...性状文件。其中vcf文件和表型性状文件为我们测序和测定结果，GFF基因结构注释文件可从基因组数据库下载。注释后的txt文件需使用ANNOVAR软件对vcf文件中SNP和INDEL进行注释得到。 R流程如下： perl vcf2hmp.pl test.vcf test.si_multian...
...tion_gene.out，中提高的筛选条件，甚至我调高到90，输出的结果中还是包括不是三的倍数的比对序列，这种情况应该怎么办呢， 还有，同样的问题，由于基因组注释的问题，我的CDS序列没有起始密码子，提高筛选条件后并没有筛...
...pls.2022.911702 点击submit提交 耐心等待，这时候Rstudio会显示进度，上传了几条序列，就会提示几次“Stopping cluster”，直到所有gb文件运行完。 回到网站，出现这样一行字提示之后，就可以下载了，这时候点击download 下...
...5(括号内）。还需要重新添加C06-C09吗？不添加的话，最后结果文件中6-9号染色体都是灰色的，并且没找到我的目标基因id。如果需要，color需要如何填写比较合理，谢谢。
...试剂盒建库，然后用 Illumina HiSeq 2000 平台双端测序，测序结果见下表： 数据分析 测序后的数据采用bwa 软件中的mem方法比对到人类参考基因组 GRCh37 (hg19)上，经过samtools去除PCR重复之后用GATK软件进行变异检测。共检测出3.03M...
..., p=0.001 Score (logrank) test = 10.33 on 1 df, p=0.001 上述summary结果中的coef就是公式中的回归系数b（有时也叫做beta值），因此exp(coef)则是Cox模型中最主要的概念风险比（HR-hazard ratio）： HR = 1: No effectHR < 1: Reduction in the hazardHR > 1:...
...am \ > $workdir/1.host_del_and_qc/cleandata/${i}.fin.sam done 得到的结果是无法打开
...boxplot（exprSet，col= cols , main ="expression", las =2）得到上图结果，通过加入outline= F，可以纠正错误。 但是我数据整理后，进行密度分布图的时候， 出现上图的问题， 不是很熟悉ggplot2，不知道代码哪里进行修改。 P_density_GeneID ...
... <- FALSE # 设置工作目录 setwd(work_dir) # 下载临床数据的结果 DataDirectory <- paste0(work_dir,"/GDC/",gsub("-","_",project)) # 查询可以下载的数据 query <- GDCquery(project = project, data.category = data_category, data.type = d...
...lexity困惑度，参数须取值小于(nrow(data)-1)/3theta参数越大，结果的准确度越低，默认是0.5max_iter最大迭代次数pca表示是否对输入的原始数据进行PCA分析，然后用分析后的数据进行后续分析，一般选择TRUE library(Rtsne)iris_unique <- u...
...，第5列和第12列的和，第6列和第7列（来自file1.txt）。 结果保存在result.txt中，列之间以tab键分隔。 以下是执行上述命令后生成的result.txt内容： Gbar_A01505+12ACGCGbar_A01506-34ACGAGbar_A01507+56ACTTGbar_A01511+78ACGCGbar_A01512-910ACGAGbar_A01513+11...
...荐） Rstudio 为R语言的专业编辑器，有代码的提示，高亮显示等等功能，强烈推荐使用，初学者根据自己的操作系统下载RStudio Desktop 免费版本就可以：官方下载网址：https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/ 常见问题解答： Rstudi...
...，就有5.6个博士被延毕 据《中国教育统计年鉴》的数据显示：博士的延期毕业率高于56%，也就是一半以上的博士都不能正常毕业， 并且，这个比例，还在持续升高中。 从年限上来看，很多3年学制的博士生，甚至读了8年都毕...
...修改，这里可以利用perl或者python 再结合正则表达式批量搜索替换，给出示例代码： python实现替换： import re,os tree="(chicken,((mouse,rat),(chimp,human)));" names=re.findall(r"[a-zA-Z0-9_]+",tree) f=open("newtree.nwk","w") for i in names: if not re.match(r...
...10个分析技能，您也能写一篇基因家族的文章啦！ 1、搜索基因家族成员蛋白保守结构域，鉴定基因家族成员； 2、预测基因家族成员的顺势作用元件； 3、构建系统进化发育树； 4、基因家族成员MOTIF分析及绘图； 5、...