老师，在学习扩增子高级分析群落数据co-occurrence network分析，运行代码network=net_pro(igraph) 出现报错 Error in average.path.length(igraph) : At core/paths/shortest_paths.c:188 : Weight vector must be non-negative, got -0.509662. Invalid value
...是要整体后移以下，如图：，结构域缺失较多的基因，CDD数据库中却显示有结构，是不是要个别调整一下，还是遇到了那种正负链结构不同的比如这种，是不是要从正链调整到负链，这种怎么调整呢
老师们好，我按照参考数据的格式准备蛋白序列和gff文件，整理好的文件内容如下：这是我两株菌的blast结果 下面这张是把两个菌的gff文件简化并合并在一起的结果： 然后运行显示如下： 无结果啊啊啊啊！！！这是为啥...
老师让我做些转录组的数据分析，不知道自己的笔记本电脑能不能用。
还有后续步骤中分析B与A组的差异 求解，谢谢老师们 经过测试，用视频讲解里的GSE完全没问题，用我自己要分析的数据就会出现这种缺失值，请问该如何处理这种？如何继续分析下去
...的GO或者kegg富集分析，需要基因组当中所有基因的GO与KEGG数据库的注释信息，对于做模式物种的人来说很简单，有现成的注释结果，直接使用就可以，比如人里面可以直接用clusterProfiler进行基因集的富集分析；但是，对于非模式...
...用的生物信息学文件格式，用于存储基因组中的遗传变异数据，特别是单核苷酸多态性（SNP）和小插入/缺失（Indel）等变异。 VCF 文件通常由文本格式组成，可以用文本编辑器进行查看和编辑。每个 VCF 文件通常包含多行记录，...
...，对过程与技术进行持续改善Metrics – 度量：度量并使用数据来优化交付周期；通过建立有效的监控与度量手段来获得反馈,推动产品和团队的持续改进, 支持业务决策Sharing – 分享：分享成功和失败的经验来相互学习。 为什...
下载GEO Matrix数据没有问题， 但是下一步是对探针进行注释，换了好几个芯片，都是发现没有对应的GPL注释文件，就算打开，也只有 来源与Platform GPL16956 这样一个没有什么实质意义啊，无法下一步， 或者是Platform GPL19615 这个...
...文件“5.pick_otu_qiime/pick_de_novo_otus/otu_table_clean_rare.txt”（数据见图3），也看不出有什么问题，不知道是什么原因导致了无法进行分组group。
老师，您好！我按照组学课堂基因家族分析课程操作，输入以上命令后，检索出来的蛋白ID只有几个，这是从拟南芥数据库筛出来的。请问是不是bio-linux默认的阈值太小了？ 我使用 hmmsearch -h 找到了 --domT ，但是不会设置阈值。
...last分析（可能是速度慢的原因之一），同时我的qiime.fasta数据差不多是在300M（和老师教案中大小差不多），但是我速度太慢了，跑了将近一整天都跑不出来，也不报错，电脑配置也不差，请问如何提高速度，另外两种pick_open_refe...
老师好，我在使用promo网站分析动物顺式作用原件时，在物种分类里没有我的物种，就选择了较近的分纲，得出的数据放入tbtools可视化得到的图片好奇怪，密密麻麻的，是不是有哪里出问题了。
老师您好，我下载的geo数据库中的基因探针都是MSTRG开头的，有没有不用r包就能基因注释的方法，而且我在illumin的官网也没找见注释文件
经常会遇到对bed文件或其他相关数据的排序，记录一下如何先按照染色体号排序，然后按照坐标位置排序。 sort -k1,1 -k2n file1 > file2 排序完成后如下：