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文章 BSA分析中MutMap 分析：95% 99%阈值置信区间是如何计算的

...-runif(1) if (x<=0.5){count<-1}else{count<-0} }else{for(i in 1:2){x<-runif(1) if (x<=0.5){number<-0.5}else{number<-0} if(number == 0.5){count<- count+0.5}}}return(count)}#######################################################################caluclate of genotype ratio####...

问题 老师你好，我在使用qiime进行聚类分析中的pick_open_reference_otus.py进行聚类时，总是提示usearch61的版本不对，后来使用psortmerna_sumaclust 分析到一半的时候也开始报错了

...e "/biosoft/miniconda/envs/qiime1/bin/pick_open_reference_otus.py", line 432, in main     minimum_failure_threshold=minimum_failure_threshold)   File "/biosoft/miniconda/envs/qiime1/lib/python2.7/site-packages/qiime/workflow/pick_open_reference_otus.py", line 1030, in pick_subsampled_open_refer...

问题 使用Launch_PASA_pipeline.pl 脚本报错

...e.pl  -c alignAssembly.config -C -R -t Trinity-GG.fasta --ALIGNERS minimap2 -g ./genome.fasta --CPU 68 1>pasa.log-connecting to SQLite db: /tmp/Bra-pasa.sqlite-*** Running PASA pipeine:-- Skipping CMD: /usr/local/src/PASApipeline/scripts/create_sqlite_cdnaassembly_db.dbi -c alignAssembly.config ...

问题 微生物16S分析物种功能预测PICRUSt2部分，进行代谢通路差异比较可视化

微生物16S分析物种功能预测PICRUSt2部分，进行代谢通路差异比较可视化时，如果是三组之间比较分析，这个代码应该怎么修改，谢谢老师！Rscript $scriptdir/ggpicrust2.r --daa_method $m  \     --pathway_table q2-picrust2_output/pathway_abundance.qza \ ...

文章 BSA分析中QTL-seq 分析：95% 99%阈值置信区间是如何计算的

...###################individual_analysis<- c(Arg[1])reprication<-c(Arg[2])filter_value<-c(Arg[3])population_structure<-c(Arg[4]) #RIL or F2depth_analysis<-c(1:300)###########input##########################################################genotype#############################genotype<-...

文章 正则表达式

... if(/abba/){        print "It matched!\n";  #返回匹配为真} 2. 元字符，在正则表达式中有特殊含义。     . 为匹配任意一个字符的通配符，\n除外。    \ 在元字符前加上反斜线\产生转义 ，使后一位元字符失去特殊作用。    () 模...

文章 perl处理文件路径

...10_Epididymal.fq.gz 则输出 $filename ==> 4910_Epididymal.fq.gz; 2. 方法dirname 只取路径部分，例如 /wangq/project/4910_Epididymal.fq.gz 则输出 $path ==> /share/nas1/wangq/project;3. 方法fileparse是将一个文件的全路径拆成三部分，文件名、目录名...

文章 520又又又到了，为啥科研汪不容易找对象？

...姐姐今天怎么过? 学霸姐姐：还能怎么过??今天是周一，工作日，按部就班，实验室走起。。。。今天和前面很多天一样，并没有什么区别。。。。 唉，虽然学霸姐姐人见人爱，花见花开，男粉丝也有一大把，但依然是只单身...

问题 基因家族启动子顺势作用元件预测网站plantcare对昆虫适用嘛？

...一下根据mitof分析结果可以看到在一个基因位置基因id:9852 发生了2个拷贝，这种情况需要把这个基因拆成2个吗？9852在基因组注释结果里是1个基因，中间没有终止密码子。 或者在命名的时候命名为9852_1, 9852_2?

文章 GATK外显子测序数据肿瘤体细胞突变数据分析

...准流程： https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/articles/360035535912 肿瘤成对样本测序的数据比对到参考基因组命令行如下： #两个样本bwa分别比对到人类hg38参考基因组上：bwa mem Homo_sapiens_assembly38.fasta N154_1.clean.fq.gz N154_2.clean.fq.gz \ -t...

文章 CentOS 7 清理删除卸载 Docker 环境

1. 杀死所有运行容器 # docker kill $(docker ps -a -q) 2. 删除所有容器 # docker rm $(docker ps -a -q) 3. 删除所有镜像 # docker rmi $(docker images -q) 4. 停止 docker 服务 # systemctl stop docker 5. 删除存储目录 # rm -rf /etc/docker# rm -rf /run/docker...

问题 老师，在下载过程中一晚上不加载了，请问如何解决？

...al sample to download:", length(samplesDown)) Total sample to download: 582 > # 下载甲基化数据，数据非常非常大,采用client下载，需要很长时间，耐心等待吧 > # 如果下载中断了，请再次执行，client 可以续传 > GDCdownload(query.met,directory = D...

文章 2019最新影响因子出炉：生物类期刊有哪些变化？

...母级期刊，年发文量也在缓慢下降。今年的分数几乎没有变动，仍然在2.7分左右，日后能不能回到3，还是个问题。 Medicine 降了！最有代表性的水刊之一，今年终于滑到2分以下，以后，怕是很难上来了。 Oncology Letters/Oncology Rea...

文章 微生物多样性分析之Bray curtis距离

...值。 举例说明群落A和群落B的OTU统计如下表communityOTU1OTU2OTU3OTU4OTU5A108411B73840 min(S_(B,i)S_(B,i)) = 7+3+4+1+0 = 15sum(S_(A,i)) = 10+8+4+1+1 = 24sum(S_(A,i)) = 7+3+4+8+4+0 = 22D = 1 - 2*15/(24+22) = 0.3478

问题 Bioconductor包安装时出现警告，导致最后出来的图片部分缺失

... ($_=~/gene_id\s\"(ERCC\S+)\"/){print "$1\t$1\n";}' /var/data/work/refs/chr22_with_ERCC92.gtf | sort | uniq > ENSG_ID2Name.txt head ENSG_ID2Name.txt Rscript /var/data/demo/script/edgeR_deg.R /var/data/work/5.de /var/data/work/4.expression/gene_read_counts_table_all_final.tsv 出来的结果...