问题 老师，请问蛋白质组学差异蛋白的富集分析是用原文件中的基因ID还是蛋白ID呢，如果用的是蛋白ID，那蛋白注释库是怎么获取的呢？我只做过RNAseq的富集分析，不知和蛋白组富集分析有什么差别。先谢谢老师！

问题 基因结构分析

老师，在做基因结构分析，提取出来的结果文件只有mRNA信息，没有获得外显子，内含子等信息，请问是为什么？截图分别为输入文件，输出文件，用到的脚本以及gff3文件

问题 泛基因家族分析结构变异分析，生成的mcoords和mdelta文件为空

命令行是 #numer比对 for query in `cat stepmap_ID.txt`;do   #去除未组装到染色体水平的scaffold和contig序列   #seqkit grep -r -p '^chr\d+$'  $workdir/01.data_prepare/$query.fa  > $query.fa   ln -s $workdir/01.data_prepare/$query.fa      # 比对,生成query.delta ...

问题 GWAS分析程序问题

我在win11本地GWAS分析时，进行plink。结果报错了（Segmentation fault （Core dumped）），请问各位如何解决

问题 MCScanX 下游dual_synteny分析

老师，我在分析两个物种间的共线性时在下游分析时报错，报错结果见图，数据截图也给出，麻烦帮我看看，谢谢！ 报错截图 gff文件 控制文件 生成的共线文件

问题 泛基因家族分析时，泛基因集构建与家族成员分析用的镜像不同，有区别吗

请问老师在上课做26个玉米基因组的基因家族成员鉴定等分析时，用的是docker run -it -m 3G -v/home/us132/pan-gene-family:/work localhost/omicsclass/pan-gene-family:v1.0镜像，而做泛基因集列表时用的是docker run -it --rm --name pangene --group-add keep-groups -v ...

文章 比较好发、版面费又便宜的期刊推荐？

...结了一下，大家其实想问的是：1，这个期刊审稿周期长不长?——我着急发文章啊!!!太久的我等不了啊!2，拒稿率是多少啊?——我不想做分母啊!我想一投即中行不行啊!3，接收以后要多久才能见刊?——我要凭正式出版文章评职称...

问题 GWAS分析

老师，请问我GWAS关联到的，显著信号区域内的几个基因，在选择清楚分析中也是信号显著，但是在我的两个分组中的表达量是没有显著差异的。这样要如何解释呢

问题 老师您好，进行比较基因组分析时候，在第一步数据处理，保留编码蛋白基因，及最长转录本时，出现报错，这个对后续分析有影响嘛

文章 分析基因家族时两种搜索基因家族成员方法比较

在分析基因家族时需要鉴定基因家族成员时，有两种鉴定方法: 第一种、利用蛋白保守结构域的隐马尔科夫模型搜索。 第二种、利用BLAST序列比对搜索基因家族成员。 这两种情况的适用条件：如果要分析的基因家族有蛋白保守...

问题 16S扩增子分析中聚类分析出现问题。

###使用本课程中如下代码跑自己的项目，出现问题，求老师解答： ## 热图展示物种丰度：选择相对丰度最高的前35个物种进行展示 #heatmap plot  Phylum, Class, Order, Family, Genus, Species Rscript $scriptdir/abundance_heatmap.r --outdir abundance_heatma...

问题 基因家族分析

我用最新版的基因组数据进行序列相似性（blastp）和结构域分析，得到的基因家族个数只有别人文章里的一半。请问您觉得我是哪里出问题了？您有更准确的基因家族鉴定的方法嘛？

问题 CoNet分析按照设置报错

CoNet分析按照设置报错，是否对样本数量有最低要求。

问题 OTU分析时报错

您好，我看到您在十一月中旬提问OTU分析时报错，请问您现在解决了么，我和您碰到了一样的问题，想向您求助。

问题 用MENA对16S OTU进行网络图分析

老师您好！请问用MENA对16S 的OTU进行网络图分析的时候，为什么上传的原始数据的OTU ID和最后分析出来的node name并不是对应的？如原始数据中的ID是OTU1-900，但是分析后node name就会变成V4-16S+数字或者别的数字，那这样的话，在用cy...