找到约 15 条结果

文章 生存分析的一些基本概念

...需要对分母进行校正，校正人口数=年初人口数-删失例数/2。生存概率(survival probability)指某段时间开始时存活的个体至该时间结束时仍然存活的可能性大小，生存概率=1-死亡概率=某人群活过某段时间例数/该人群同时间段期初观...

问题 预测启动子顺势作用原件

...这样的序列，这是怎么回事啊？这样的该怎么解决呢？ 2. 为什么我根据视频里的教程提取出来的基因的位置信息，和我自己拿基因去NCBI寻找基因的位置出来的结果不一样而且差距很大呢？比如这个标记蓝色的基因，根据视频...

文章 TF的结合序列查找

...能实现。输入转录因子的氨基酸序列即可，如下图所示：2. 预测的结果会很多，一般选择第一个，如下图所示：3. 查看位点详细信息，下载结合位点的特性信息， 可以预测转录因子调控哪些基因。

文章 提取 VCF 文件中的基因型信息

...母和数字的组合表示不同的基因型，如AA、AT、CC、0/1、1/2 等。基于等位基因的表示方式使用字母表示等位基因，如A、T、C、G 等。 目的：想提取vcf文件的基因型信息，生成下图的格式 有许多软件可以用来提取 VCF 文件中的基...

问题 docker无法连接了

...ase) [libowen@manage gwas]$ docker run --rm -it -m 4G --cpus 1  -v /public200T/dushengli_taas/libowen/gwas:/work omicsclass/pop-evol-gwas:v1.2 docker: Cannot connect to the Docker daemon at unix:///var/run/docker.sock. Is the docker daemon running?. See 'docker run --help'. (base) [libowen@manag...

问题 beeswarm添加box图后的legend颜色设置问题

beeswarm添加box图后的legend颜色设置为col=1:2时正常显示legend，而颜色按照beeswarm中的设置col=as.numeric(ER)时legend为何无法显示呢

问题 dadi

这是我用的命令 cd $dir/sfs awk '{ print $2}' $data/africa.group.txt | sort | uniq -c  # 无外群，生成foldfs easySFS.py -i$data/Africadadi.vcf.gz -p $data/africa.group.txt -a --proj=74,56,60 -o./ ## 生成了3个群体的、以及三个群体两两之间的sfs文件 cd dadi/ mkdi...

文章 群体遗传进化名词解释

...s/1VQOjQ群体遗传进化分析https://study.163.com/course/introduction/1212073805.htm?share=1&shareId=1030291076 1. 等位基因频率： 等位基因频率是群体遗传学的术语，用来显示一个种群中基因的多样性，或者说是基因库的丰富程度。在一个群体中...

问题 genome-annotation缺失tantan

在用omicsclass/genome-annotation镜像进行注释时报错，代码如下“funannotate mask -i pilon_polished2.fasta -o tz-mask.fasta”，提交后显示“Missing Dependencies: tantan.  Please install missing dependencies and re-run script”。请问老师如何解决依赖项缺失问题

问题 加载镜像出问题

docker load -i pop-evol-gwas-v2.0.tar.gz a5ca99798109: Loading layer [==================================================>]  3.072kB/3.072kB open /home/software/docker/overlay2/97f7231d70280dafd0d38fa35f012c1eb35b2f2eec9aa6465adce7b47edfc598/.tmp-committed1222550407: no such file or directory ...

文章 R语言is.null()函数

...，变量为空。     判断向量是否空值的函数：is.null() 2. R语言中，NA代表位置上的值为空。     判断向量中的元素是否缺失值：is.na() 示例： $var_name=NULL;if (is.null($var_name)){print "变量var_name为NULL";}else{print "变量var_name不为NUL...

文章 Excel数据分析技巧之双因素方差分析

...--确定。具体可以参考Excel数据分析技巧之方差分析。 02  打开excel表（版本为Excel2010 ），输入需要分析的数据，本次演示的数据是温度和PH值对水稻种子萌发率的影响。在这里，我们没有设置重复，属于无重复的双因素方差分...

问题 请问Evolview网站是不是不能用了？怎么打不开啊？

https://evolgenius.info//evolview-v2/#login这个网站打不开啊？？？？

文章 多种进化树编辑处理软件

...多方面的方法、软件等知识，感兴趣可以多了解一点。 2、http://www.treedyn.org/Tree_editors.html 这一网站也提供多种常见和主流的系统进化树编辑处理工具的链接。

文章 Rocks reinstall on compute node, after disk rebuild, fails

...er disk rebuild, fails Bart Brashers bbrashers at environcorp.comMon Jan 23 13:36:27 PST 2012 Previous message: [Rocks-Discuss] Rocks reinstall on compute node, after disk rebuild, failsNext message: [Rocks-Discuss] Rocks reinstall on compute node, after disk rebuild, failsMessages sorted by: ...