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文章 string数据库下载的文件

string数据库下载的文件表头比较复杂,我给大家写一份说明书 1,neighborhood_on_chromosome: 这个特征表示在基因组中,两个基因是否靠近彼此,通常使用染色体上的物理距离来确定。如果两个基因在某些物种中距离非常接近,那么...

文章 进生物实验室之前,这本生存指南请拿好!

每一个萌新对于进实验室应该都是非常期待的, 想到那些形形色色的实验仪器, 想到自己就要养各种细胞什么的, 是不是感觉马上要大展身手了! 先别急, 这个时候有些同学可能会好奇:进入实验室之后,首先要学会...

文章 基于R实现统计中的检验方法---T检验

...分布。T检验是用t分布理论来推论差异发生的概率,从而比较两个平均数的差异是否显著。 1.适用条件 已知一个总体均数;可得到一个样本均数及该样本标准差;样本来自正态或近似正态总体。 备注:若是单独样本T检验,...

问题 基因家族分析circos时显示基因基因数目超出最大值怎么办

...n image that is too busy and uninterpretable. 请问出现如上提示如何解决?会影响最后的图吗?我的基因家族间link文件中的基因未完全在最后的图中显示出来 是受到这个的影响吗

文章 Git基本命令

...上上一个版本就是 HEAD^^,当然往上 100 个版本写 100 个 ^ 比较容易数不过来,所以写成 HEAD~100。 回退到上一个版本 : git reset --hard HEAD^ 丢弃工作区的修改(撤销): git checkout -- file 删除文件: 正确操作:git rm file git commit -m ...

文章 blast在linux上的用法

...对结果中由于随机偶然性产生的匹配结果不大于10,E值越结果越可靠 -o:查询结果输出文件名 -m:比对结果显示格式选项,缺省值为0,即pairwise格式。另外还可以根据不同的需要选择1~6等不同的格式。 I:在描述行中显示...

文章 细胞被污染补救措施大全!细菌真菌黑胶虫支原体一网打尽

...们进入了梅雨季节,真菌也如约而至。 真菌生长的相对比较慢,而且不会像细菌那样刚开始就对细胞生长产生很大的影响,刚开始污染如果只看细胞很可能就会忽略,但时间长之后,细胞的活力状态变差,培养液是清亮,不变...

文章 组装"预实验" | 基因组调研图

...。kmer分析通常都是基于30到80×的二代测序数据去完成。 如何预估自己所需测序数据量? 1. 流式细胞仪: 通过测量细胞核的DNA含量来估算基因组大,1pg=978M; 2. 网站查询: 植物基因组大查询:https://cvalues.science.kew.org/ ...

文章 近期常用命令记录——比对并提取fq,ncbi下载并转化为fq,序列提取等

...grep -f list.txt assembly.fasta >reads.fasta2.序列截取 EMBOSS下的工具extractseqextractseq -sequence C.fa -region 5-6117 -outseq in.fa三、NCBI下载SRR并转换为fastq文件  获取下载链接之后进行下载,以ERR6054995为例     fasterq-dump工具wget -c https://...

问题 求助:Docker启动不了了。

...装不了桌面版docker。。 不知道问题出在哪里。。 我该i如何解决呢?

问题 启动子分析,使用get_promoter.pl提取上游序列时发生如下报错(不能读取脚本第21行),请问该怎么修正啊?

从云盘直接下载下来,没有修改,报错,请问应该如何修正?

问题 基因组染色体共线性分析出现 Unable to run 'false OUTFig.gp', Inappropriate ioctl for device

采用/mummer-4.0.0rc1/mummerplot进行共线性分析画图时,出现报错,如何解决?

文章 samtools使用

...to use [0] # 指使用的线程数 下面来看几个例子,如果想要比较直观的结果,可以用软件自带的测试数据,在example文件夹中 # 将sam文件转换成bam文件 samtools view -bS abc.sam > abc.bam # BAM转换为SAM samtools view -h -o out.sam out.bam # 提取比...

问题 外泌体检测方法

要提取外泌体做转录组或者蛋白组学测序时,如何检测分离出的外泌体? 更多生物信息课程: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献...

文章 使用fastp软件对fastq文件进行剪切

...新的数据质控软件,可以对测序数据进行处理。这里介绍如何对fastq文件进行剪切。 其命令如下: fastp --in1 data_yuanshi/Tres_2_1.clean.fq.gz --out1 Tres_2_1.clean.fq.gz --in2 data_yuanshi/Tres_2_2.clean.fq.gz --out2 Tres_2_2.clean.fq.gz  --trim_front1  15  --t...