...on using 3,000 rice genome data。这个snp是指vcf文件中0|1,0|0,这种数据吗？还是来自一条染色体某区段的snp位点的组合？https://www.nature.com/articles/s41588-022-01240-7 我在http://server.ncgr.ac.cn/RiceHap3/这个网站下载了genotype文件，打开之后如下图...
...、代谢产物生成、绝对pduC基因丰度和α多样性指数等定量数据，以及饮食和肠道生理等定性数据进行的混合数据因子分析（FAMD）中，前两个主成分解释了54.9%的变异。分析结果显示，α多样性指数与食草动物和前肠发酵者来源的...
...因组为例：打开NCBI("https://www.ncbi.nlm.nih.gov")，选择基因组数据库(Gneome)数据库搜索物种名:"Acer yangbiense" 漾濞槭基因组表单 跳转到漾...
我的数据量非常大，转换为phy文件后发现有七千多万个SNP位点，运行iqtree的模型选择的时候总是被kill掉，因为我这边服务器内存只有188G。 这个文件当时在过滤SNP的时候其中一条过滤标准是miss 0.95，这样子下来会获得七千多万...
NCBI自带的Batch Entrez工具可以根据基因/蛋白id在数据库中批量检索和下载基因/蛋白序列，首先进入网站： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/batchentrez 准备一个包含全部基因/蛋白编号的文本文件(ID.txt),格式如下: 点击选择文件，选择ID.t...
...！ 我在用Qiime2做16S V3-V4的分析，是直接拿到公司的测序数据，已拆分但未去接头。我去接头序列后用dada2做了去噪，原本10万 reads/sample在去嵌合体后一下子降到1万左右，前序步骤merged reads还有一半以上（如下图）。且能得到357...
图1为我研究对象基因组GFF3文件，图2为demo里拟南芥GFF3文件，由于我研究对象的基因组数据只能从NCBI下载，格式问题导致无法运行部分课程脚本，请问老师应该如何解决。
...tall() BiocManager::install("limma") 2.安装devtools，安装带有示例数据的附加包 install.packages("devtools") devtools::install_github("bartongroup/proteusLabelFree") devtools::install_github("bartongroup/proteusTMT") devtools::install_github("bartongroup/proteusSILAC") 3.安装proteu...
两组共6个样本，上千个差异lncRNA 、mRNA，表中数据是RPKM值，如何用R语言做lncRNA-mRNA皮尔森相关性分析？cor函数输入文件是什么格式？
...聚类生成OTU table，获得了1400个OTU物种。我们课题组拿到数据后进行了OTU过滤，过滤后保留了300多个OTU。这时样本OTU总丰度波动范围从2w到6w。在过滤后的OTU table基础上进行后续的分析（多样性，差异特征，和代谢物关联等分析）...
...um II 的通量较Infinium I 通量高一倍。 如果您想学习TCGA数据挖掘，请学习的我TCGA系列课程： 《TCGA-甲基化生存分析》 《TCGA-生存分析》 《TCGA-基因差异表达分析》 《TCGA-ceRNA调控网络分析》 《TCGA-转录因子调控》
...外，还需要一个图作为文章中附件（如下），要调取什么数据，怎么作图呢？
...因子研究方法 转录因子研究了很多年，也积累了大量的数据，目前主流的转录因子研究方法可分为两种: 湿实验（experimental methods）:主要是在实验室完成，用于寻找转录因子和结合序列间的相互关系，即通过已知TF寻找未知TFBS...
...rk omicsclass/pop-evol-gwas:v2.0 如果需要用到最新的软件分析数据可以使用这个2.0版本的镜像， 这个已经更新到百度云盘中，大家重新下载脚本资料即可 视频课程：https://bdtcd.xet.tech/s/3QzQFb
做了有十来个数据了，第一次在这里出问题，这怎么处理啊，谢谢各位大佬。