...，我的物种是川桑（Morus notabilis），没有收录在在Ensembl数据库，所以我是在川桑数据库下载的genome，gene，cds及protein。如下图 然后在NCBI上下载了川桑的GFF注释文件，如下图 老师，下图是我根据视频学习找到的基因ID然后运行...
...大概查询了一下，应该是eQTplot需要调用dbplyr去查询ensemble数据库，dbplyr的功能描述——远程数据库查询： 最新版本的dbplyr和BiocFileCache存在不兼容的问题，对此官方也进行了说明： 因此我们需要降低dbplyr包的版本： #先删...
蛋白质组数据采用maxquant 进行鉴定和定量分析之后，还需要进行蛋白的差异表达分析。目前大部分的分析软件都是在windows 上进行分析，不方便自动化。 为了方便进行自动化的分析，可以采用一个R包proteus来完成。该软件包的下...
...是靠2-8位的序列，这就导致特异性比价差，建议结合实验数据，对靶位点进行验证，获得可靠的调控关系信息。 2. lncRNA与编码蛋白基因间的相关性： 基于ceRNA理论，竞争性的分子间存在着一定的协同相关性，可以基于分子间的...
...便地访问到其生物分析文档系统及对测试程序有用的样本数据。用于处理新型序列数据类型的Bio-Linux软件包可额外安装。 最新发生版为Bio-Linux8.0, 基于Ubuntu 12.04 x64版本，发布于2014年7月，安装程序大小为2G，安装需要至少15G硬盘...
进化树的构建 （1）数据准备在进行系统发育分析时需要通过构建系统发育树来描述不同物种或者基因之间的进化关系，通过同源DNA的核苷酸序列或者同源蛋白质分子的氨基酸序列可以实现构建进化树的构建。（3）序列比对为...
...您好，我的基因组是1.37G的，目前我的298个重测序样本的数据平均覆盖度是7.76，平均比对率是96.21%，目前还有一些样本是平均覆盖度（18样本低于5X）和比对率（13低于85%、其中1个为68%）较低（见下图），想请教老师平均覆盖度...
...Baltico’的新鲜叶片进行了4种测序，将ul ONT、HiFi、和Hi-C数据投入到hifiasm这个软件中进行初步的组装。删除细胞器基因组和一些可能存在的污染情况。用3D-DNA和 JUICER借助hi-c数据将基因组挂载到染色体水平，之后发现两个单倍型...
...e并支持可视化结果图 (3)支持物种为人或者小鼠； CellChat数据库介绍： CellChat细胞通讯数据库通过整合KEGG和文献，构建了细胞通讯数据库cellchatDB，数据库主要包括三部分，（1）旁分泌、自分泌的信号互作Secreted Signaling。（2）...
...见，因为它们对可用内存有限制。即使在64位版本中，当数据集非常大时也可能遇到内存问题。解决这个问题通常需要优化代码以减少内存使用，使用更高效的数据结构（如data.table），或在硬件上增加内存。 Error: package ‘XYZ...
...个标记做分型，不同的遗传图构建软件，对于标记的分型数据记录是不一样的的； 例如用的最多的joinmap软件基因型编码如下： 这里介绍如何用SSR标记和SNP标记做分型： SSR标记分型 我们利用SSR标记扩增之后跑胶，就可以根...
一、测序数据比对到目标序列，并提取比对到的reads，得到fsatq文件 1.二代数据比对 bwa-mem2 #检索引并比对bwa-mem2 index reads.fabwa-mem2 mem -t 20 reads.fa 1.clean.fq.gz >alignment.sam#sam文件转化为bam文件samtools sort -@ 4 -O bam -o align1.sorted.ba...
我的数据： 一组差异表达分析结果，包括基因的名称，基因的表达量已经差异分析结果，上下调信息如下，所以我只需要第一列可以做venn图，最后一列做数量统计： 当然我的差异表达分组很多，有很多这样的文件，不同的...
...个循环中使用while和each遍历哈希，然而结果总是少了一些数据，后来将哈希改为数组，for循环数组后就没问题了。 网上查询原因才知道用 while 循环 + each 函数遍历哈希表的时候，如果提前跳出了while循环，那么下次再接着用 each...
... 式中， 为自变量的偏回归系数，它是须从样本数据作出估计的参数； 是当X向量为0时， 的基准危险率，它是有待于从样本数据作出估计的量。 由于 未知， 该公式是无法进行分析的，比较建立在一定的假设...