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文章 R语言基础入门—数据结构（2）

...我们执行上面的代码，它产生以下结果 - 'data.frame': 5 obs. of 4 variables: $ emp_id : int 1 2 3 4 5 $ emp_name : chr "Rick" "Dan" "Michelle" "Ryan" ... $ salary : num 623 515 611 729 843 $ start_date: Date, format: "2012-01-01" "2013-09-23" "2014-11-15" "2014-05-11"...

文章 rocks7 集群安装笔记

... 1、镜像下载 我们首先要去rocks官网获取roll镜像： http://www.rocksclusters.org/downloads/2017-12-01-download-rocks-7-0-manzanita.html 这里也提供度盘资源： 链接：https://pan.baidu.com/s/1nLjxZ0VnmbR_QUEfFS0rAA 提取码：87ds 2、镜像部署 镜像悉数下...

文章 flowCore R包安装报错

                 from RcppExports.cpp:4: /share/work/biosoft/R/R-v4.2.0/lib64/R/library/BH/include/boost/get_pointer.hpp:48:40: warning: ‘template<class&gt; class std::auto_ptr’ is deprecated [-Wdeprecated-declarations]  template<class T&gt; T * get_pointer(std::auto_ptr&...

文章 遗传家系图代表意思以及绘制技巧

...的可能性为携带者（下图）。 二、绘制家系图的软件HaploPainter HaploPainter，是一款简单易上手的家系图绘制软件，能通过直接新建，或者导入Ped,CSV格式的文件快速绘制家系图，链接：(https://sourceforge.net/projects/haplopainter/)。 ...

文章 从技术雷达看​DevOps的十年——容器技术和微服务

... 主机操作系统相同, 但这对许多云应用程序来说并不是一个严重的限制。一年之后，Docker 问世。两年之后，Docker 进入技术雷达。________________________________________容器技术 1.0：轻量级的 Vagrant ？在 Docker 出现之前，DevOps 社区就广...

文章 你了解SAM和BAM文件吗

...测序得到的fastq数据map到基因组之后，会得到一个以sam或bam为扩展名的文件。这里，SAM的全称是sequence alignment/map format。而BAM就是SAM的二进制文件，也就是压缩格式的sam文件。 那么SAM文件的格式是什么样子的呢？这里给大家简单...

文章 TCGA数据下载—TCGAbiolinks包参数详解

...项目，通过收集整理癌症相关的各种组学数据，提供了一个大型的，免费的癌症研究参考数据库。 官方提供了对应的下载工具Genomic Data Commons Datga Portal,  简称GDC, 网址如下:https://portal.gdc.cancer.gov/，挖掘里面的数据发生信文章近...

文章 rMATS turbo使用

rMATS（reproducible RNA-seq Analysis of Transcript Splicing）是一个用于RNA测序数据分析的工具，用于检测基因的剪接事件。rMATS Turbo 是 rMATS 的改进版本，专注于更高的性能和更快的速度，能够允许不同长度的reads进行分析。 rMATS可识别的...

文章 blast XML结果解析，获得更多blast比对信息 perl

...r/bin/perluse strict;use Bio::SearchIO;use Data::Dumper;my $fi     = $ARGV[0];my $out = $ARGV[1];my $format;$format||="blastxml";my $searchio     = new Bio::SearchIO(    -format =&gt; "$format",    -file   =&gt; "$fi");open OUT,"&gt;$out" or die "$!";#####################################...

问题 扩增子分析：qiime 聚类生成OTU-denovo方法分析报错

利用老师课程中讲的方法一pick_de_novo_otus.py进行的，但运行过程的日志文件中出现assign_taxonomy过程的报错。 [root@f0190be56047  21:19:38 /work/my_16s/5.pick_otu_qiime]# pick_de_novo_otus.py -i qiime.fasta -f -o pick_de_novo_otus \ &gt;     -p otu_params_de_novo...

文章 转录组个性化分析之可变剪切分析工具：rMATS turbo

可变剪接(Alternative splicing)：一个基因的外显子以不同的组合方式剪接形成不同的成熟RNA，从而被翻译成不同的蛋白质构体，因此，一个基因可能编码多种蛋白质。这个过程极大的增加了mRNA和蛋白质的多样性。可变剪切是一种后...

文章 R语言基础入门—R语言概述与安装！

... 1.什么是R语言 R语言是于1991年由新西兰奥克兰大学的Robert Gentleman 和 Ross Ihaka 及其他志愿人员开发的一个语言系统。因为这两个开发者的名字都是以字母R开头，所以就叫做R语言，R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。 2....

问题 老师好，我在利用在SNP设计dcasp标记时得到的primers.result.xls文件为空。

...e is:  CAPS_output/selected_CAPS_primers.txt ids is  [] SNP_A, SNP_B  G A CAPS found with enzyme  BstNI,PspGI,19 One nt can be changed to fit enzyme NlaIII,CviAII,FatI,132 change position and primer end postions are  298 [299] CAPS found with enzyme  ScrFI,StyD4I,66 CAPS found with enzy...

问题 R分析KEGG报错两处：绘制富集的pathway和KEGG富集结果气泡图

&gt; # KEGG pathway 富集分析,针对ENTREZID &gt; kegg = enrichKEGG(gene         = DEG_list, +                    organism     = 'hsa', +                    pvalueCutoff = 0.05) Reading KEGG annotation online: Reading KEGG annotation online: &gt; head(kegg) ...

文章 SGE添加计算节点步骤

...ith N1 Grid Engine using the sgepasswd client application. (See Appendix B for more information.) Log in to the execution host as root. As you did for the master installation, either copy the installation files to a local installation directory sge-root or use a network installation dir...