有这种。
..."Danio rerio" 指定物种为斑马鱼，物种名必须在NCBI物种分类数据库(Taxonomy)中，推荐使用拉丁学名# -pa 12 使用12线程运行RepeatMasker# -s 慢速搜索，灵敏度比高0~5%，速度慢2-3倍# -xsmall 软屏蔽，将重复序列变成小写字母，而不是N或者X。...
...，GO的3大类别BP, CC, MF之间是独立，所以GO其实分为3个子数据库，做富集分析时，不同类别分开做。 下图中5个方块表示有显著富集的GO term；通常我们会设置10个最显著富集的go term ，那么图中就会有10个方块； KS全称是：K...