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文章 2020年-基因家族分析文章怎么发！

...真的么？答案当然是否定的！闲暇之余，小编搜索统计了2020年截至到今天的基因家族分析文章的数量。小编使用PubMed进行文章检索，关键词是“genome wide”和“gene family”，搜索到了154篇基因家族分析类文章。当然，小编做的统...

文章 组学大讲堂教程优惠信息

...力奖，我们也是唯一入选的生物信息类团队！ 即日起至2022年1月3日，网易云课堂将开展9周年庆活动，我们组学大讲堂也将配合该活动发布三重优惠： 优惠购买方式： 1. 扫码进入组学大讲堂课程页面 2. 找需要学习的课程，...

文章 numpy从文件直接读入得到数组对象

...= np.loadtxt("iris.data", dtype = float64, delimiter=',', usecols = [0, 1, 2, 3])print(a)b = np.loadtxt("iris.data", dtype = "S", delimiter=',', usecols = [4])print(b)for x in range(len(b)):    print(a[x], "is ", b[0])          #指定数据类型，导入数据t = np.dtype([('sepal_length...

文章 利用NCBI和Pfam数据库查找基因家族保守结构域相关信息

...！ 如何查找基因家族pfam号：https://www.omicsclass.com/question/268 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录...

文章 进化树美化操作详解- iTOL

...击Tree upload即可上传已经构建成功的.nwk格式树文件。 2. 点击上传的树文件进入操作界面，我们主要通过右上角的控制面板进行基本操作。 （1）在Basic面板中，有Mode options、Label options、Branch options三大板块，Basic面板主要负责...

文章 转录组测序分析水稻旱作的重要基因

... 材料方法 材料：水稻（Oryza sativa L.) 两个品种，CR Dhan 202 (AAC，陆稻)，BPT 5204 (NAC，水稻)。处理：各品种分别进行旱作（土壤湿润，透气排水）和水作（水淹高度2.5 cm）培养，温室条件（28/20 °C day/night）。取样：萌发后（60-70 d...

问题 老师你好，我想问几个关于无参转录组的问题

...DNAMAN翻译成氨基酸序列并进行后续的预测吗？这准确吗？2、我用DNAMAN翻译的序列和用NCBI上查到的ORF区序列不太一样，我后续预测理化性质什么的话，我用哪一段比较好呢？

问题 GO富集气泡图和柱状图一样报错

...at, sep = sep, quote = quote, dec = dec,  :   EOF within quoted string 2: In scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec,  :   number of items read is not a multiple of the number of columns Error in `[<-.data.frame`(`*tmp*`, GO$Pvalue == 0, "Pvalue", value = 1e-15)...

文章 tsne_analysis.r 表达聚类分析

... path[required] -d dims, --dims dims set Output dimensionality [default=2] -p perplexity, --perplexity perplexity Perplexity parameter (should not be bigger than 3 * perplexity < nrow(X) - 1, see details for interpretati...

问题 有参转录组分析

...ery, seed_ortholog, eggNOG_OGs, max_annot_lvl, COG_category, De... dbl  (2): evalue, score ℹ Use `spec()` to retrieve the full column specification for this data. ℹ Specify the column types or set `show_col_types = FALSE` to quiet this message. Error in file(file, "rt") : cannot open the ...

问题 转录组分组间差异基因分析

...缘。筛选差异基因的阈值相同，都选定为FDR<0.05 且 |log2FC|>1，即两倍的差异倍数。 1 得到的差异基因数量相差非常多，一个物种的差异基因只有一两百，而另一个物种的差异基因多达9000多。除去可能存在的取样时候的问题...

文章 真菌比较基因组组装，三代真菌基因组组装

... of different species was carried out with Falcon (ver 0.5.0; Chin et al., 2016) and were improved using Quiver (Chin et al., 2013) and finisherSC (Lam, LaButti, Khalak, & Tse, 2015). For assembly of individual strains of P. noxius, Illumina paired end reads were trimmed with Trimmomatic (ver 0....

问题 下载COAD数据提示列不一致保存不成功

...chunk=6, method='client') Downloading data for project TCGA-COAD Of the 521 files for download 521 already exist. All samples have been already downloaded > # 保存结果 > data <- GDCprepare(query = query,  +                    save = TRUE,  +                  ...

问题 docker镜像和bio-linux镜像运行meme是出来的结果motif是否有差别？谢谢老师

问题1，docker镜像和bio-linux镜像运行meme是出来的结果motif是否有差别？ 问题2，运行meme时由于文件比较大，将一个文件分成两个文件运行了和一个文件运行出来的结果相同吗？ 谢谢老师

文章 堆叠柱状图-ggplot2

...r中postion="stack"， 数据参考：https://www.omicsclass.com/article/92 dat   type  Sample Num1     A sample1  902     B sample1  343     C sample1  564     D sample1  995     E sample1  156     A sample2  507     B sample2  208  ...