找到约 15 条结果

文章 Linux：echo命令详解

...取一行,并把输入行的每个字段的值指定给 shell 变量 #!/bin/sh read name echo "$name It is a test"   以上代码保存为 test.sh，name 接收标准输入的变量，结果将是: [root@www ~]# sh test.sh OK #标准输入 OK It is a test #输出 ...

问题 您好，我扩增子分类注释报错了，麻烦您帮我看看

...    uclust --input "otus.fa" --id 0.8 --rev --maxaccepts 3 --allhits --libonly --lib "/work/database/SILVA_132_QIIME_release/rep_set/rep_set_16S_only/97/silva_132_97_16S.fna" --uc "/work/tmp/UclustConsensusTaxonAssigner_al463L.uc" > "/work/tmp/tmpFpr35JVJzUH7cdtvNUfw.txt" 2> "/work/tmp/tmpW7...

文章 项目管理最佳实践，企业如何进行有效的项目管理

...作的人身上，而通过拆分不同层面、不同颗粒度，就可以更好的把工作关联起来。总结一下，无论是将项目与目标对应划分三个级别，还是对单个项目的工作分解，最终都是要将工作细化明确责任，从而达到提高整体工作效率，...

问题 R包安装错误 cp: cannot stat ‘hdf5/src/.libs/libhdf5.a’: No such file or directory make: *** [copying] Error 1 ERROR: compilation failed for package ‘Rhdf5lib’

.../.libs/libhdf5.a configure:    HDF5_CXX_LIB=hdf5/c++/src/.libs/libhdf5_cpp.a configure:    HDF5_HL_LIB=hdf5/hl/src/.libs/libhdf5_hl.a configure:    HDF5_HL_CXX_LIB=hdf5/hl/c++/src/.libs/libhdf5_hl_cpp.a configure:    SZIP_LIB=hdf5/szip/src/.libs/libsz.a configure: creating ./config.stat...

文章 微生物组间差异分析之LEfSe

...尽可能的大。 上图中提供了两种投影方式，哪一种能更好的满足我们的标准呢？从直观上可以看出，右图要比左图的投影效果好。因为右图的黑色数据和蓝色数据各个较为集中，且类别之间的距离明显，而左图则在边界处数...

文章 exprs.MA函数提取MAList芯片红绿强度（表达量）

...用exprs.MA将MAList转换成红绿荧光强度值（已经对数转化log2），每个芯片都将有两列数据，一列对应R(红）一列对应G(绿） 以GSE121505数据为例（双通道芯片MA和densit），经过所有标准化获得MAList之后，提取： > exprs=exprs.MA(MAList...

文章 Cox生存分析与KM生存分析介绍 生存分析（Survival Analysis） Cox proportional hazards model

...了其他的事件导致无法继续跟踪 2 生存概率(Survival probability) 生存概率也叫作生存方程S(t)=Pr(T>t)，生存方程指的是实例出现感兴趣的事件的时间 T不小于给定的时间 t的概率。 2.1 Kaplan-Meier survival estimate KM方法是一种无参...

文章 基因编辑iPSCS敲除技术原理与潜在的治疗应用

...血友病A病例中，几乎有一半的病例是由两个总的（140 kbp或600 kbp）染色体倒置导致的，分别涉及F8基因的内含子1和22。研究人员从具有这些反转基因型的患者中衍生出诱导多能干细胞（iPSC），并使用CRISPR-Cas9核酸酶将这些染色...

问题 老师，用GLM模型跑Gwas时将数据替换成自己的后，出现了报错,分别截图了基因型文件，表型文件和报错信息，请老师解答。文件是用的tsv格式，只是用excel打开了，命令就是将脚本提供的命令中的文件改成了自己的文件

run_pipeline.pl -Xmx200G -fork1 -h hapmap.ordered.hmp.txt     -fork2 -importGuess GZ.tsv      -combine3 -input1 -input2  -intersect -FixedEffectLMPlugin    -endPlugin -export hd 检查了表型，都是数据，表型也更改为下划线了，依然是同样的报错

文章 WGCNA 中Relationship between module eigengenes图片绘制--plotMEpairs函数

...与MEs一同整合分析。 同时结合教程可知，y可以作为一个包含各样品某一性状的数组向量，参与分析，从而分析该性状和各模块之间的关系。 通过获得MEs 运行代码画图代码： head(MEs)dim(MEs)sizeGrWindow(9, 8)plotMEpairs(MEs) 获得...

文章 python特殊属性和方法的详解与运用

...思是只有类对象自己能访问，连子类对象也不能访问到这个数据。 以单下划线开头（_foo）的代表不能直接访问的类属性，需通过类提供的接口进行访问，不能用“from xxx import *”而导入；以双下划线开头的（__foo）代表类的私...

文章 circos-调整基因组圈图的图片大小

...circos是一款基因组圈图绘制软件，基本使用可以参考：https://www.omicsclass.com/article/644  绘图时，调用了软件的一个默认配置文件也就是（image)： <image&gt;<<include etc/image.conf&gt;&gt;</image&gt; 这主要是按照软件默认的参数...

文章 当下，转录组文章怎么写？

...《BMC Genomics》上的转录组文章为例来和大家一起探讨下这个问题。《BMC Genomics》这个期刊大家应该都比较熟悉，14年以前向该期刊投转录组类文章还是比较容易的，后来也就越发困难了，那么这篇文章都写了些啥内容呢？下面就...

文章 docker在windows系统和mac系统中安装

... Next，点击 Finish 完成安装。 下面默认就行，不要勾第三个 安装完成后，Docker 会自动启动。通知栏上会出现个小鲸鱼的图标，这表示 Docker 正在运行。 如果没启动，你可以在 Windows 搜索 Docker 来启动： 启动后，也可以在通...

问题 vcftools过滤除了等位基因选项外，其他参数通通没用

...tools过滤时出现了问题，起初按照该参数过滤： vcftools --gzvcf all.varFilter.vcf.gz --recode --recode-INFO-all --stdout \     --maf 0.05  --max-missing 0.4  --minDP 4  --maxDP 1000  \     --minQ 30 --minGQ 80 --min-alleles 2  --max-alleles 2 |gzip - &gt; all.clean.vcf.gz...