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...的 libsolv，可以更快的解决环境依赖问题。mamba 的使用也比较简单，首先使用 conda 安装 mamba，后面所有用到 conda 的地方，都可以使用 mamba 替换即可。 安装：conda install mamba -c conda-forge mamba优点： 自带多线程下载下载repository data...
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...可能已经看出来了，在上面的密码子表中，同义替换位点比较少。实际上一个基因中大概只有25%的位点是同义替换位点。假设这个基因没有受到自然选择压力，那么根据中性选择理论，非同义替换率和同义替换率应该是相同的。...
...对结果中由于随机偶然性产生的匹配结果不大于10,E值越小结果越可靠。-o :查询结果输出文件名-m: 比对结果显示格式选项，缺省值为0 ，即pairwise格式。另外还可以根据不同的需要选择1~6等不同的格式。-I :在描述行中显示gi号[T/F]...
...标准内容，我们还能做些什么呢？ 此前，我们介绍了如何进行网站在线OTU互作网络分析——OTU互作网络分析用MENA，而今天我们又来推荐一个新方法——CoNet。CoNet全称是Co-occurence network inference，也可以称为共现性网络分析，可...
...; 6. 细胞系表现不稳定或结果与预期差别较大; 如何减少细胞系交叉污染？ 1. 从信誉良好的组织或机构获得细胞系 2. 良好的文档编制方法 3. 训练有素的技术操作员 4. 每种细胞系单独使用培养基 ...
...答复邮件就可以了。如果数据存在问题，工作人员会提示如何修改，完成处理之后会在邮件中给出GEO的Accession Number。到此，恭喜你完成了所有的上传工作，利用这个登录号就可以查询到上传的数据内容，也可以在文章中引用这...
...了。那么，目前生物科学领域非常火热的CRISPR技术收获又如何呢?我们一起来看看。 CRISPR共揽金3485万，最高资助298万! 我们从LetPub统计得知，2019年获得资助的CRISPR相关项目共72个，总资助金额高达3485万。 近几年来，国自然关...
...一篇文献中添加了基因标签的渐变色火山图，今天教大家如何使用R语言绘制一张类似的火山图。来自文章：Cell Rep. 2024;43(3):113784. 1.安装R包 #设置镜像， local({r <- getOption("repos") r["CRAN"] <- "http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"...
...并以RESTful API的形式开放给公众。在本文中，我们将探讨如何使用mygene.info的Python包来快速获取基因的相关信息。 特点 多物种支持: 包括人、小鼠、大鼠、斑马鱼等多个模式生物。多数据源聚合: 聚合了来自NCBI、Ensembl、UniProt等...
...令构建一层，因此每一条指令的内容，就是描述该层应当如何构建。 还以之前定制 centos7 镜像为例，这次我们使用 Dockerfile 来定制。 在一个空白目录中，建立一个文本文件，并命名为 Dockerfile： $ mkdir mydocker $ cd mydocker $ touc...
...治愈的可能，但晚期NKTL的预后都不理想。本文介绍作者如何利用外显子测序发现与该肿瘤相关的突变基因。 在本篇文献中，有一对来自非近亲结婚中国家庭的男性兄弟，他们被诊断出患有鼻腔NKTL，而这种肿瘤在家族亲人中同...
...区了吗？11.微生物多样性分析docker镜像使用12.生成OTU方法如何选择，去噪还是聚类？13.微生物多样性组间差异分析—STAMP使用！14.16SrDNA你知道多少？15.机器学习预测土壤枯萎病
...-case S1 --control S2 ： 指定metadata 分组列名，分组里面的比较组名字 ，如果分组名字有空格，应该用引号引起来： “Stage IA” --fdr 0.01 --fc 2 设置差异基因的筛选条件： 显著性和差异倍数 使用举例： Rscript $scriptdir/deseq_ana...