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文章 推荐一款好用的基因结构图在线绘制工具！

...求，喜欢的赶紧点击链接查看吧！今天我再为大家介绍一个绘制基因结构的在线小工具：Exon-Intron Graphic Maker。它可以根据序列长度等比例绘制基因的结构元件，如5' UTR、CDS、外显子、内含子、突变位点、结构域、3' UTR等。下面...

问题 尊敬的老师！！恳请您在百忙中帮忙解答！根据群体遗传进化课程我构建进化树，显示如下错误。我的VCF文件通过如下命令进行排序，。排序后VCF文件缩小了很多，是对的吗？是不是我的vcf文件有问题，但是我PCA和STRUCTURE都是可以分析的，急需亲爱的老师们解答！！！

run_pipeline.pl -Xmx30G  -SortGenotypeFilePlugin -inputFile clean.vcf.gz \    -outputFile clean.sorted.vcf.gz -fileType VCF

文章 16S扩增子测序后的PICRUSt预测功能分析原理

...果！ 　预测原理　　软件原理很简单，它通过搭建一个“物种—基因”的关系网，从而通过OTU预测群落的基因类型与数量，最后达到功能分析的目的。具体可分为三个阶段：　　1　　构建“物种—基因”关系网　　网络构建...

文章 LASSO 回归分析原理与R语言实现

...进而达到降维的目的。因此，我们通过研究Lasso可以将其更好的应用到变量选择中去。      说简单点：在回归分析中因素筛选主要用到逐步回归stepwise、向前、向后等等方法，这些方法比较传统，而对于共线性问题比较严重的...

问题 转录组上游分析之定量比对Hisat2出现内部异常错误

...里错了？如图下： 下面为上图的红圈error信息： Extra parameter(s) specified: "?/home/vip6/database/genome/Ensembl/Homo_sapiens/GRCh38_release104/Homo_sapiens.GRCh38_release104.genome" Note that if <mates&gt; files are specified using -1/-2, a <singles&gt; file cannot als...

文章 鉴定domain同时分析蛋白互作

SMART（http://smart.embl.de/）是我们常用来进行domain搜索和蛋白质注释的数据库，它集成了很多蛋白结构预测和功能分析的工具，比如可以预测蛋白的一些二级结构：跨膜区（Transmembrane segments）、复合螺旋区（coiled coil regions）、信...

文章 Perl 变量命名规则

...规则： 1.不要与perl中的内置变量名相同如：%ARGV，$a,$b $_ 等等 2.perl中的变量名严格区分大小写 3.建议使用大字母，小写字母，数字，下划线组合命名变量名。其他特殊字符。 变量命名示例 变量名采用 形容词_名词 的格...

文章 CORNERSTONE你想要的项目管理工具，就在这里！

...的结果是使得越来越多的人和企业能够以更低的成本享受更好的服务。   在IT、产品研发、专业服务领域，企业级的专业在线项目管理工具，首推CORNERSTONE基石协作（功能与本地安装的功能一样强大）。与现在互联网商业的作...

文章 导师放养，没有实验经费，该怎么办？

...是好导师，还是“坏”导师，其实都是相对而言的， 一个尽职尽责的好导师，可能会让你披星戴月全天候做实验； 一个基本不露面放养型的导师，可能会让你自由自在颗粒无收。 学霸姐姐这么多年来，真的听说了太多太多...

文章 SNP不能转化成CAPS标记？来试试dCAPS吧！

...SNP位点，该位点不在限制性内切酶识别位点上。但若将TG（1 中绿色字体）改为CC，则该SNP位点将位于 BslI 限制性内切酶识别位点上。因此，通过引物引入错配的碱基CC,将构建限制性内切酶识别位点，酶切后通过琼脂糖或丙烯酰...

问题 blast2go注释，报错“Exception in thread "main" java.lang.NoClassDefFoundError: org/jdom/JDOMException”，请问如何解决，详细一点

[root@iZ8vb8s8t9gi6cyewfy80bZ b2g4pipe]# java -jar blast2go.jar -in 122_cds_wanted.fa.tab -a -v -out 122_annot_result Blast2GO Pipeline Version 2.5.0 -------------------------------------- Hash for resource ec2go_19072011.txt of type ec created. 4003 associations loaded. Blast2GO build: 23092011 Ch...

文章 GATK4

...通量测序数据中分析变异信息的软件，是目前最主流的snp calling 软件之一。GATK 设计之初是用于分析人类的全外显子和全基因组数据，随着不断发展，现在也可以用于其他的物种，还支持CNV和SV变异信息的检测。在官网上，提供...

问题 单细胞测序数据FindAllMaker查找不同Cluster的Marker基因时报错

#快速找出所有细胞类型的差异/Marker基因 Rscript $scripts/seurat_FindAllMarkers.r --rds $workdir/05.cell_type_ann/pbmc.added.celltype.rds \  -p FindAllMarkers --test.use  DESeq2   --logfc.threshold 0.25 ，执行此代码后报错：Warning: When testing 20 versus all: every gene...

文章 生存分析的一些基本概念

...存时间有两种类型：完全数据 和 截尾数据。完全数据(complete data)指被观测对象从观察起点到出现终点事件所经历的时间。截尾数据(consored data)或删失数据，指在出现终点事件前，被观测对象的观测过程终止了死亡概率(mortality pr...

问题 请问request returned Internal Server Error for API route and version http://%2F%2F.%2Fpipe%2Fdocker_engine/v1.24/containers... check if the server supports the requested API version 这个问题该怎么解决

....%2Fpipe%2Fdocker_engine/v1.24/containers/025fef2a3e783d8c473c644d58e2ffd31be5f157743e797b0649966a18031dfc/json, check if the server supports the requested API version