问题 怎么下载拟南芥某个基因家族的蛋白序列，用TAIR网站搜索不到，输入基因名称全称还是缩写？

问题 老师你好， 一般来说，用hmmer搜索出来的结果和 blast出来的结果，哪个比较好一点呀？

问题 GWAS筛选阈值设置

For SNPs, we set the thresholds as −log10(P value) = 6, 6, and 4 for litter size, numbers of horns and nipples, respectively. 请问，这种自选的阈值，怎么选择呢？为什么有的是6有的是4呢？

问题 老师，这个筛选步骤每个基因组只有一个基因，后面提取可靠基因家族成员的蛋白全长序列正常，提取可靠基因家族成员的结构域序列这一步也是只有一个，是我前面的步骤出错了么，筛选前还一切正常，

这一步只有一行基因 这一步也是只有一行 这一步生成的文件正常

文章 3分2区蛋白质组学文章怎么写？

...在我们组学大讲堂问答社区（www.omicsclass.com.cn）进行问题搜索。 需要文章原文的老师请关注“组学大讲堂”微信公众号，转发该文章至您的朋友圈并截图，然后在公众号对话框内发送截图证明并留言 “玉米蛋白质组” 即可获...

问题 hmm筛选到好多基因，该如何设置E值

问题 用ncbi搜索pfam号 为什么没有 出来的是pmid 怎么办 文章也没有pfam号

文章 服务器docker防止退出之后容器杀死导致任务中断

ERRO[0000] Error refreshing container af05fafe31f6bfb00c2599255c47e35813ecf5af9bbe6760ae8a4abffd343627: error acquiring lock 1 for container af05fafe31f6bfb00c2599255c47e35813ecf5af9bbe6760ae8a4abffd343627: file exists ERRO[0000] Error refreshing container b4620633d99f156bb59eb327a918220d67145f819...

问题 FPKM值＞1可作为筛选数据的标准吗？

FPKM值≥1时有意义。有没有相关的文献做支撑

问题 我想利用已上传的转录数据做一个数据分析，现在遇到我查找的ID和上传的转录的ID不一致，我现在该怎么才能查找到我想要的基因的FPKM数据呢？

问题 老师，我在做基因家族相关分析时，发现NCBI已上传的基因组注释不全，不规范，其它网站也没有收录，基因家族分析能不能通过转录组数据（无参有参数据都有）来分析

文章 TCGA数据挖掘生物信息文章（肺鳞癌）

...预后特征lncRNAs。 lncRNAs互作分析 在starbase2.0数据库中搜索与这11个lncRNAs相互作用的蛋白质，绘制LncRNAs-Protein互作网络。 多因素生存分析 采用多因素的COX回归模型对预后特征lncRNAs进行分析并绘制ROC曲线，发现他们都对预后...

问题 已经发表的文章用的是两个隐马尔可夫模型，怎么样把搜索出来的数据合在一起呢？

问题 MCSCANX分析和串联重复分析

...我后来想了下可能没有说清楚，是这样子的： 课程里的筛选串联重基因的步骤和脚本是筛选到的同源基因吧？例如在200Kb以内是串联重复，不在就是片段重复，这种理解对么？ 我是用circos作图，其中的text.txt文件我是用的筛选...

问题 想问一下用做药物作用后的itraq标记质谱分析蛋白的变化？对照组是113和114，实验组是115,116,117，那如果得到了115/113,116/113,117/113,115/114,116/114,117/114这些都是实验组与对照组倍数变化fold change 以及他们对应的p值，那我怎么用，筛选的时候要用这六个比值的均值吗？还是有其他的筛选办法？还有六个p值应该如何来筛选？