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问题 如何判断片段复制？

目前有两个基因在同一个物种内， 1.相似性在50%左右。 2.它们存在于不同的染色体上 3.共线性分析查看两个基因上下游的基因也没有重合。 4.在发育树上的拓扑结构是与其他近缘物种分别处在两个分支。（近缘物种也有这两...

问题 IBD计算1

IBD 计算时有一步错误为cat: chr*.ibd: No such file or directory,  我的染色体是1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29。  这一步怎么该为数字为前缀的文件的ibd 合并到一块，原始命令是cat chr*.ibd > sativa.ibd

文章 pfam上不去 打开后搜索没有反应

...墙VPN可到商城兑换下载服务：https://www.omicsclass.com/goods/12 如何知道自己的基因家族PF号：https://www.omicsclass.com/question/268 更多生信相关课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习...

文章 circos-调整基因组圈图的图片大小

...如下： <image><<include etc/image.conf>> radius*=2000p</image> 推荐课程： 基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章...

文章 从docker file 导入docker

例如导入NCBI安装好的sratoolkit工具的docker镜像，免去安装的麻烦：https://github.com/ncbi/docker/tree/master/sra-toolkit   目前最新的版本2.10.4：https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software

文章 linux无法自动启动

...时候可以用下面的方法设置，让其直接启动。 1.首先按 F2 进到 系统设置； 2.进到BIOS； 3.进入Boot 设置 4.按照下图中设置，然后进入 BIOS Boot Settings; 5.按照下图设置 6.回到BIOS设置界面，进入Miscellaneous Settings界面 7.按...

文章 illumina平台转录组299/样品，组学大讲堂学员专属福利！速来报名吧！

...学员来一波福利：illumina平台转录组（6G）每个样品仅需299元！！ 或点击此链接：https://www.wjx.cn/vm/mq5c8mT.aspx#  今年组学大讲堂为大家准备了丰富多样的直播培训内容，早报名可享受早鸟价优惠！ 学习生信，找对方式事半...

问题 indel引物设计

...老师帮我解答： 1.fa文件需要这个物种的全基因组么？ 2。indel的vcf文件怎么获得的？我有一个excel的文件，里面有indel位置、序列啥的。可以直接用这个转换成vcff文件用么？我咋转换不了

问题 gVCF文件转换成VCF格式时，已经在后台运行了很久了，突然程序关闭了，报错信息显示：

16:11:06.922 INFO  GenotypeGVCFs - Shutting down engine [2023年12月4日 下午04时11分06秒] org.broadinstitute.hellbender.tools.walkers.GenotypeGVCFs done. Elapsed time: 2,326.36 minutes. Runtime.totalMemory()=19664470016 java.lang.IllegalStateException: No likelihood sum exceeded zero -- m...

文章 一大波三代文章正在来袭！有没有你滴？

...代数据进行了校正，最终共得到高质量的去冗余 isoform 16241条。 结合二代数据分析了与丹参酮及其前体合成相关的基因的表达情况，发现了在根部周皮部特异表达及高表达丹参酮合成相关基因，SmCPS1、SmKSL1、GGPS、IPI、CYP等...

文章 基于多数据集分析ANLN在宫颈癌所起到的功能

...进行宫颈癌biomarker鉴定。 数据来源 从GEO数据库下载GSE29570和GSE89657两个相同芯片型号（GPL6244: Affymetrix Human Gene 1.0 ST Array）的数据，以其中49个癌症组织样和20个正常人体样本进行分析。以GSE52903、GSE7410两组GEO数据和oncomine数据库...

文章 linux sed命令，如何替换换行符“\n”

...。 最终程序和执行结果如下例所示： qilei@AFAAW-704030720:~$ cat a.txta11111a22222a33333qilei@AFAAW-704030720:~$ sed "s/\n//g" a.txta11111a22222a33333qilei@AFAAW-704030720:~$ sed ":a;N;s/\n//g;ta" a.txta11111a22222a33333 N是把下一行加入到当前的hold space模式空间...

文章 为什么大公司一定要使用 DevOps？

...人员随时知道任务的状态和目前碰到的问题，可有效推进工作的解决。有了CORNERSTONE能够帮助我们追溯和监控，促进对于接任务的人员有效负起责任，并能够及时同步到信息。   持续测试：   在这个阶段，开发的软件将被持...

问题 mapman秩和检验表格解读

...的P值？类似我们的p-value值吗，越低显著性越高，是吗？2、Elements这项数据，有的和图中的方块数是相同的，有的值又比方块数少？{方块是20个，Elements是13}，这是为啥？望指教，谢谢！！ 

问题 学习中遇见的问题

...正在学习生物信息这门课程，按照模型在银杏中提取到了200多个目的蛋白mega_id_pep.fa，下一步准备在目的蛋白质中提取motif的过程中，使用meme命令，设置请见图片，命令运行后就一直停在一个地方不动了，大概有2个多小时了，不...