找到约 15 条结果

问题 老师!求解答!在TCGA数据基因ID转换中出错!!

...ed early on line 266653. Expected 9 fields but found 1. Consider fill=TRUE and comment.char=. First discarded non-empty line: <<##sequence-region chr2 1 242193529>>

文章 mclust analysis.r 基于模型的聚类

... -m metadata, --metadata metadata input clinical information file path[required] --mclust whether to cluster the samples[optional,default:False] -g group, --group group Group the samples into several categorie...

文章 基因家族进化分析 发10分文章

...的过程中,就会发生基因的成倍增加: 2.串联复制(Tandem duplication) :串联复制主要发生在染色体重组区域,串联复制形成的基因家族成员通常紧密排列在同一条染色体上,形成一个序列相似、功能相近的基因簇。 3.染色...

文章 scanpy 中 ScTransform分析:

...i from rpy2.robjects.packages import importr from rpy2.robjects import r, pandas2ri import numpy as np anndata2ri.activate() pandas2ri.activate() def run_sctransform(adata, layer=None, **kwargs): if layer: mat = adata.layers[layer] else: mat = adata.X # Set names for t...

文章 ANNOVAR琳琅满目的人类变异信息注释数据库

...ene 二、基于区域的注释(region-based annotation) ‘cytoBand’ 是染色体坐标信息,染色体经过处理后染色,使染色体有深有浅或明或暗的区别带,更多参考:基因座。,文件每一行表示一条带,其5个字段分别是:染色体编号(chrom...

用户 No One And You

文章 bedtools统计序列中碱基含量

...ore the first space or tab is used.Output format:        The following information will be reported after each BED entry:            1) %AT content            2) %GC content            3) Number of As observed            4) Number of Cs observed            5) Number...

文章 GATK报错:Could not find walker with name: VariantFiltration

...OR ##### ERROR This means that one or more arguments or inputs in your command are incorrect. ##### ERROR The error message below tells you what is the problem. ##### ERROR ##### ERROR If the problem is an invalid argument, please check the online documentation guide ##### ERROR (or rerun your comma...

话题 fpkm_and_plot.R

文章 ggplot2-气泡图(控制点的大小范围)

...   2.397575 1.772599e-03   128  ko00860        Porphyrin and chlorophyll metabolism    2.574238 1.772599e-03   149  ko00062                       Fatty acid elongation    2.857551 2.316650e-03   1810 ko00630     Glyoxylate and di...

文章 NCBI下载的10X单细胞数据只有read1和read2如何读入cellranger

...True,                       help='Tab-delimited table with Run and Library_Name columns')    parser.add_argument('--force', action='store_true',                       help='Overwrite existing links/files in output directory')    return parserdef main():    parser = crea...

问题 进行bugbase运行时候老报错

...alized_otus, test_trait,  :    Error: no OTU overlap between OTU table and trait table. Execution halted

问题 微生物多样性分析课程镜像ampliseq-q2运行出错:there is no package called ‘BiocManager’

...ncountered while running DADA2 in R (return code 1), please inspect stdout and stderr to learn more. Debug info has been saved to /tmp/qiime2-q2cli-err-u8wvbzh9.log 打开日志文件: Error in library(BiocManager, quietly = TRUE) : there is no package called ‘BiocManager’ Calls: .First...

问题 Fst,pi, and ROD 分析

在进行选择消除分析  fst pi ROD  分析的时候,画出的图的染色体数目中间怎么少了几条?应该有28条染色体,只画出来19条。

文章 BUSCO评估基因组组装和完整性详解

... 238     Complete BUSCOs (C)        236     Complete and single-copy BUSCOs (S)        2       Complete and duplicated BUSCOs (D)        3       Fragmented BUSCOs (F)        14      Missing BUSCOs (M)        255  ...