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文章 基因家族（family）与基因超家族（superfamily）的区别在哪里？

...趋化因子（cytokine）家族成员，大家在结构上均有由1对或2对保守半胱氨酸残基组成的分子内二硫键，功能上均为对不同细胞产生趋化作用。基因超家族（Gene Superfamily）：同一个祖先基因经过变异，产生了结构相似、功能不同的...

文章 推荐一个好用文献管理软件：CNKI E-Study——数字化学习与研究平台(1)

...且阅读，管理 1:搜索文献，并点击想要文献前方小方框 2：选择导出参考文献 3：选择左侧的导出文献格式为：CNKIE-Study 4：点击导出 5：打开软件CNKIE-Study 6：在学习单元创建属于自己的文件夹 7：先选中自己的文件夹，再选...

文章 NCBI中SRA数据库简介

...检索号(accession number)以前缀 DRP， ERP 或S R P 开头。   (2)样本信息(sample)。 样本的检索号以前缀 DRS， ERS 或 SRS开头。 样本信息可以包括物种信息、 菌株(品系)信息、 家系信息、 表型数据、 临床数据， 组织类型等。  (3)实验...

问题 你好，能否向您请教一下rbsurv包在鲁棒性检验的问题

...-rbsurv(time=time, status=status, x=rust_test, method="efron", max.n.genes=20, n.iter = 10,n.fold = 3,gene.ID =row.names(rust_test)) Warning messages: 1: In fitter(X, Y, strats, offset, init, control, weights = weights,  :   Loglik converged before variable  1 ; beta may be infinite.  2: In ...

文章 circos-基因组圈图绘制软件基础绘图

... chr     -       1       Chr1    0       30427671        chr1chr     -       2       Chr2    0       19698289        chr2chr     -       3       Chr3    0       23459830        chr3chr...

问题 无法链接到docker守护进程

...ce; enabled; vendor preset: enabled) Active: active (running) since Mon 2023-03-27 17:06:55 CST; 1 months 28 days ago Docs: https://docs.docker.com Main PID: 1977 (dockerd) Tasks: 55 CGroup: /system.slice/docker.service └─1977 /usr/bin/dockerd -H fd:// --containerd=/ru...

问题 无法链接到docker守护进程

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问题 关于动植物基因组组装课程中关于重复序列注释的问题

... 1、 第175行：#deepTE 分类根据https://www.jianshu.com/p/85e54962e2bc一文介绍，先用DeepTE_domain.py对保守domain进行鉴定，再用DeepTE.py借助上一步的保守domain信息分类TE。课程中没有对保守结构域进行鉴定，直接进行TE分类，原因是什么？没...

问题 泛基因组核心基因和可变基因长度比较core_pan_gene_compare.r报错

...ntr.funs[1 + isOF[nn]]) : contrasts can be applied only to factors with 2 or more levels Calls: aov ... model.matrix.terms -> model.matrix.default -> contrasts<- Execution halted。我在泛基因组分类的时候只分为了3类，core, dispensable和private。是这个原因导致的...

文章 gdc-client 下载TCGA数据

...下载链接 https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool 2. GDC网站筛选下载的数据  通过GDC 网站上筛选需要下载的数据，形成Manifest文件，将该文件下载下来。这个文件只是记录需要下载文件的名称，需要采用GDC Data Transfer Tool ...

文章 KEGG数据库-pathway对应基因的注释信息下载

...gg.jp/list/pathway 通过该API ，可以获得所有pathway的列表。 2.  pathway 上有那些KO （KEGG 中的ID编号） 访问的API地址是： http://rest.kegg.jp/link/ko/map00010 其中map00010 就是对于的pathway 图的编号，通过遍历所有的pathway ,就可以kegg 数据库...

文章 lncRNA与基因相互作用的研究思路

...且都是相互独立的个体, 我们一般想将两者联系起来。 2. 相关分析 采用共表达网络，比如WGCNA，可以将表达模型类似的基因和lncRNA聚集在一起。 3. ceRNA 网络 基于miRNA的调控作用，可以预测基因和lncRNA作为同一个miRNA的靶标，...

文章 进生物实验室之前，这本生存指南请拿好!

...脑补，随便搜一下，就有很多类似的触目惊心的新闻： 2018年12月，北京交通大学某实验室爆炸，3名学生死亡。 2018年11月，南京中医药大学某实验室发生爆炸，当时身处实验室内的多名师生受伤。 2017年，复旦大学某实验室发...

文章 一些常见R代码的报错和解决办法

Error: cannot allocate vector of size X Gb 这种问题尤其在32位R版本中常见，因为它们对可用内存有限制。即使在64位版本中，当数据集非常大时也可能遇到内存问题。解决这个问题通常需要优化代码以减少内存使用，使用更高效的数据...

文章 docker 中vi vim显示颜色配置

...回车后自动缩进set autoindent set cindent set cinoptions={0,1s,t0,n-2,p2s,(03s,=.5s,>1s,=1s,:1s # nu用于显示行号set nu # ts用于设置tab键表示的空格数set ts=4# colorscheme用于选择配色方案 colorscheme desert 或者可以在总的配置:所有用户有效   vim /e...