文章 相关性分析及散点图绘制-脚本使用

...地展现相关性分析的结果，常用于生信分析中。 例如：在一篇2021年发表于Briefings in Bioinformatics上的影响因子为11.62的文献中，作者大量地进行相关性分析并绘制了散点图，更好地展示了相关性分析的结果。 下图是文献中免疫...

问题 老师好，我想请问一下在绘制基因家族 exon–intron structure 时如果参考基因组GFF文件里没有exon和UTR信息，只有mRNA和CDS的话怎么办呢？

问题 老师您好，我用tassel关联出了位点的p值，如果我想用R筛选出前5%的p值该怎么做？

文章 ggplot2图例位置legend.position调整

...学习链接：WGCNA-加权基因共表达网络分析 4. 转录组数据怎么挖掘？学习链接：转录组标准分析后的数据挖掘、转录组文献解读 5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读、OTU网络图绘制、cytoscape与网络图绘制课程 6. 生物信息入门...

文章 VG 泛基因组call 变异

#this script report the commands used to call variants from the 16 Illumina WGS barn swallow individuals.#for steps 1-3, this github solution was followed: https://github.com/vgteam/vg/issues/3411#for steps 4-9, the section "Calling the graph by first splitting into components" of this tutorial was ...

问题 请问在运行MCSCANX查找共线性时出现这个html文件是这样的，是怎么回事，是用的gff和blast文件有错吗

文章 典型相关性分析CCA与冗余分析RDA

...。        在单变量复相关中，有p个x变量和一个y变量，分析的目的在于找出适当的回归系数作为这P个x变量的加权值，使p个x变量线性组合分数与这一个y变量分数之间的相关最大。在典型相关分析中也有p个x变量...

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-BRCA乳腺癌(GSE161529)

... BRCA1+/- 组织、乳腺癌的主要临床亚型以及匹配的肿瘤对和涉及的腋窝淋巴结。根据绝经状态对正常组织标本进行比较主要揭示了基质的变化。尽管与正常组织相比，癌前 BRCA1+/- 的微环境发生了适度的变化，但随着向肿瘤的转变...

问题 数据表达量一方为零，怎么计算FC

...对照中，正常组高表达，而肿瘤组中无表达，这样的数据怎么进行FC的计算。能否采取给这些零值赋予极低的表达量，还是单纯的删除这些无法得出FC值，因为注意到有p值出现

问题 老师您好，不同样本使用的引物不同，课程提供的脚本在去噪这一步以及后续物种注释都只有一个引物。如何对不同引物进行统一的物种注释和多样性分析？

下载得到了不同样本的sra文件，由于样本不同使用的引物序列也不一样。想把他们放在一起分析，得到他们的多样性和物种注释

文章 小尺度的种群历史分析——∂a∂i原理解析

...符合当前频谱的，因此可以回答分化时间顺序、种群大小和基因交流这三个层面的问题。其在运行过程之前，需要我们对历史事件进行预设，即通过参数设置提供给它一些分析模型，而它对每个模型进行多次模拟，根据最大似然...

文章 ggplot2分面facet_grid调整坐标

...学习链接：WGCNA-加权基因共表达网络分析 4. 转录组数据怎么挖掘？学习链接：转录组标准分析后的数据挖掘、转录组文献解读 5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读、OTU网络图绘制、cytoscape与网络图绘制课程 6. 生物信息入门...

文章 群落分析的冗余分析（RDA）概述

...学习链接：WGCNA-加权基因共表达网络分析 4. 转录组数据怎么挖掘？学习链接：转录组标准分析后的数据挖掘、转录组文献解读 5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读、OTU网络图绘制、cytoscape与网络图绘制课程

文章 地球上物种总数到底有多少？？

...细菌、古细菌和微小真菌的20376项调查获得的数据汇集在一起，使用比例定律（scaling law）和一种生物多样性模型的混合分析方法对微生物总数进行了预估，结论是地球上的微生物物种总数约为 100000000000~1000000000000之间贴心的我...

文章 转录本组装软件StringTie的使用说明

... and Ballgown”  其中StringTie 在组装转录本的完整度，精度和速度方面都较以往的cufflinks 有很大的提升。 StringTie 使用说明:   stringtie <input.bam ..> [-G <guide_gff>] [-l <label>] [-o <out_gtf>] [-p <cpus>]   [-v] [-a <min_a...