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问题 请问leafcutterrMATS软件怎么安装?是要先下载才能安装还是直接RStudio里面安装啊?

问题 tcga生存分析

...able("E:/TCGA/mirna-log2-2.txt",header = T,sep="\t",na ="NA") 不知道该怎么解决,问题是我还成功绘制过一张图片。。。不知道怎么解决 求教。。不太明白为何能计算出值,但是不能绘图 老师,我发现我的数据原本是count数据,然后我...

文章 Perl 包模块

Perl 包模块 Perl 中每个包有一个单独的符号表,定义语法为: package mypack; 此语句定义一个名为 mypack 的包,此后定义的所有变量子程序的名字都存贮该包关联的符号表中,直到遇到另一个 package 语句为止。 每个符...

问题 这个脚本如果直接从ensamble下载cdspep还需要去提取吗,是不是可以直接转换格式

... $species.longest_isoform.gff3   #Ensembl 下载的基因组 会基因mRNA ID前面加gene: transcript:这里给去掉   sed -i 's/gene://' $species.longest_isoform.gff3   sed -i 's/transcript://'  $species.longest_isoform.gff3   #提取cds序列   /share/work/biosoft/TransDecod...

文章 DEG_limma.R 差异基因分析limma

...532956 -m metadata文件路径,样本的分组信息,第一列必须表达文件的样本名称对应: barcodesubtype.hclustStromalScoreImmuneScoreESTIMATEScoreTumourPurityTCGA-LN-A9FP-01A-31R-A38D-31S11270.5680.419510.62835621TCGA-LN-A4MQ-01A-11R-A28J-31S2-1238-1102-23400.965989711TCGA...

问题 构建WGCNA

各位老师,就是我有一个芯片,里面含有lncRNA,miRNAmRNA的数据集。我构建WGCNA的时候,可以把差异的这些都一起扔进去分析吗?亦或者把lncRNAmiRNA的数据都拿出来,只用mRNA的来构建。

文章 GEO数据芯片数据挖掘-线工具分析GDS数据

...理,将能够进行生物学比较统计的样品数据归纳整理到一起,形成唯一的DataSet record(GDS accession)。这个DataSet中,所有的样品数据来源于同一种平台,数据背景处理标准化方法都一致。 而针对每一个GDS数据,都可以通过...

问题 老师请问一下这种图是怎么做出来的呢?我会做内含子外显子的图,也知道图上所得到的ghr-miR的信息,可是我无法把这二者像此图一样结合到一起

文章 Scrum与OKR融合实践经验分享

...清楚两种方法的范围参数,OKRScrum可以成功地结合一起使用,效果也确实不错。我们确立公司OKR后,会进一步落实实现OKR的行动方案。Sprint行动方案能行动周期内有机结合,促进团队OKR的达成。   为了能让这两种...

问题 请问scaffold序号染色体序号有什么关系?分析得到基因定位scaffold上怎么解释?谢谢老师

文章 Braker 有转录组数据预测基因 多样本转录组

...本的数据,就运行多次比对,注意修改输入的 fastq 文件输出的 bam 文件#双端readfor i in leaf root stem flower seed;do hisat2 --dta --new-summary -p $threads -x $genome -1 $datadir/${i}_1.fastq.gz -2 $datadir/${i}_2.fastq.gz  2>$i.hisat2.log| samtools sort -@ 10 > ...

问题 ncbi里转录组分析里的名称Ensembl里检索的名称对应不上怎么

文章 进化树构建的方法及原理详解

...细菌的核糖体RNA,你可以将它跟所有已知的核糖体RNA放一起,然后用他们构建一棵系统发生树。这样就可以从树上推测出谁这个新细菌的关系最近。系统发生树还可以预测一个新发现的基因或蛋白质的功能。系统发生树还分...

文章 鲈鱼MAPK基因家族分析文献下载及解读

...为据!基因家族分析学习链接:基因家族分析视频课程 一起看一篇10月11日发表期刊Gene(IF=2.498)上的题为:Identification of mapk gene family in Lateolabrax maculatus and their expression profiles in response to hypoxia and salinity challenges的基因家族...

问题 老师,我现肠道菌群送检的数据有两个批次,用的引物序列不一样,去除引物的操作中是分为两组去除吗,还是一起去除两次,去除后如何合并两组处理后的数据