文章 EggNOG基因序列批量注释

...s Groups)是基于直系同源蛋白进行分组比对的一个公共资源数据库，由EMBL维护，提供了不同分类水平蛋白的直系同源分组（Orthologous Groups ，OG），包括真核物种、原核物种及病毒的数据信息。数据库对每个同源基因类进行了系统...

文章 桑基图绘制

...图是一种特定类型的流程图，图中延伸的分支的宽度对应数据流量的大小，因1898年Matthew Henry Phineas Riall Sankey绘制的“蒸汽机的能源效率图”而闻名，此后便以其名字命名为“桑基图”。 载入数据 rm(list=ls())data("iris")iris$Class...

问题 NGS数据分析时，使用ANNOVAR的table_annovar.pl报错。

使用自建数据库。用ANNOVAR的annotate_variation.pl进行注释时，没有报错。 [*****@head ****]$ perl ../tessDSS/annovar/annotate_variation.pl -geneanno -buildver HP ./bin/M5-31.avinput HPdb/NOTICE: Output files are written to ./bin/M5-31.avinput.variant_function, ./bin/M5-31.avinput....

文章 4个样品重测序发PlosOne

...病性获得息息相关，作者通过感抗品种变异信息的对比和筛选，绘制了抗性位点的变异图谱，并用不同的颜色标注变异与抗性的相关性，为后续的研究提供了研究方向和基础； 参考文献如下： [1] Natarajan S, Kim H-T, Thamilarasan...

文章 SNP分析中由于基因组序列过长导致报错解决方法

...简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...

文章 基因组组装质量评估

...的覆盖程度。一般需要借助RNA方面的证据进行评估，如EST数据或RNA reads。由于用来评估的RNA方面证据不同，得到的比例也会有差别。一般来说，50%的scaffold覆盖基因的95%以上，85%的scaffold覆盖基因的90%以上，认为组装较完整。 3. ...

文章 COX 生存分析模型

...——即诸变量  对  的影响。但由于生存分析研究中的数据包含删失数据。且时间变量t通常不满足正态分布和方差齐性的要求，这就造成了用一般的回归方法研究上述关系的困难 。 Cox回归模型的基本形式 D.R.Cox提出了Cox比...

问题 vcf合并

...的课程。我在分析的时候遇到了vcf文件合并的困难。我的数据是两部分组成的，一部分是自己测的，现在做到gvcf了，还有一部分是从已发表的文章中的vcf文件里提取出来一部分，参考基因组是相同。我的困难是怎么把这两部分...

文章 文献-子宫内膜癌-单细胞与空间转录组联合分享

...0. doi: 10.3389/fimmu.2023.1145300. PMID: 37081869; PMCID: PMC10110842. 数据： 单细胞：Single-cell RNA-seq (scRNA-seq) data for 5 patients with EAC (GSE173682) 空间转录组：spatial transcriptomic data for one patient with EC (GSM6177623 in GSE203612) were downloaded from Gene Expre...

问题 老师，请问我在cytoscape中使用conet插件绘制互作网络图，我上传了两个文件，第一个文件是图一，第二个文件是图二，我不想用OTU的ID号做分析相，想做门水平的细菌，第二个表是抗性基因的数据，想观察抗性基因和门水平菌的共现性网络。但是总是显示报错，请问您知道大概有什么原因吗？

问题 老师您好，我按照课程提供的流程泡自己的数据，在构建进化树的时候利用run_pipeline.pl -Xmx200G -importGuess $workdir/00.filter/clean.vcf.gz -ExportPlugin -saveAs supergene.phy -format Phylip_Inter这个命令操作的，但生成的supergene里面有好多命名重复，这是怎么回事？由于这个重复就导致我没法做进化树

文章 parted磁盘分区 格式化，挂载

...文件系统使用32位空间记录块数量和i-节点数量  （4）当数据写入到Ext3文件系统中时，Ext3的数据块分配器每次只能分配一个4KB的块  2. EXT4  EXT4是Linux系统下的日志文件系统，是EXT3文件系统的后继版本。  （1）Ext4的文件系统...

文章 推荐100个接收基因家族分析/泛基因家族分析文章的期刊，速领！

...14.日常科研中你我经会常遇到看不懂的图表，不会挖掘的数据，没有思路的文章，沟通不畅的个性化分析，求人不如求己，一切痛点都能解决：1. 单细胞/空间转录组正在大火，高分文章必备，0基础学单细胞/空间转录组分析，做...

文章 二倍体杂合基因组组装策略

... (2) 对于杂合度稍高或者是模式生物基因组：结合亲本/HiC数据（HiC+HiFi），组装出2套单倍型基因组； 3. 不同策略对应使用的方法 (1)  组装出1套标准基因组： CLR或是ONT数据的单独组装结果中，很可能残存单倍型的冗余。BUSC...

文章 TGS-gapcloser 安装与使用

...er 是华大基因开发的，一个利用其他组装或是长度长测序数据对草图进行gap填充的一款软件。 1. 安装 下载 git clone  https://github.com/BGI-Qingdao/TGS-GapCloser.git 如果已经安装了minimap2软件，在此次软链接一下软件地址 rm -rf TGS-GapClos...