问题 ANNOVAR注释问题

...fGene -operation g -nastring .，第一次结果输出虽然有VCF和txt两个文件，但是发现并没有把染色体注释完全，有好几条染色体没有结果。第二次运行发现，输出文件有个无效的：snp.refGene.invalid_input，并没有输出vcf文件，以及输出的注...

问题 老师，我的基因组有113个，今天运行整理泛基因集列表中共线性分析生成pangene.bed和pangene.cds那一步，已经运行了18个小时了，才运行到79个基因组，其他步骤也是，比较慢，有没有快一点的方法呢？与网络有关系吗，换一个快的网线能加快进度吗？或者有没有其他命令可以加快。

文章 如何提升中小项目型软件企业的项目管理能力？

...的拆解和分配。 三、将任务进行优先级安排 为了更好地把控项目的进程，让各个任务有序完成，应通过任务的重要度和紧急度来进行优先级的判断。按照轻重缓急进行事项上的安排，能让你更好地把控项目进度，让一切...

问题 安装docker时有个步骤需要“以管理员身份运行”

安装docker时有个步骤需要“以管理员身份运行”，但是我的电脑上没有这个选项是什么情况？

问题 老师，我现在在学习泛基因组分析，研究物种是梨；现已找到13个基因组，那我在基因家族鉴定的时候用13个基因组；而泛基因集的构建我需要选择几个？

用户 大江东去你个喀秋莎

问题 blastp提示ensemble中提取的序列文件不对

使用命令  blastall -i Homo_sapiens.pep.fa -d query_pep.fasta -p blastp -e 1e-5 -b 1 -v 1 -m 8 -o human.out 提示WARNING: ENST00000501597: Could not calculate ungapped Karlin-Altschul parameters due to an invalid query sequence or its translation. Please verify the query sequence(s) and/or fi...

问题 请教你个问题，如图所示

文章 vcftools随机抽取指定个样品

vcftools可以随机抽取指定个样品的vcf文件，用到的选项为  --max-indv  ，指定要从vcf文件中随机抽取指定个样品。 具体用法如下： 下图为原始vcf文件。 随机抽取5个样品，执行以下代码： vcftools  --vcf  snp.vcf  --max-indv  5  ...

问题 想请教下，就是我测了种子五个不同发育时期的转录组，想通过转录组数据中的表达量筛选出几个候选内参基因，用什么条件筛选呢？

我是通过所有基因FPKM值得文件进行筛选的，目前知道的是①CV小于0.15，②两个时期比对log2（fold change）绝对值小于0.2，筛选出了四百多个基因，还有什么条件可以筛选呢？比如FPKM值介于多少比较好？

文章 转录组+？分析+？实验=2区文章

...通过显微镜观察，来确认银杏胚珠花粉室形成过程中的各个阶段，从而确认取样时间点为花粉室形成前和形成后两个时间点，各3个生物学重复，共6个样品用于转录组测序分析。 为了评估样品的生物学重复的可靠性，作者做了PC...

文章 linux行列互换

行转列样例文件如下 cat file.txt a b c d e f g h i 1、cat file.txt |xargs -n1 2、xargs -n 1 < file.txt 3、tr " "  "\n" < file.txt 4、sed 's/ /\n/g' file.txt   此命令在Linux上执行正常，在Mac上执行无效，原因是因为Mac上的sed是BSD版本，Linu...

问题 老师，转录组课程中一个基因提取一个蛋白序列作为基因代表序列用于同源注释，我152个基因，但是只提取出138个蛋白序列，没提取出来的在总的蛋白库里都有，想问下为啥提不出全部

问题 我按照视频里的方法用deblur的方法进行分析，输入了51个样本，但是最后就剩下了35个样本，如图所示，请问是那一步出现错误了，是 数据有问题还是写的参数有问题

问题 我按照视频里的方法用deblur的方法进行分析，输入了51个样本，但是最后就剩下了35个样本，如图所示，请问是那一步出现错误了，是 数据有问题还是写的参数有问题