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文章 最新研究：爱笑的人，论文质量一般不会太差......

...运气”有关。 笑得越灿烂，科研影响力越大 如果有两个科研人员， 一个不苟言笑冷若冰霜，另一个天天喜笑颜开， 那么，你猜猜看，到底谁更可能做出有影响的成果? 在我们的刻板印象中，答案毫无疑问是前者。 但是，...

文章 plotrix包画扇形图

...lot函数 以dat数据为例： > dat  type Num1    A  902    B  343    C  564    D  995    E  15 ggplot2绘制的结果如下图（https://www.omicsclass.com/article/415）： 利用fan.plot绘制的扇形图如下： > library(plotrix)> fan.plot(dat$Num,labels ...

文章 基因家族分析文章思路解析

我们之前对基因家族分析发SCI这个低投入、快产出的研究热点进行了多次的追踪，并连续解读了多篇该类SCI，期望能在行文思路上给大家以借鉴，详细解读内容请点击以下链接查看： 菠萝基因家族分析文章解读木薯基因家族分...

文章 进化树中bootstrap值设置

Evolview这款在线软件在进化树修饰方面非常出色。在设置Bootstrap值的显示方式上也是非常的优秀。 设置方法 1.使用进化树“(A:0.1,(B:0.2,(C:0.3,(D:0.4,E:0.5)40:0.6)80:0.05)100:0.1)90:0.43;”进化树必须含有bootstrap值。 2.点击 “Basic > sho...

文章 Orthofinder-构建物种系统发育树(Phylogenetic tree)

...次就利用Orthofinder结果中的数据来绘制物种系统发育树（Phylogenetic tree）。 在Orthofinder结果文件中有一个MultipleSequenceAlignments文件夹，里面有一个SpeciesTreeAlignment.fa文件，是orthofinder生成好的物种单拷贝基因串联序列比对结果，直...

文章 基因组注释流程，PASA mysql 数据库启动 exited

...log： $ docker logs 49b994b23f23 2023-03-21 09:38:40+00:00 [Note] [Entrypoint]: Entrypoint script for MySQL Server 5.7.41-1.el7 started.2023-03-21 09:38:40+00:00 [ERROR] [Entrypoint]: mysqld failed while attempting to check configcommand was: mysqld --verbose --help --log-bin-index=/tmp/tmp.ogWM7T...

文章 全能核酸酶SuperNucleaseFAQ详解：解开核酸酶的神秘面纱

...双链、单链、线状、环状的DNA和RNA，完全将核酸降解成3~5个碱基长度的5'-单磷酸寡核苷酸。义翘神州不仅可以提供研究级核酸酶，依托于ISO 13485和GMP体系，还可提供高效、高质量、应用广的GMP级别全能核酸酶。同时我们提供核酸...

问题 单细胞测序数据分析时，修改seurat对象的Idents，并添加细胞类型信息到metadata中，并增加mycelltype列时，增加不上

...的Idents，并添加细胞类型信息到metadata中，并增加mycelltype列时，增加不上，Rscript $scripts/seurat_add_celltype.r -i $workdir/04.seurat_integrate/pbmc.rds \   -c celltype.tsv  -p pbmc.added.celltype   -n mycelltype，tsv文件的两列分别为cluster和celltype，是否...

文章 基因别名alias转换成官方symbol

...以将部分物种基因的别名，通过NCBI EntrezID转换成官方的gene symbol 譬如：以人的 AP2基因为例： > alias2Symbol(c("AP2"),species = "Hs",expand.symbols = F)[1] "GTF3A"   支持多alias同时转换。修改数组向量元素即可。 转换过程将依赖对...

文章 叶绿体或线粒体基因组重复序列分类及鉴定

...。一、细胞器基因组重复序列分类串联重复序列（tandem repeats），由重复单元首尾相连、成簇排列而成。简单重复序列（SSR）是串联重复中的一类，但一般在细胞器基因组的重复序列分析中会单独展示。散在重复序列(dispersed repea...

文章 免费下载中文文献神器-iData知识检索

iData知识检索是一个十分强大的文档搜索网站，是全球最大的知网镜像，支持免费下载中文期刊、硕博学位论文、会议论文、报纸全库等，以及部分年鉴内容(年鉴需要通过cnki镜像下载)，iData搜索结果基本上和知网一样，输入文...

文章 GWAS与遗传进化中的一些名词解释

名词解释 Linkage disequilibrium（LD）连锁不平衡：给定种群中同一染色体上不同基因座等位基因之间非随机关联的一种度量。当其等位基因的关联频率高于随机分类下的预期频率时，SNP 位于 LD 中。LD 涉及 SNP 之间的模式。 Minor all...

文章 GATK ERROR MESSAGE

再跑GATK的时候遇到这样一个问题： 运行命令： /share/work/biosoft/java/jre1.8.0_73/bin/java -XX:ParallelGCThreads=5 -Xmx50g -Djava.io.tmpdir=SNP_Analysis/tmp -jar /share/work/biosoft/GATK/3.6/GenomeAnalysisTK.jar -T SplitNCigarReads -R Donkey_Hic_genome.20180408.fa -I 9.SNP_Analys...

文章 HMMER ——hmmsearch 用法，参数

... databases for sequence homologs, and for making sequence alignments. It implements methods using probabilistic models called profile hidden Markov models (profile HMMs). HMMER is often used together with a profile database, such as Pfam or many of the databases that participate in Interpro. But H...

文章 NCBI批量下载数据,省时又省力

...人生必定是绝望的。 对此，小编深有体会，只70多个基因，就用了三四个小时来下载，费时又费力。还好，昨天Boss安利了一个python脚本，能够快速的从NCBI上搜索并下载所需的序列，再也不用这么费劲啦！今天呢小编就赶紧...