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文章 非小细胞肺癌(GSE148071)

数据下载: wget -c "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE148071&format=file" -O GSE148071_RAW.tartar xvf GSE148071_RAW.tar 数据map.txt 准备: GSM4453576 P1 71 female LUSC advanced GSM4453577 P2 62 male LUAD advanced GSM4453578 P3 67 male LUSC advanced GSM4453579...

文章 混池(BSA)定位必看的10个知识点!

...没有亲本的情况下进行,但这样定位效果肯定不如有双亲数据的实验。建议重新杂交构建群体,保存好亲本DNA,以备后用。 Q4:子代取多少样品才够呢? A4:子代的取样应当符合以下原则:定位质量性状的,应该取尽可能多的...

文章 领取180篇2018年最新基因家族分析类文献(文末领取)

... 日常科研中你我经会常遇到看不懂的图表,不会挖掘的数据,没有思路的文章,沟通不畅的个性化分析,求人不如求己,一切痛点都能解决: 1. 单细胞/空间转录组正在大火,高分文章必备,0基础学单细胞/空间转录组分析,...

问题 老师你好,我在qiime2分析数据的过程中在进行第二步生成特征标和代表序列时输出的文件在可视化指令执行后,就提示该qza文件is not a QIIME 2 Artifact (.qza),无法进行可视化分析,直接进行下一步物种分类时输入文件也存在相似问题,这几步在第一次分析时都没有问题,只是当时进行第三步分析时内存爆满,后重装c盘再次重新运行时出现了这些问题

文章 嵌合抗体的制备工艺及其在多种领域的应用

...B 细胞。将骨髓瘤细胞与B细胞融合,形成杂交瘤细胞,并筛选产生抗原特异性IgG的阳性克隆。 ②从该克隆中分离编码小鼠VH和VL的DNA序列,并且从人细胞中分离编码人免疫球蛋白恒定区的DNA序列。通过基因工程构建小鼠/人嵌合...

问题 WGCNA中绘制性状与模块相关性图出现colorMatrix[, c] : incorrect number of dimensions

之前完全没问题,绘图时出现错误 数据内容如下: 性状数据内容: textMatrix矩阵内容: 实在是不知道到底哪个矩阵的维度不对了...

文章 2020年转录组文章到底有多难发?一文说明白!

...迸发等,基因关联性状,使结果更有说服力。 3. 转录组数据介绍切忌空泛,要结合其他生理生化指标,提炼出某些相关基因加以展示,如本文中叶绿素含量与表达下调的光捕获、光和作用相关的基因;H2O2积累和抗氧化酶活性的...

文章 使用GATK call SNP有必要IndelRealigner吗?

...kers_indels_IndelRealigner.php 对于普通的物种没有可靠的INDEL数据库,小编觉得也可以不用做IndelRealigner处理bam文件。 基因组重测序数据分析视频课程:https://bdtcd.xetslk.com/s/1VQOjQ或者扫码二维码:

文章 蛋白质组分析软件MaxQuant

...门,蛋白质组学也慢慢火起来了。 那么分析蛋白质组的数据的软件,那个值得推荐呢? 我查询了不少资料,发现不少蛋白质组分析软件都偏向于收费,而且很多都是windows上运行。在众多软件中,我比较推荐MaxQuant 。 主要有如...

文章 Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq ) 分析软件PRAPI

介绍一款Pacbio 三代数据分析的软件 PRAPI, 该软件相关的文章为《PRAPI: post-transcriptional regulation analysis pipeline for Iso-Seq》,我们来看一下该软件的功能。 功能比较强大, 能分析的内容多,而且能结合二代和三代的数据一起分析...

文章 R语言补齐缺失值进行 聚类分析 PCA分析

在理想的状态我们希望数据没有缺失值。不幸的是,由于各种原因,缺失值会时有发生。这会带来问题。无法在不完整的数据矩阵上进行聚类分析。 Husson和Josse写了一个称为missMDA的包,可以用imputePCA()函数进行缺失值的填充...

文章 基因家族分析文章思路解析

... 日常科研中你我经会常遇到看不懂的图表,不会挖掘的数据,没有思路的文章,沟通不畅的个性化分析,求人不如求己,一切痛点都能解决: 1. 单细胞/空间转录组正在大火,高分文章必备,0基础学单细胞/空间转录组分析,...

文章 R语言基础入门—函数

...简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读;转录组(无参)结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,...

文章 linux 文件权限详解及修改

...权限设定的作用 文件权限的设定是为了保护系统及用户数据的安全性。对于用户来说,最重要的事情就是数据、文件的私密性及安全性。从系统管理员到普通用户,从文件属性到文件特殊加密,无不围绕着一个主题:权限管理...

问题 重测序分析,bam去重复,建立索引后,call SNP之前的步骤

重测序分析,当数据比对到参考基因组上,去重复并建立索引后,我们给的下一步是:对map结果进行QC分析,然后进行GATK的call SNP 对map结果进行QC分析,也没有根据这个结果对数据处理的流程 我看有的教程上是需要碱基质量...