输入的命令是for i in `tail -n+2 $datafile/metadata.txt|cut -f1`;do bowtie2 --threads 6 \ -x $host_index/Canis_lupus/wolf \ -1 $workdir/1.host_del_and_qc/cleandata/${i}_1.fastq \ -2 $workdir/1.host_del_and_qc/cleandata/${i}_2.fastq \ -S $workdir/1.host_del_and_qc/cleandata/${i}.bowtie.sam \ --v...
... 注意 我们组学大讲堂不再支持vbox中的biolinux，转向用更好的虚拟机工具Docker，学习安装使用课程见： https://zzw.xet.tech/s/3Rcvt0 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简...
...制设置 fill=yes #是否填充颜色 label_font=default label_parallel=yes label_radius=dims(image,radius)-60p label_size=45 radius=0.5r #设置半径，以免基因名称过长超出显示范围 show_label=yes <spacing> default=0.005r </spacing> ...
$ nucmer -maxmatch -c 100 -p nucmer ../reference.fasta ../query.fa 1: PREPARING DATA 2,3: RUNNING mummer AND CREATING CLUSTERS # reading input file "nucmer.ntref" of length 712946597 # construct suffix tree for sequence of length 712946597 # (maximum reference length is 536870908) # (maximum query l...
... 2.Basic Statistics Filename:文件名 File type: 文件类型 Encoding：测序平台的版本和相应的编码版本号 Total Sequences: total reads的数量 Sequence length: 测序长度 %GC: GC含量，表示整体序列的GC含量，由于二代测序GC偏好性高，且深度越高，...
# Rscript $scriptdir/var_density.R -i snp.unknown_multianno.vcf -b 1000000 -c "darkgreen,yellow,red" -t "SNP Density" WARNING: ignoring environment value of R_HOME Fatal error: cannot create 'R_TempDir'
awk能够同时对两个文件进行读取，除了使用paste，通过“NR==FNR”我们可以对两个文件中的内容逐行合并： $cat file1 chr 1 chr 2 chr 3 chr 4 chr 5 chr 6 $cat file2 34 69 256 890 135 568 12 39 33 80 18 90 $awk 'FNR==NR{a[FNR] =$0; next} ...
...时，需要用到MySQL数据库，具体操作如下： mysql -uroot -p #先用root登录create database orthomcl; #创建名为orthomcl的数据库create user 'user01' @'localhost' identified by '123.com'; #创建名为user01的用户，并设置密码为123.comgrant all on orth...
...确实很简单，该类文章之间的分析内容类似，大部分是换个物种或者基因家族，可借鉴性很强。这就让我想起来早些年的转录组文章了，很多人利用类似的实验材料和设计刷了大量的SCI，所以，趁着基因家族分析类论文还受审稿...
...身份运行，执行完后按照提示重启电脑 pushd "%~dp0"dir /b %SystemRoot%\servicing\Packages\*containers*.mum >containers.txtfor /f %%i in ('findstr /i . containers.txt 2^>nul') do dism /online /norestart /add-package:"%SystemRoot%\servicing\Packages\%%i"del conta...
...下一个窗口：Ctrl-A 然后 n切换到上一个窗口：Ctrl-A 然后 p 分屏 Screen 还支持垂直和水平分屏： 水平分屏：Ctrl-A 然后 |垂直分屏：Ctrl-A 然后 S 滚动和查看输出 当你需要查看长输出时： 进入滚动模式：Ctrl-A 然后 [使用箭头键...
...里面的公式在翻译之后会很乱。看不清楚，非常影响？ PDFMathTranslate 这款文档翻译及双语对照工具，完美解决你以上的困惑 科学排版保留，能够完整保留 PDF 中的公式、图表、目录 支持多种语言和诸多翻译服务，如 Google、Deep...
...后和自己的导师不相往来?”这一问题，目前已经有近900个回答， 而且回答还在持续增长中， 粗粗浏览下来，你就会发现： 导师，已经成了某些同学心中永远的“一根刺”。 因为与导师之间的关系而引起情绪问题、甚至崩溃...
...都不同，但唯一相同的是，我们想追求更高的学历、获得更好的生活， 读研也并不仅仅是一个文凭，它意味着更大的平台、更广阔的视野、更包容的环境，最重要的是，你有了重新认识自己的机会，无限未知的前途在等着你。 ...
...子腰斩再腰斩，滑到2分以下， “四大神刊”只剩下了两个——PLoS One与SR， 今年的影响因子报告中， SR微跌到4.011，PLoS One神奇地从2.766涨到了2.776， 这俩一对比，对于广大有硬性论文指标的科研汪来说，还是投PLoS One比较保...