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文章 R语言apply批量进行t.test

...y(data,1,function(x) t.test(x[1:3],x[4:6],paired = T)$p.value) 返回结果中针对第一第二行数据的pvalue值如下: > head(pvalue,2)TRINITY_DN100001_c0_g1 TRINITY_DN100002_c0_g1              0.7165794              0.4226497 

问题 各位老师,想问一下关于LAI评估基因组 组装质量的问题

...点问题如下: 1 有个小警告,但是可以继续运行 2 最后结果总是ltr太少,我想知道是我的运行的命令问题还是我输入的基因组有问题呢?   3 我输入的是全基因组fasta文件,总共344M,把它分成了8 个小库分别运行,每个.fa 与....

文章 从月球回来的水稻种子怎么样了?

...基因家族分析 3. 转录组越做越普遍,实验必备,看不懂结果?不会深入分析?自学都可以搞定,学习链接:有参转录组自主分析实操 ;转录组与代谢组结果解读/个性化数据分析 ;  4. 代谢组分析硬件要求不高,个人电脑就...

文章 推荐一个好用文献管理软件:CNKI E-Study——数字化学习与研究平台(1)

... #如在中国知网里面的文献想要下载并且阅读,管理 1:搜索文献,并点击想要文献前方小方框 2:选择导出参考文献 3:选择左侧的导出文献格式为:CNKIE-Study 4:点击导出 5:打开软件CNKIE-Study 6:在学习单元创建属于自己的...

文章 NCBI中SRA数据库简介

...   SRA 数据库进入方法:在NCBI主页找到SRA就可以直接搜索了: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/     更多SRA数据下载: https://www.omicsclass.com/article/53  高通量fastq测序数据查看: https://www.omicsclass.com/question/42   

问题 你好,能否向您请教一下rbsurv包在鲁棒性检验的问题

...  1 time    4.44  10.88 *  我用的上面的代码,最后跑出的结果,并没有符合的基因,这个是什么意思啊,谢谢

文章 NCBI 基因组文件下载——datasets

...nload    Download a gene, genome or virus dataset as a zip file 下载的结果是:ncbi_dataset.zip  rehydrate   Rehydrate a downloaded, dehydrated dataset ./datasets download --helpgene        Download a gene data packagegenome      Download a genome data packagevirus       Dow...

问题 关于动植物基因组组装课程中关于重复序列注释的问题

...e2bc:网页截图 2、第99行和第204行的区别:运行RepeatMasker结果文件的不同第99行:生成的contig.fa.masked文件,其中的重复序列是用N表示第204行:同样生成contig,fa.masked,其中的重复序列用小写字母表示。两者不同,原因是什么? ...

文章 荧光实时定量PCR常见问题解析

...度。我们在实验操作中会对各个环节进行把控,确保实验结果的客观性:1)组织抽提的RNA会进行定量;2)正式上机前对样本进行RT-PCR检测确定反应条件;3)上机检测后的相对定量数据分析,计算每个样本目的基因对相对稳定的...

问题 你好,我在MCScanX共线性分析过程中用get_gene_position.pl提取基因位置信息的过程中,提取的信息不太对

你好,我在MCScanX共线性分析过程中用get_gene_position.pl提取基因位置信息的过程中,提取到了如下结果,我的物种的基因组gff文件开始部分的格式如图所示,这个要怎么处理呢?谢谢

文章 lncRNA与基因相互作用的研究思路

...  1. 差异分析 基因和lncRNA 分别做差异分析,这样得到的结果会比较多,而且都是相互独立的个体, 我们一般想将两者联系起来。 2. 相关分析 采用共表达网络,比如WGCNA,可以将表达模型类似的基因和lncRNA聚集在一起。 3. ceRNA...

问题 基因ID、cds ID与蛋白ID三者均不一致

...就造成后续分析比较困难,比如分析到“去除重复的hmmer搜索的转录本ID”这一步就难进行下去。所以,请问老师,遇到这种问题怎么解决? 另外,我发现鸭的基因组也存在同样的问题。 图1 蛋白fa文件,蛋白ID后有geneID、mRNAI...

文章 win10 安装最新的基于WSL2的docker

...Type"。 警告: 在非英语 Windows 版本中,你可能需要修改搜索文本,例如在德语中为 systeminfo | find "Systemtyp"。运行上一步中下载的更新包。 (双击以运行 - 系统将提示你提供提升的权限,选择“是”以批准此安装。) 安装完...

问题 blast2go本地化过程中,导入数据库不全,请问老师是哪一个数据库出了问题?我还想要一份无参GO注释的流程或者手册之类的,谢谢

...地化,执行以下命令后,我的b2gdb这个文件下并没有作者显示的这么多,请问是哪一个数据库我导入出了问题?有没有无参GO注释的流程或者手册之类的推荐一下? mysql -s -uroot -p密码 b2gdb < go_monthly-assocdb-data mysql -uroot -p密码 b...

文章 R语言中%>% 作用

...加载 dplyr 或 tidyverse 包来使用)。它用于将一个表达式的结果直接传递给下一个函数作为输入参数。这使得代码更易读和更具连贯性,特别是在处理数据框时。 %>% 的作用 %>% 的主要作用是简化代码的书写,使得操作链更加...