问题 RNAseq转录组-基因差异表达分析

老师，请教您一个关于RNAseq数据分析的问题，如果我有1个对照组、3-5个实验组（每个实验组有两个重复），我可以对1-5组一起进行RNA-seq差异基因表达分析吗？可以用什么方法呢？ 我目前只接触过两组间（1个对照组、1个实验组...

问题 两个不同的基因家族可以分析蛋白互作吗？做些什么分析能把两个基因家族联系起来呢？

1、两个不同基因家族已经分别做完全基因组分析了，接下来可以做些什么把两个基因家族联系起来呢？请各位有经验的朋友给点建议，谢谢大家 2、打算做两个家族的蛋白互作分析，请问可行吗，有视频教程可以购买吗？ 3、...

问题 串联重复基因分析

老师，在进行共线性分析时，基因加倍与串联重复分析，得到如图结果，我没发现有串联重复基因，全部都是片段重复基因，这样的结果对吗

问题 请问大家，我现在用linux虚拟机4G进行rna-seq是不是内存不太够要求呢？我现在学习到了hisat2比对的环节，但是log文件显示这样的信息，sam文件是0字节，有点摸不着头脑。

文章 R was not built as a library python 中 rpy2 报错

...e-R-shlib 选项，将R编译成lib模式！ 因此，我重新下载最新版本的R 3.4.2并编译安装：./configure --prefix=<YOUR_R_HOME> --enable-BLAS-shlib --with-blas --with-lapackmake && make install 最重要的是如果R安装到个人路径下，记得添加环境变量：...

问题 老师我做比较基因组的时候，准备文件阶段时用Ensembl 下载的基因组为什么跑不出来cds和蛋白质文件，跑出来的结果都是0kb，wsl内存也设置了，麻烦老师您再看一下

01.prepare_data.sh.o

问题 做两个组中共线性分析时，两个物种分开做种内共线性分析可以跑出来，做种间却不行，是为什呀，

两个物种的GFF文件合并有什么特殊的要求么，与做种内共线性分析有啥不同

问题 老师，请问一下我在进行WGCNA分析时，将原始数据的基因顺序打乱后，分析得到的关键基因就变了，请问一下这是怎么回事啊？

老师，请问一下我在进行WGCNA分析时，将原始数据的基因位置改变之后，分析得到的关键基因就变了，请问一下这是怎么回事啊？

问题 老师，您好，我在做wgcna分析时，灰色模块内的基因数量过多，这对我后续的分析有影响吗

问题 有关于GSEA富集分析参数设置

老师，在做GSEA富集分析的时候默认参数没有富集到基因，查阅相关资料，可以通过改变参数富集到基因，但是有关于参数设置的合理性和后期实验验证的可能性，还是有疑问具体想请教：老师，想请教一个有关于富集分析的问...

文章 清华学生是如何度过大学4年的

...在清华很多。 邓小平说：“科学技术是第一生产力”，不错，再给大家举一个例子：我们都该玩过的那种红光激光笔，我前几天在市场上看到最低的一款售价是3元人民币。我们系信息光电子所做的一个项目“绿光半导体激光笔...

问题 WGCNA分析进行模块和性状相关性分析时，trait文件如何做？

WGCNA分析进行模块和性状相关性分析时，trait文件如何做？ 例如以下面paper中的图为例 实验设计是：选取了两个大豆品种做转录组分析，分别是：大籽粒Wandou 28 (V1)，小籽粒Peixian Layanghuang (V2)，取样时期为三个时期：seed set (S1), ...

问题 请问一下，就做了一个转录组测序，样本是不同的组织，能否用WGCNA分析分析，写个文章？

这里的组织相当于指的是根茎叶花，花瓣，纤维，胚珠等22个组织，没有其他处理。

文章 6分SCI（医学类）-按这个思路很好发！

我们最近推出了一门重现6分医学文章分析内容的课程《TCGA-甲基化生存分析》，下面通过一篇6分SCI文章跟大家介绍一下该课程内容。 该文章于2018年11月发表在Clin Epigenetics(IF=6.0)上，题目是《A five DNA methylation signature act as ...

文章 采用差异表达基因进行WGCNA分析是不合理的

...学员参考一些低分的文章，选择差异表达的基因进行WGNCA分析，那是非常不合理的。官方FAQ中也特地强调了这一点。 再次强调一下，不要看见别人用差异表达基因，就认为那是合理的，而忽略了WGCNA分析原理。 如果你想学习WG...