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问题 你好老师有关网络图绘制的问题

...怎么操作呢(因为网上看到的博客写到这个地方就没了)，2.用Cytoscape软件中CoNet插件绘制网络图时老是出现错误这个是怎么回事具体参数是怎么设置的呢

问题 SSR查找及引物设计

...l in Perl 5.30),passed through in regex;marked by <-- HERE in m/([ACGT]{2})\1{ <-- HERE 0.5}/ at ../primer_design/my_misa.pl.txt line 126,<IN> chunk2.是怎么回事？需要怎么解决？

文章 VirusDetect-小RNA鉴定病毒

...数据与宿主基因组进行比对，过滤掉来源于宿主的序列 2. 没有比对上的序列，进行denovo 组装 3. denovo 的序列与已知的病毒库进行比对，找到相似度高的病毒序列 VirusDetect 是一个小RNA鉴定的病毒的分析流程，非常的好用，并且...

文章 PubMed文献按影响因子排序

...。 其次，进入之后按下面步骤建立filter，关键为step2 制作过滤条件： 在step2中，我们输入影响因子大于30的杂志的名称，格式为：把杂志名称用双引号引起来，后面跟一个[journal] 然后or 再跟杂志一个杂志，直到把所有影...

问题 老师，我在学习基因家族视频，用perl脚本预测基因顺式作用元件时出现了问题，提取不了位置信息

...et_gene_weizhi，得到gene_weizhi.txt文件，如下图 一共得到了2万多个结果，我的基因一共才六十几个，我查看了一下GFF文件（下图），发现这2万多个结果（就是NW开头这一栏）是GFF里面所有注释的gene，也就是说不是按照我的基因ID...

文章 biolinux虚拟机不能为虚拟机打开一个新任务，或者一直黑屏解决办法

... 代码: E_FAIL (0x80004005)组件: ConsoleWrap界面: IConsole {872da645-4a9b-1727-bee2-5585105b9eed} 报错截图： 解决办法： 当遇到上面情况的时候，或者一直黑屏进入不了biolinux，那是因为你的电脑CPU的虚拟化设置没有打开，应该到BIOS中...

文章 ggplot2几个主题类型

演示ggplot2几个默认的主题类型，直接套用对应的函数即可 数据参考 https://www.omicsclass.com/article/92 dat   type  Sample Num1     A sample1  902     B sample1  343     C sample1  564     D sample1  995     E sample1  156  ...

问题 老师您好，请问我mac电脑如何启动镜像

docker run -it -m 3G --cpus 1 --rm -v D:/ampliseq-q1:/work omicsclass/ampliseq-docker run -it -m 3G --cpus 1 --rm -v D:/ampliseq-q1:/work omicsclass/ampliseq-q1:v1.2 这是您的代码。我的存放的文件地址是/Users/wuzhengyuan/Desktop/1/qiime1

问题 基因结构变异和表达量的分析

...后报错 Rscript $scriptsdir/compare_stat_boxplot.r -m fpkm_SV_to_draw.2.txt -g SV -v value -b ID 对输入文件有进行去重复，仍然报错，我的输入文件有7个样本，不知道是否需要调整r代码？

文章 blastn使用方法及结果详解

一、blastn使用 1. 建库 makeblastdb -in xxx.fa -dbtype nucl 2. 进行序列比对 blastn -query yyy.fa -db xxx.fa -out out.txt -evalue 1e-5 -outfmt 6 -db: 指定blast搜索用的数据库，同建库步骤的序列 -query:用来查询的输入序列，fasta格式 -out：输出结果...

问题 GWAS分析中，Emmax对于SNP数量是否有要求？

各位大佬好，最近在用Emmax进行GWAS全基因组关联分析研究。但发现前面得到的6千万个SNP位点，但在emmax-intel64后仅有前2千万个SNP进行了分析。请问这类软件对于SNP数量有要求吗？

文章 linux-列合并

...右排起来，例如文件1的内容是： HelloHelloHelloHello 文件2： WorldWorldWorldWorld 则合并之后的结果为： Hello   WorldHello   WorldHello   WorldHello   World 命令为: paste file1 file2 > result 参数 -d 可指定连接符： paste -d '@' file1 file2 > res...

文章 安装R包的几种方法

...R镜像仓库，提高下载速度 install.packages(c('dply','plyr','ggplot2'),repos='http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/') 2.  bioconductor 安装生信类相关的包 if (!requireNamespace("BiocManager")) install.packages("BiocManager") # 输入包的名称即可 BiocManager::install(...

文章 Linux下载数据

... 下载及安装linuxnd软件：http://data-deliver.novogene.com/download 2. 登录 $/share/work/biosoft/nuohe/linuxnd/lnd login -u 用户名 -p 密码 3. 查看目录 $/share/work/biosoft/nuohe/linuxnd/lnd list    #list用户根目录$/share/work/biosoft/nuohe/linuxnd/lnd list oss://xxxx...

文章 ppi_network.r 蛋白互作网络分析

... 使用举例： Rscript $scriptdir/ppi_network.r -g ../04.deg/S1_vs_S2.DEG.final.tsv -p S1_vs_S2 结果展示： 参考文献： Damian Szklarczyk, Annika L Gable, David Lyon, Alexander Junge, Stefan Wyder, Jaime Huerta-Cepas, Milan Simonovic, Nadezhda T Doncheva, John H Morris, P...