...群体规模的测序项目；每台HiSeq X仪器三天可产生1.8 Tb的数据，即每天600 Gb；若同时运行10台仪器，每年可测序>18,000个人类基因组。 2. NovaSeq测序仪：NovaSeq 5000和6000系统的售价分别为85.0万和98.5万美元，可单台购买，相比HiSeq 25...
Genomics Database 对于群体数据来说，多样本同时时行 SNP Calling 的准确度要优于单个样本的 SNP Calling. GATK3 的多样本 SNP Calling 功能是 CombineGVCFs，GATK4 新出了 GenomicsDBImport功能，官网建议它适合1000个样本以上的 SNP Calling，但是它的...
...单，在命令行直接运行下列命令： pip install jcvi 2. 数据下载 运行MCscan需要序列以及坐标文件，分别是fasta格式以及BED格式的，例如，可以从Phytozome下载cds的序列文件以及gff文件，再由gff文件生成BED文件。当然JCVI有相应的...
...析流程： 1、下载人类、猕猴、树鼩（参考物种）基因组数据，利用Python语言对基因组数据进行处理。 2、利用BLAST进行序列比对，或者基因组之间的同源信息。 3、利用强大的ColinearScan共线性分析软件获取共线性区段。 4、利...
...将提供完整的实验流程报告、测序文件、实验图片、实验数据等，还可提供慢病毒感染各类细胞及动物的相关实验，很全面了有木有！ 学霸姐姐只能帮你到这里了，剩下的就要看你自己了！ 生物女学霸，一个自称学霸其实很...
...合适的FPKM文件。我做的物种是草莓A种的HSP70基因家族，数据库上有B种草莓的转录组数据，这两种草莓的基因注释的ID不一致，这个时候我可以利用blast本地建库来匹配A种草莓与B种草莓的基因吗？也就是X基因在A草莓有一个ID，B...
...值为1；M2是在M1的基础上增加了第三类ω值，该类ω是通过数据计算得到的，有可能大于1；M3假定所有位点的ω值呈简单的离散分布趋势；M7假定所有位点的ω属于矩阵（0,1）且呈beta分布； M8是在M7的基础上增加另一类ω值，该值可...
... 日常科研中你我经会常遇到看不懂的图表，不会挖掘的数据，没有思路的文章，沟通不畅的个性化分析，求人不如求己，一切痛点都能解决： 1. 单细胞/空间转录组正在大火，高分文章必备，0基础学单细胞/空间转录组分析，...
...治疗中的巨大潜力。 间充质干细胞的研究有多热门？数据告诉你！ LetPub数据显示，2019年国家自然科学基金项目中，关于间充质干细胞的项目共132项，总资助基金达5564.7万； Pubmed 数据库中有关间充质干细胞的相关的文献累...
...，我的物种是川桑（Morus notabilis），没有收录在在Ensembl数据库，所以我是在川桑数据库下载的genome，gene，cds及protein。如下图 然后在NCBI上下载了川桑的GFF注释文件，如下图 老师，下图是我根据视频学习找到的基因ID然后运行...
盐芥的基因组有新的到染色体水平的数据，但是没有基因的GFF3数据。如何获得或自己制备基因的GFF3文件，用于对基因家族的生物信息学分析？
...na.toplevel.fa --genes=Zea_mays.Zm-B73-REFERENCE-NAM-5.0.62.gtf 3.示例数据下载 wget -c ftp://download.big.ac.cn/gsa2/CRA015077/CRR1070725/CRR1070725_f1.fq.gzwget -c ftp://download.big.ac.cn/gsa2/CRA015077/CRR1070726/CRR1070726_f1.fq.gzwget -c ftp://download.big.ac.cn/gsa2/CRA015077/CRR1070...
...件分析； 6. 家族内基因表达模式分析（结合转录组或QPCR数据）； 不了解基因家族分析论文思路的小伙伴可以参考以下几篇最新基因家族分析类文章精讲（点击蓝色字链接）：抗逆性基因家族分析；钾离子转运载体基因家族分...