...们国家获得过几次诺贝尔奖吗？大部分人应该会说，不就2次嘛？就是近几年的莫言和屠呦呦，这题太简单了，下一个！慢着，错了！正确答案，应该是——3个。还有1个是1957年的诺贝尔物理学奖，颁给了李政道与杨振宁，这两...
...是否可以去掉不好的基因（如缺失、无功能注释的）？ 2.分析时，是否需要补充某些基因的功能注释，以及它们对应的KEGG通路？ 3.多组韦恩比对时，差异基因少或共有基因太少，怎么才能保证其富集通路的准确性？
老师你好。我正在准备以下三个表 请问： 1. gene_Function.annotation.xls的格式必须和示例文件一致吗？有的数据库我没有注释结果。 2.all_gene_fpkm_for_deg.xls 这个文件是指所有的基因表达量吧。那All.DEG_final.xls文件是啥内容？
老师，我运行下方程序报错，信息如图所示，这是为啥？ #差异表达家族基因与转录因子的共表达分析和作图 Rscript ../scripts/ppi_network.r TF_fpkm.xls WRKY_deg_fpkm.xls meta.2.txt WRKY 0.01 0.9
...材料处理间差异表达基因就有一两万个，差异基因并集有2.5万个，需要再怎么筛选一下？ 样品是8组，24个样，可以用8组来分析吗，还是要用24个样分析？
...录组数据到SRA或GEO，请问一般传哪个数据库？ 2. 转录组数据上传，是只上传测序数据，还是上传测序+组装，还是测序+组装+表达量等？ 3. 上传测序数据，是上传raw reads么？还是clean reads？
请问老师，公司给返回的SNP 结果里SNP 和indel是2个文件，merge.SNP.gz, merge.indel.gz，处理merged.SNP.gz的时候还需要运行过滤indel附近的snp这一步吗？我试了一下merge.SNP.gz过滤前39G， 过滤完了还剩22G了，不知道这个结果对不对
...据格式往往是行为基因表达数据、列为样本信息（如下图20*6）： 确保安装和加载包之后，正确读取文件，获取数值矩阵即可进行绘图： library(pheatmap)mat=read.table("F:/mat.txt",header = T,row.names = 1,sep="\t",check.names = F)dim(mat)pheatma...
...数据库路径及数据库名 -outfmt：输出文件格式，总共有12种格式，6是tabular格式对应BLAST的m8格式 -evalue：设置输出结果的e-value值 -num_descriptions：tabular格式输出结果的条数 -num_threads：线程数 附：Blast结果m8格式意义 进行Blast比...
... [default 0.05] -c fc, --fc fc set fold change threshold [default 2] -s size, --size size point size [optional, default: 0.7] -a alpha, --alpha alpha point transparency [0-1] [optional, default: 1] -X x.lab, --x.lab x.lab the label for ...
...么选择cds序列进行分析？而不是整个基因组序列分析？ 2..blast进行复制基因查找，得到的结果只是Tandem duplication ？基因家族加倍与复制（MCScanX分析）可以分析得到segmental duplication 和Tandem duplication？
...包 yun install -y libfreetype6-dev libcurl4-openssl-dev libssl-dev libxml2-dev libnlopt-dev 安装pophelper包 # install pophelper package from GitHubremotes::install_github('royfrancis/pophelper') 安装成功后加载pophelper包 # load library for uselibrary(pophelper) 详情可参...
../../script/gwas_manhattan_plot.r -i mlm_pvalue.txt -F msu7.0_bowtie2.fa.fai -T Grains_per_panicle -n grains_per_panicle_manhattan -c 1.3e-6 --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: www.omicsclass.com --> Recommended to learn R language: --> https://study.163.com/cour...
fpkm_SV_to_draw.2.txt文件中，为啥结果是这样，基因ID对应同一个基因组，这不对吧。
...家可以通过这个选项来选择结果图中是否显示标签。 （2）但有时候明明图片显示基因ID，结果导出之后却缺失了标签。是因为切换成了HTML模式，取消模式选项，就可以成功显示基因ID了。