问题 asv分类报错

...-classification taxonomy.qza 报错 Traceback (most recent call last):  File "/root/miniconda3/envs/qiime2-amplicon-2024.2/lib/python3.8/site-packages/q2cli/util.py", line 492, in _load_input_file    artifact = qiime2.sdk.Result.load(fp)  File "/root/miniconda3/envs/qiime2-amplicon-2024.2/lib...

问题 泛基因家族 提取CDS序列和pep序列，为什么没有输出文件？

/share/work/biosoft/TransDecoder/latest/util/gff3_file_to_proteins.pl --gff3  ./${ind}.longest_isoform.gff3 --fasta ./${ind}.fa.gz  --seqType CDS >./${ind}.cds.fa /share/work/biosoft/TransDecoder/latest/util/gff3_file_to_proteins.pl --gff3  ./${ind}.longest_isoform.gff3 --fasta  ./${ind...

文章 vif.cca 筛选环境变量：VIF是非常有用的指示符，表明数据集中存在多重共线性。 它不能很好地指示应从模型中删除哪个预测变量。

...really want to have redundant predictors in a constrained ordination: they make the analysis more difficult to interpret, and the more predictors we have, the less constrained the ordination is, the more it resembles an unconstrained ordination.Model selection in ordinations is tricky. Techniques s...

文章 scanpy 中 ScTransform分析：

...anpy as scfrom scipy.sparse import issparsedef pyScTransform(adata, output_file=None):    """    Function to call scTransform from Python    """    import rpy2.robjects as ro    import anndata2ri    ro.r('library(Seurat)')    ro.r('library(scater)')    anndata2ri.activate()    sc.p...

问题 老师请问我想解压.rar文件，然后在网站http://www.rarsoft.com/download.htm下载安装RAR 5.80 beta 1 for Linux x64，make后为何报这个错误？

文章 R语言如何绘制MA图

...l<-brewer.pal(9, "Set1")# load libraryargs <-commandArgs(TRUE)# check args lengthif( length(args) != 2 ) {    print(args)    usage()    stop("the length of args != 6")}plot_MA <- function(log10exp=NULL, log2FC=NULL, FDR=NULL, Significant=NULL,       ...

文章 enrichGO_pip.r GO富集分析

...list gene.list                        diff expressed gene list file, required  -d ann.db, --ann.db ann.db                        org.Hs.eg.db or org.Mm.eg.db ,for more info visit:                        https://www.omicsclass.com/article/1244 [optional,      ...

文章 make Cladogram with microbiomemarker

给大家介绍一个R包用于绘制Cladogram，直接附上代码： if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) { install.packages("BiocManager") } ​ BiocManager::install("microbiomeMarker") ​ library(microbiomeMarker) library(ggplot2) ​ #方便起见，直接使用该包自...

问题 TCGA数据下载后保存出错

...ry) Downloading data for project TCGA-STAD GDCdownload will download 407 files. A total of 105.663384 MB Downloading as: Sun_Aug__5_19_35_20_2018.tar.gz Downloading: 110 MB     >  > # 保存结果，方便后面使用 > data <- GDCprepare(query = query,  +             ...

文章 network.r绘制网络图并输出最大子图节点及网络图

使用方法: Rscript network.r -h usage: network.r [-h] -e filepath -v filepath -f from -t to -w weight -g group [--isolated] [-l style] [--label.node] [--sub_label.node] [-o path] [-n prefix] [-H number] [-W number] network plot:https://www.omicsclass.com/articl...

问题 老师，使用plantcare网站时，提交后老是显示the reference contains illegal characters, please revise (only alpha-numeric allowed)这句话，仔细看了看没发现符号错误啊

文章 enrichKEGG_pip.r KEGG 富集分析

...list gene.list                        diff expressed gene list file, required  -d ann.db, --ann.db ann.db                        org.Hs.eg.db or org.Mm.eg.db ,for more info visit:                        https://www.omicsclass.com/article/1244 [optional,      ...

文章 TCGA数据下载

...结果 DataDirectory <- paste0(work_dir,"/GDC/",gsub("-","_",projects)) FileNameData <- paste0(DataDirectory, "_","Gene_HTSeq_Counts",".rda") # 查询可以下载的数据 query <- GDCquery(project = project, data.category = data_category, data.type = da...

文章 blastall 参数详细说明

...名称-d: 搜索的数据库名称-i : 要查询的序列文件名(Query File)-e:(数学)期望值(Expectation value)，E值是个统计阈值，缺省值10, 意指比对结果中由于随机偶然性产生的匹配结果不大于10,E值越小结果越可靠。-o :查询结果输出文件名-m: 比...

问题 在学习基因组重测序过程中，执行变异结果统计与绘图展示的命令报错

...ork/my_reseq/5.var_ann -n SNP_gene_ann --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omicsclass.com/ --> R beginners ? I suggest your  learning  R language: https://study.omicsclass.com/index Error in library("getopt") : there is no package called ‘getopt’ Exe...