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文章 当代博士的真实困境：秃头、延毕、论文难发、母胎单身......

...通货，没有，路当然艰难！ 困境之三：延毕 根据最新数据显示，2017年我国博士研究生延毕率为65.67%， 并且最近这几年，虽然博士招生每年都在增长，但是延毕率也在不断上涨！ 一大半以上的博士都不能正常毕业，你能不...

问题 利用perl脚本提取基因上游的1500bp（指定位置）序列时，输出文件总是空文件。尝试过很多办法无法解决

...示报错，但是输出文件是空文件 所用代码： 所用数据从jgi网站下载

文章 快速生成iTOL配置文件美化你的进化树

...itol需要的配置文件美化进化树。下面给出例子： . 示例数据 1. 进化树数据 abunt-tree.nwk： ((OTU_47:0.101892516,OTU_46:0.205918075)0.999:0.12637554249999997,((OTU_7:0.079452354,(OTU_9:0.03389913,OTU_35:0.011411273)0.857:0.016187755)0.936:0.055036757,(((OTU_10:0.17870224...

问题 水稻中进行MCScanX共线性分析基因家族加倍时，提取不了基因对应的蛋白质序列

...提取不了，然后发现Oryza_sativa.IRGSP-1.0.pep.all.fa与拟南芥的数据库文件形式不同，没有对应的蛋白质ID，该如何解决？ 拟南芥AT.gff  拟南芥.pep.all.fa 水稻AT.gff 水稻.pep.all.fa

问题 动植物泛基因组分析实操课程资料问题

...现教程中的演示（在动植物泛基因组分析实操课程，中的数据准备实操这节课16:38分位置）也是出现了一样的错误（Using standard /share/work/biosoft/perl/perl-5.22.1/lib/site_perl/5.22.1/auto/share/dist/AGAT/agat_config.yaml file The test to apply is Wrong: !. ...

文章 论文被拒稿11次，还有必要再投吗？

...之外，很有可能是本身存在严重缺陷， 这种缺陷应该是数据或实验设计有严重问题，不是一时半会能修改好的， 这个时候，你不妨先放一放，不要急着再去证明自己， 最好是等找到更广泛的数据支持或有了更明晰的结论后，...

文章 GWAS抗性性状处理，耐盐，耐寒，耐旱等

...们一般会做对照与处理，分别调查处理和对照的多种性状数据，然后计算抗性指数：  The response of the genotypes to salt stress was expressed using the stress susceptibility index (SSI) calculated according to Fischer and Maurer39 using the following formula: SSI = (...

问题 hmmer搜索结构域

...域最后一步时遇到一个问题，我已经验证过每个基因在CDD数据库中都有WRKY结构域和锌指结构，但是后面做到蛋白质全长多序列比对分析用GeneDoc查看结构域时发现有些基因结构域不全，好多基因都没有锌指结构显示，我怀疑是 #...

文章 高质量黑麦基因组组装揭示重要农艺性状基因

...图谱相关性评估 Supplementary Table. 8. 使用高通量二代测序数据评估基因组组装 Extended Data Fig. 4 通过LTR组装指数(LAI)评估基因组组装 3. 转座子分析 然后，为了探究转座子对威宁麦基因组组成的影响，作者进行了威宁麦的转座子...

问题 扩增子分析 ：qiime2分析-多样性分析alpha-beta-差异比较等 课程中的问题

#添加分类信息时报错 这是用qiime2分析完数据后，再利用qiime分析时候报错 #自己用服务器进入的ampliseq-q1:v1.2使用的命令：docker run --rm -v /disk1/liuh/qiime2:/work -it omicsclass/ampliseq-q1:v1.2 请老师帮忙解答一下，谢谢。

文章 生成OTU方法如何选择，OTU/ASV?

...获得稳定的OTUs (图2A)。两种方法得到的序列与NCBI中的nr/nt数据库进行比对，DEblur方法的误配更少，说明DEblur比DADA2更可靠（图B）。Deblur的运算速度比UNIOSE2低一个数量级，却比DADA2 高出一个数量级(图3D)。 且Deblur可以基于单个样...

文章 怎样提高论文投稿命中率？这些“潜规则“你一定要知道！

...。) 感兴趣的朋友可以自己去看一下，这篇文章有详细的数据分析，还算是一个比较严谨的一个结论。 但是学霸姐姐觉得，周末命中率低，会不会是审稿人想着：周末还要上班看稿子，心情不好，拒了算了! 其实，每个期刊...

问题 reads 与基因组进行比对map

...什么原因导致这个错误，望老师给予解答！ 下面为我的数据文库信息Library:Name: IC-72-3Instrument: Illumina HiSeq 2000Strategy: RNA-SeqSource: TRANSCRIPTOMICSelection: RT-PCRLayout: SINGLESpot descriptor:1 forward

文章 perl中对数组字符串取交集，并集，差集包

我们有时候要对两个数据取一下交集和并集，union，intersect，diff等操作，虽然自己写脚本也能实现，但是已经有包了，为啥不用别人写好的包呢，这里介绍一个包就是解决这个问题的：Array::Utils  还发附带其他功能，很好用： ...

文章 VirtualBox虚拟机网络设置（四种方式）

...拟机上网的方式，你可以这样理解：Vhost访问网络的所有数据都是由主机提供的，vhost并不真实存在于网络中，主机与网络中的任何机器都不能查看和访问到Vhost的存在。 虚拟机与主机关系： 只能单向访问，虚拟机可以通过网...