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文章 实用技术——Eclipse 常用快捷键

...简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读;转录组(无参)结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,...

问题 转录组富集到的通路,在代谢组没有富集到

我是想重点关注糖代谢的,转录组数据显示starch and source显著富集,但在做转录代谢联合分析时,发现与糖代谢有关的kegg通路代谢物有变化的只有一个,请问这该怎么办

文章 单细胞RNA速率(RNA velocity)分析结果解读

...明RNA速率可以用于推断细胞发育轨迹。那么单细胞转录组数据中是否可以检测到剪切的mRNA和未剪切的m RNA呢,作者分析了常见的单细胞 RNA测序方法均依赖于oligo-dT 引物来富集聚腺苷酸化 mRNA 方法,发现基于 SMART-seq2、inDrop 和 10x ...

问题 DNA甲基化测序为什么比重测序贵那么多?

最近想做些DNA甲基化的实验,就找之前做重测序的公司询价,但是报价高了好多,每G数据量价格差不多翻倍了,他们的销售也说不出所以然,请问这个情况正常吗?

问题 微生物多样性分析的程序复制shell中不能运行

蓝色背景的是我shell中的程序,黑色的是视频中的程序,在运行到原始测序数据两端合并时,出现以下错误,请指教问题所在

问题 SNP分析

...,直接影响结果的大小比较,比较迷茫,如何根据自己的数据去调整合适的参数大小

问题 求助,docker toolbox虚拟机挂载共享系统文件夹失败

按照课上讲述,使用虚拟机安装了docker,启动和进入容器没有问题,但是共享的文件夹里的数据文件看不到,尝试了restart,也不行,情况如附图所示。求指点,多谢!

文章 conda一直卡在Solving environment

在使用conda安装CARD数据库自带软件rgi的时候,发现一直卡在Solving environment这一步,查了不少攻略也没能解决问题, 结果换了mamba后瞬间就安装上了,安装非常方便 conda install mamba -c conda-forge 上后续使用更加方便,只需要把开...

问题 关于mapman使用过程的问题

...er add those bins manually to this pathway or choose a different Pathway! 数据ID和mapping文件里边的BIN已经是对应的了,但是相关的通路却打不开,这是为什么?

文章 samtools使用

...sam文件与bam文件互换;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(sort)和提取(这些操作是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作);最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式。 bam文件...

文章 blastn使用方法及结果详解

...db xxx.fa -out out.txt -evalue 1e-5 -outfmt 6 -db: 指定blast搜索用的数据库,同建库步骤的序列 -query:用来查询的输入序列,fasta格式 -out:输出结果文件 -evalue: 设置e值cutoff,e值越小,相似度越高 -outfmt format:设置输出格式, 6是tab格式...

问题 比较基因组,无法获得pep和cds序列

在学习比较基因组课程中,我使用从葫芦库基因组数据库中下载的genome.fa,cds.fa,pep.fa,gff文件运行01.prepare_data.sh脚本时可以正常的获得gff文件,但是在提取cds和ped时,出现报错 报错如下

文章 农艺性状表型数据与环境关联互作分析R代码

...高`#inter<-intersect(colnames(mydata1),colnames(mydata2))#去掉一些数据inter<-c("年度"   ,           "基因型"    ,        "单株产量"    ,      "淀粉含量(%)"    ,   "干物质含量(%)"  ,   "平均出苗率(%)"  ,  "生育日数(天)"   ,  "...

文章 CORNERSTONE你想要的项目管理工具,就在这里!

...择,使项目与组织业务目标一致;一方面通过自下而上的数据归集,为管理者分析和决策提供客观实时数据支持。     CORNERSTONE基石协作是一个一站式项目管理协作平台 结合应用了 销售管理              运营管理 产品&am...

文章 相关性分析及散点图绘制-脚本使用

...含要进行相关性分析的两个变量,且两个变量需为数值型数据,如下列表格所示: barcodeHRDIRPSTCGA-A1-A0SB-01A-11R-A144-07013.47TCGA-A1-A0SD-01A-11R-A115-072520.22TCGA-A1-A0SE-01A-11R-A084-071519.54 更多脚本参数设置及说明 初次使用脚本时,可以通...