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文章 JASPAR网站预测启动区域有那些转录因子结合位点

...序列，点击“Scan” 运行 结果如下： 如果您对TCGA数据挖掘感兴趣，请学习我的TCGA系列课程： 《TCGA-生存分析》《TCGA-基因差异表达分析》《TCGA-转录因子调控》《TCGA-ceRNA调控网络分析》

问题 无参转录组GO和KEGG富集分析如何实现

...集分析呢？在看clusterprofiler进行富集分析的时候需要两个数据，一个是gene id ，另一个是org.***.eg.db注释文件，或者是非模式生物但是有参考基因组的情况下，可以用AnnotationHub查询到参考基因组的注释文件。我的问题是没有参考...

文章 hmmsearch寻找相似序列

...核苷酸序列和进行序列比对。与BLAST、FASTA等序列比对和数据库搜索工具相比，HMMER更准确。 再有HMM模型的情况下寻找相似序列可用hmmsearch，用法如下： hmmsearch --domtblout Ensembl.txt  PF01535.hmm Zea_mays.AGPv3.24.pep.all.fa 输入文件PF01...

文章 Evolview：进化树设置标签的背景颜色

...Annotation upload → upload data for leaf background colors，填写相关数据后提交。 命令格式说明 设置语句包括3列：location，color，commands，由制表符分隔。第三列可有可无。 l  第一列：可以是一个叶节点，或者由逗号分隔的2个叶节点 ...

文章 基因家族分析课程更新-批量进行kaks计算

...于比对问题导致KaKs_Calculator计算不出结果。 下载安装和数据准备 ParaAT2.0下载 ParaAT下载地址为：https://ngdc.cncb.ac.cn/tools/paraat“ParaAT.pl”是运行的脚本，下载解压后就可以直接使用。可以把解压后的路径加入环境变量，或者用脚...

文章 大专、本科、研究生......你知道你的学历超过了多少人吗？

...自己的学历感到自卑， 那么，希望你能在看到以下这些数据之后的某一刻感到自豪。 如果你是博士： 中国人口接近14亿（2017年数据为139008万）， 全国博士仅有80万（1978年至2017年之和）， 这个比例仅仅只有万分之五点七...

文章 biolinux 虚拟机内存不能为written怎么解决

...用、biolinux搭建生物信息分析环境、linux命令处理生物大数据、perl入门到精通、perl语言高级、R语言画图、R语言快速入门与提高

问题 感兴趣的区域LD热图不包括indel位点？

...表型是显著关联的，我想保留indel位点，并在热图中与snp数据同时可视化，类似下图这样。请问应该怎么做，或者需要添加哪些参数？ ps:查看了https://github.com/bgi-shenzhen/ldblockshow上的LDBlockShow说明书里头没有提到有关indel的其他细...

问题 报错出现“Non-unique name 'IRIS_313-7' in the alignment”

请教一下，我在构建进化树的时候出现这个报错，是不是因为我整理数据的时候有重复的单个文件呀？遇到这种情况，我应该怎么处理呢？

问题 转录组自主分析map出现问题

转录组数据分析时，进行到read 与基因组比对时，产生的sam文件为空，summary文件信息为： Error reading _rstarts[] array: 1010748, 1017096Error: Encountered internal HISAT2 exception (#1)Command: /biosoft/hisat2-2.1.0/hisat2-align-s --wrapper basic-0 -p 1...

问题 devtools::install_github("BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks")运行错误

我在采用TCGAbiolinks下载TCGA数据时，出现了“Error in value[[3L]](cond) :    GDC server down, try to use this package later”的代码，然后按照社区里的解决方案运行了代码 结果一直报错，显示Error in utils::download.file(url, path, method = download_method()...

问题 进行阿尔法多样性分析是报错

...ty_stat --name "${i}_Group_boxplot" done 我只有一个分组Group，元数据文件也没有问题

文章 enrichGSEA_pip.r GSEA富集分析

...GSEA排序； -g 指定 gmt文件  基因集： 更多GSEA功能富集数据下载：http://software.broadinstitute.org/gsea/downloads.jsp#msigdb 使用举例： #更多GSEA功能富集数据下载：http://software.broadinstitute.org/gsea/downloads.jsp#msigdbwget -c https://data.broadinsti...

问题 请问老师，用比对后的bam文件进行call snp，bam文件中储存了比对的信息。假如样本mapping rate 值比较低在70左右，那么后续call snp的时候，需要把没有比对到基因组的reads提取出来过滤掉吗？还是说生成的bam文件储存的就是比对到基因组的这些序列？

...snp? 样品污染可能导致重测序mapping rate 值较低的话，这种数据还可以进行gwas分析吗？发文编辑会不会质疑数据的可靠性？

文章 总结：生化检测实验样本值不准的原因分析

...验室分析中最重要和最常见的误差来源，却常在分析实验数据时被忽略。 分析前因素包括生物性和非生物性因素： 生物性因素一般是固有的，例如品种，年龄，和性别，但在评估检测结果时需考虑，实验室提供的绝大多数的...