找到约 15 条结果

问题 基因家族提取用hmmsearch --domtblout result.txt --cut_tc zf-C2H2.hmm Fvesca_226_v1.1.protein.fa 时提示 Failed to open tabular per-dom output file result.txt for writing

我用Bio-Linux-8.0.7.2018.10.31可以运行这一步，但Bio-Linux-8.0.7-2019.3.20这个版本运行出现上的提示，请老师指导

文章 提取指定基因的fasta序列

...简单。 用法如下： perl /share/work/huangls/piplines/01.script/get_fa_by_id.pl <id><fa><OUT> 例如： perl /share/work/huangls/piplines/01.script/get_fa_by_id.pl id.txt input.fasta out.fa 其中 id.txt 为要提取的序列ID，input.fasta 为输入序列文件，ou...

文章 agilent表达谱芯片注释信息提取

...,5)        ProbeName        GeneName  SystematicName1 GE_BrightCorner GE_BrightCorner GE_BrightCorner2      DarkCorner      DarkCorner      DarkCorner4    A_23_P117082           HEBP1       NM_0159875   A_33_P3246448          ...

问题 perl 哈希输出的问题

...入了“%motifID”，部分结构如下：           'sequence_117' => {                              'name' => 'Gohir.A01G185500.1_and_Gohir.D01G176300.1',                              'motifs' => [           ...

文章 绘制HIC热图

...第一个是bed文件，通过软件包里面HiC-Pro-3.1.0/bin/utils/digest_genome.py脚本生成。 digest_genome.py  -r  mboi -o  genome.final  genome.final.fa    #指定HIC数据使用的酶   mboi：GATC；dpnii：GATC ；bglii：AGATCT；hindiii：AAGCTT 文件格式如下： chr2  ...

文章 阿里云短信发送API笔记

...短信python版本API开发示例包： https://help.aliyun.com/document_detail/55491.html?spm=a2c4g.11186631.6.578.161d5a6dfJUt8X 下载SDK  python短信发送包：https://help.aliyun.com/document_detail/55359.html?spm=a2c4g.11186623.2.16.39c06e44yEn8JH 然后就可以安装python包：   ...

问题 TCGA数据下载后保存出错

...load will download 407 files. A total of 105.663384 MB Downloading as: Sun_Aug__5_19_35_20_2018.tar.gz Downloading: 110 MB     >  > # 保存结果，方便后面使用 > data <- GDCprepare(query = query,  +                        save = TRUE,  +            ...

问题 asv分类报错

...： qiime feature-classifier classify-sklearn \   --i-classifier $silva_classifier \   --i-reads ../02.feature_table/repset-seqs.qza \   --p-n-jobs 10 \   --p-confidence 0.7 \   --o-classification taxonomy.qza 报错 Traceback (most recent call last):  File "/root/miniconda3/envs/qiime...

问题 老师，您好！我在用-SortGenotypeFilePlugin排序vcf文件时，得出来的文件比原始文件小很多。

...izegenetics.dna.map.PositionListBuilder - validateOrdering: PositionChr:HIC_SCAFFOLD_11Pos:40436InsertionPos:0Name:SHIC_SCAFFOLD_11_40436Variants:G/AMAF:NaNRef:G and PositionChr:HIC_SCAFFOLD_9Pos:117578893InsertionPos:0Name:SHIC_SCAFFOLD_9_117578893Variants:G/AMAF:NaNRef:G out of order.

文章 python 版本的MCScanX分析物种之间分共线性

...bella           Csativus             Csinensis Csubellipsoidea_C-169           Egrandis                Fvesca                  Gmax         Graimondii        Lusitatissimum            Mdomestica         Mesculenta             Mguttatus ...

文章 你还在为基因芯片表达差异分析发愁吗？这个方法带你飞！

...      GSM49939 GSM49940 GSM49941 GSM49942 GSM49943 GSM499441007_s_at     23.0     13.8     26.5     75.9     94.9     84.61053_at     1449.9   1826.7   2242.8   1508.8   1523.0   2355.5117_at       109.2     71.5    106.7 ...

文章 非模式物种10X空间转录组单细胞参考基因组构建

...-c https://orchidstra2.abrc.sinica.edu.tw/orchidstra2/pagenome/padownload/P_aphrodite_genomic_scaffold_v1.0.fa.gzwget -c  https://orchidstra2.abrc.sinica.edu.tw/orchidstra2/pagenome/padownload/P_aphrodite_genomic_scaffold_v1.0_gene.gff.gz#解压gunzip *gz#如果没有GTF文件可以转换一下gffr...

文章 CentOS 7 清理删除卸载 Docker 环境

... docker-engine-selinux.noarch sudo yum –y remove docker-buildx-plugin.x86_64 docker-ce.x86_64 docker-ce-cli.x86_64 docker-ce-rootless-extras.x86_64 docker-compose-plugin.x86_64 docker-scan-plugin.x86_64

文章 微生物多样性分析之Bray curtis距离

...样相比于jaccard距离Bray-Curtis则包含了OTUs丰度信息。其中S_(A,i)和S_(B,i)表示第i个OTU分别在A群落和B群落中的计数。min表示取两者最小值。 举例说明群落A和群落B的OTU统计如下表communityOTU1OTU2OTU3OTU4OTU5A108411B73840 min(S_(B,i)S_(B,i)) = 7+3+4...

问题 安装 velocyto 报错

...ng build dependencies ... done   Checking if build backend supports build_editable ... done   Getting requirements to build editable ... error   error: subprocess-exited-with-error   × Getting requirements to build editable did not run successfully.   │ exit code: 1   ╰─> [19...