有两个文件,想让第一个文件的第一列，如果与第二个文件相同的话，则输出第一个文件的整行，例如 第一个 1.txta b 1b d 2c r 6d w 3e t 9第二个文件2.txtac输出的结果a b 1c r 6 类似于从gff文件中提取目标基因的注释
...”，SplitNTrim需要加入参数“ --create-output-bam-index false” 2. SplitNTrim后使用samtools index -c bam文件来生成csi的索引 3. GATK调用HaplotypeCaller的时候加入参数“-OVI False" 参考资料： 科学网—GATK流程不用再分割小麦染色体 part2 - 马省伟...
...locity(ST, emb='spatial') gridPhi = getGridPhi(X_grid_full, V_grid_full, R=2) plotPhiHeatmap(gridPhi, X_grid_full, emb='spatial') Out[19]: In [20]:fig, axs = plt.subplots(1, 2, figsize=(10, 5)) params = dict(density=1, arrow_size=10, arrow_length=100, color=identity, size=45, alpha=0.75) ax = axs...
... 1. 需要采用SMRT中的pbmerge, 不能采用samtools 的merge 。 2. 需要采用pbindex 对bam 文件进行index, 也不能采用samtools index 构建index 构建的index 文件（pbi后缀）非常的重要，因为后面的分析中，有些步骤虽然采用的是subreads.bam 文...
...算进去，只关心是否死亡，不关心因为何种原因死亡。 2.disease specific survival Overall Survival：DSS 疾病特异性生存期，结局指标改变为 “由特定疾病导致的死亡”，这时候开始关心死亡的原因是否是由特定疾病导致的。如果不是特...
老师们好！ 我在用Qiime2做16S V3-V4的分析，是直接拿到公司的测序数据，已拆分但未去接头。我去接头序列后用dada2做了去噪，原本10万 reads/sample在去嵌合体后一下子降到1万左右，前序步骤merged reads还有一半以上（如下图）。且...
图1为我研究对象基因组GFF3文件，图2为demo里拟南芥GFF3文件，由于我研究对象的基因组数据只能从NCBI下载，格式问题导致无法运行部分课程脚本，请问老师应该如何解决。
...有一种快速解决的方法。 1、选择要替换的单元格区域2、按CTRL+H快捷键，弹出查找与替换对话框3、在替换选项卡里，单击查找内容处后面的文本框，直接按快捷键CTRL+J（或者按住ALT键，依次按小键盘上的1和0）4、单击全部替...
...kages("BiocManager") BiocManager::install() BiocManager::install("limma") 2.安装devtools，安装带有示例数据的附加包 install.packages("devtools") devtools::install_github("bartongroup/proteusLabelFree") devtools::install_github("bartongroup/proteusTMT") devtools::install_github("barto...
...如我们当前的环境中已经有一个镜像叫做reseq，版本号是v2.0： 那我们需要load进去一个新的镜像，也叫reseq，版本号也是v2.0，那么我们需要对原本的镜像进行版本的修改： docker tag localhost/omicsclass/reseq:v2.0 localhost/omicsclass/reseq:lat...
...我之前算的时候直接用mafft比对CDS序列 然后用KaKs_calculator2.0算的 不知道算的对不对，因为我看正确的做法应该是用氨基酸序列比对 然后再转换为CDS序列 但是我用ParaAT这个软件的话因为物种太多导致文件名太长报错 运行不了）
[root@4527fed4ab00 16:49:56 /work/my_reseq/ref]# sh $scriptdir/index.sh Oryza_sativa.IRGSP-1.0.dna.toplevel.fa Oryza_sativa.IRGSP-1.0.61.gff3 REF: Oryza_sativa.IRGSP-1.0.dna.toplevel.fa GFF: Oryza_sativa.IRGSP-1.0.61.gff3 GTF: build Index start: RNN CMD:samtools faidx Oryza_sativa.IRGSP-1...
...？如果这样的基因比较多，是否需要考虑更换基因组？ 2.在得到的全部差异基因中，按功能注释查找目的基因，可能会出来好几条差异基因，这样的情况下是不是需要把每条的核苷酸序列都拿到NCBI上进行比对，以确定是不是所...
...it: https://www.omicsclass.com/article/1244 [optional, default: org.Hs.eg.db ] -t idtype, --idtype idtype deg gene id type: ENSEMBL SYMBOL ENTREZID GENENAME [...
ggplot2 的geom()函数（几何对象）中常涉及图形元素的位置调整position，通过不同的参数调整可以使图片呈现不同的效果，主要的位置调整涉及如下方式： position 描述 dodge 避免重叠，并排放置 fill 堆叠图形元素并将高度标准...