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文章 Root microbiota assembly and adaptive differentiation among European Arabidopsis populations

...在细菌的聚类图中，根内和根面的样品通过采样部位聚在一起，说明不同地方拟南芥的根内根面的细菌菌群组成相似；根际和土壤样品通过采集点聚集在一起，说明同一地方土壤中的细菌菌群和根际的细菌菌群组成相似。相反，...

文章 MYSQL数据库常用语句命令

...D age VARCHAR(2) ;# 删除字段ALTER TABLE n DROP age;# 更改字段属性和属性ALTER TABLE n CHANGE age a INT;# 只更改字段属性ALTER TABLE n MODIFY age VARCHAR(7) ; 5.数据库表数据 # 增加数据INSERT INTO n VALUES (1, 'tom', '23'), (2, 'john', '22');INSERT INTO n SELECT * FRO...

文章 基因组重复序列分类

...排列而成，主要分布在染色体着丝粒周缘区域、臂间区域和近端粒区域，某些短的串联重复序列均匀分布在基因组中，包括卫星DNA、核糖体DNA、染色体纽中的串联重复序列、着丝粒、端粒串联重复序列。另一种为散在重复序列(di...

文章 如何让生信大咖解决自己的问题

...真不方便） 如果使用论坛，做好格式化，文字不要挤在一起，该有的分段、列表、代码标记，加粗强调都指示清楚，方便人阅读。简单和啰嗦的区别除了文字的功夫，还在排版给人的体验。 对回答者给予感谢，不管是精神还...

问题 关于基因受选择计算

...tajimaD都是需要分别计算两个群体的这个值，然后我需要怎么操作呢？是分别对两个群体做出来的结果取1%么？这个有点不太懂哈，请老师解答，谢谢！

问题 一次搜索多个结构域

... 对于ring finger这种pfam众多的家族，可以一次性把所有pfam一起做出来吗？还是一次只能搜索一个然后手动把搜索出来的所有序列和ID合在一起？谢谢老师解答！

问题 全基因组选择运行Bayesian_train.r时报错

...: -o BayesC -p BayesC_PH； 使用vim打开Bayesian_train.r发现没有-o 和 -p 参数；

文章 皮尔逊相关系数，并计算其p value 值

一般在算基因和性状相关性时，采用皮尔逊相关性相关系数。但是其实还可以就相关性的大小计算一个显著性的p_value，看一下相关性是否是由于随机导致的 。 采用R中的cor.test进行计算： cors <- cor.test(x,y) # 获得p_value pvalue &l...

问题 请问老师R脚本运行后没有图片输出怎么处理？

Fst和pi一起做选择清除分析，报错：z Fst quantile:  0.7538857 1.410428 1.95557 2.640438  log2 Pi ratio(popa/popb) quantile:  0.4297574 0.8249645 1.297266 4.702742  Error in dev.off() : cannot shut down device 1 (the null device) Execution halted

文章 时隔4年，四川大学华西医院全球首个CRISPR人体实验结果出炉！

...。 1. 实验简介：这项1期临床试验的主要目标是安全性和可行性评价，其次才是功效，一共招募了22例患者，其中5名患者因T细胞体外扩增不足未接受治疗，剩下17名患者中，2人疾病进展，1人肺部感染，1人类风湿关节炎加重，1...

文章 基因组中的字符都代表什么

...N.................any base . or -............gap 氨基酸都有了，怎么能少了蛋白质！ Protein: Amino Acid Code: Three letter Code: Amino Acid: ---------------- ------------------ ----------- A.................Ala.................Alanine(丙氨酸) B.................Asx....

问题 老师，在泛基因家族分析结构变异的基因注释中，提取vcf文件有用信息列，$14是哪个

...ll_merge.vcf > all_merge.input该指令中，第三列的终止位置是怎么得到的，在老师的all_merge.vcf文件中并没有找到？ 另外，下面是我的vcf文件，该怎么修改指令呢？后面C1开始为基因组

文章 木薯NBS基因家族分析

...的分支，CC-1a 和 CC-1b。部分参照基因没有与木薯基因聚在一起，可能因为选取的参照基因来自不同科（禾本科）。 NBS-LRR基因家族的进化和影响每个物种的病菌密切相关，在进化枝CC-2中，与加入的参照基因的相似度不高，这些...

问题 NBS基因家族进化树构建的时候，为什么有些同类（具有相同的结构域）如具有RPW8结构域的基因不是都聚在附近的一个分支上？

...为什么我看别人文献里做的能够很好的将这些基因分类到一起。但是用我们的方法做的就聚不到一起，而且有些基因在我们的鉴定过程中没有鉴定到？我看他们也只是用的HMM搜索，但是确实有些基因不存在于我们的HMM搜索的基因...

文章 命令行 光标移动技巧

...移动光标而使用较远的方向键，更不会使用鼠标，那这是怎么做到的呢，我们来简单介绍一下 基础移动光标 Ctrl – a ：移到行首Ctrl – e ：移到行尾Ctrl – b ：往回(左)移动一个字符Ctrl – f ：往后(右)移动一个字符Alt – b ：...