文章 手把手教你在线分析转录因子结合调控分析（植物）

...单快速，学习链接：基因家族分析实操课程。 1. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 2. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...

问题 求问如何用R或者perl脚本来提取fromNode中包含某些ID的行？下图只是示例，weight值选取0.5时文件太大无法用excel筛选，所以想求R或者perl脚本。

文章 看懂变异记录结果文件（VCF）

...示缺失；AD 两种碱基各自支持的碱基数量，用","分开两个数据，分别代表两个等位基因的深度；DP 该样品该变异位点的测序深度总和，也就是AD两个数字的和；PL 归一化后各基因型的可能性，通常有三个数字用','隔开，顺序对应A...

问题 老师您好，为什么在gwas最后的筛选关联区域SNP信息时，总报错错误信息如下，总是被杀掉，vcf文件应该是没有错的，截图如下，输入文件如下，请您帮忙查看，我该怎么修改我的命令

问题 老师，在做基因的顺势作用原件的过程中，最后形成两个配置文件，视频里说，通过对下面文件划线处命令的编写可以筛选想要的顺势作用原件。但是老师，我现在想要展示所有的顺势作用原件，我应该怎样设置这个命令？

问题 老师您好，我按照课程提供的流程泡自己的数据，在fst pi tajimaD分析的过程中，发现生成的曼哈顿图没有数据，在第一步的过程中，我们确实成功的生成了染色体对应的起始位置和pi值，但在pi多样性绘图输出时却发现没有数据，这是怎么回事呢，请老师帮忙解决

第一步pi多样性生成的数据（pi.wild.windowed.pi） 第二步：pi多样性绘图输出时，pi_manhattan_plot.r -i pi.wild.windowed.pi -F $FAI -f 42350435 -n pi.JR.wild，我是根据自己的参考基因组中染色体的最小值来进行筛选的最小值：42350435。 但是这...

文章 3月23日R语言免费直播课！

...是生信统计和绘图的首选 为生物统计而生的语言 生物数据分析当中很多地方都需要用到统计分析，R的开发最初就是要解决生物统计方面的问题，其创始人之一的Robert Gentleman就是一位生物学家。R是一个全面的统计研究平台，...

问题 在筛选GWAS关联区域内的基因时（LDBlock），基因或者SNP与选定的显著关联区域有百分之多少的交集可以定义为关联区域内的基因或者SNP？视频中说是10%，视频说的10%请问通用吗？这个10%是如何计算的？

文章 TCGA数据处理流程中各种组织机构介绍

图中总结了TCGA的样品到数据处理流程： 1.组织样本及其临床数据是由Tissue Source Sites(TSS)组织来源点收集的，然后送交给Biospecimen Core Resources(BCRs)生物标本核心资源。 2.BCRs提交临床数据和元数据到Data Coordinating Center(DCC)数据整...

文章 跨物种进化研究必备的‘单拷贝直系同源基因’如何查找

...0G 　　MCL程序 软件安装 （1）Mysql安装 Orthomcl需要用到数据库，对数据库不太了解也没关系，只要能够安装好数据库、并使用简单的几条SQL语句就可以了，较复杂的工作都有程序直接完成。具体安装过程就不说啦。 （2）安装...

问题 老师，我在水稻转录因子文库中筛选出来了一些转录因子，我想预测一下它的下游靶基因，并制作一张调控网络图，不知道如何下手，我买了组学大课堂的那个转录组的课程，但是还是不咋懂，希望老师能帮助一下我，谢谢！

文章 如何预测蛋白质保守结构域？-InterPro在线工具使用详解

...o。 InterPro简介 InterPro是集成的蛋白质结构域和功能位点数据库，包含关于蛋白质家族、域、重复序列、和作用位点等数据资源，同时，InterPro也包含很多来自不同数据库的诊断签名的人工注释文件，形成了一个给定的蛋白质家...

问题 我想问下 生信引物设计的课 里面用docker上面的ssr引物设计程序设计出来的引物 是经过E-pcr筛选的吗 我看课里老师介绍了pl文件介绍里面有E-pcr程序 但具体有没有运行呢

问题 获取选择区域的基因

...，那么选择清除分析需要吗？脚本里两个是有区别的。 #筛选候选区域基因 ################################################## cd  $workdir/05.select_sweep #以Fst top 5%的区域作为候选区域，筛选区域里面的基因为例 #合并区域 新版bedtools 不允...

文章 火山图--ggplot2

ggplot2包绘制火山图加载R包以及案例数据temp1 library('ggplot2') head(temp1,10)       -log10FDR      logFC Regulate64170   1.971938 -2.2884388     Down6674    1.864104 -1.2460804     Down7401    1.864104  1.2950939       Up57217   1.864...