...D不对应的问题例如上面的玉米基因组，序列中的蛋白ID与GFF中的m RNA ID不对应导致出错，我们使用AGAT自动提取基因组中的cds，可以使GFF与蛋白ID保持一致，为后续的分析扫清障碍。解决进化树构建序列截取问题采用 trimAl 自动修...
按照老师讲的输入命令，命令如下： hisat2 -p 1 --rg-id=SRR1107723_1 --rg SM:SRR1107723_1 --rg LB:SRR1107723_1 --rg PL:ILLUMINA -x $REF_INDEX --dta -1 $workdir/2.data_qc/SRR1107723_1.clean.fq.gz -S SRR1107723_1.sam 2>SRR1107723_1.summary 结果中只有SRR1107723_1.summary，打开...
...方法： [1]. 新建一个项目，使用新的进化树“(A:0.1,(B:0.2,(C:0.3,D:0.4)100:0.05)100:0.1)90:0.43;”。 [2]. 数据集格式如下： #heatmap !legendTitle Example of heatmap #图例说明 !showLegends 1 #是否显示图例 ...
eQTpLot 是一个直观且用户友好的 R 包，专为可视化 eQTL 和 GWAS 结果的共定位而开发。eQTpLot 将标准 GWAS 和 eQTL 统计结果以及可选的成对 LD 信息作为输入，以生成一系列图表，可视化给定基因-性状对的 eQTL 和 GWAS 信号之间的共定位...
...倍化，它是一种大规模的染色体倍增事件，一次性增加一个物种所有基因的剂量，导致基因组中保留着大量染色体倍增的片段。全基因组复制造成的重复区通常是一大片区域中所有基因的重复，而不是单个基因或几个基因的重复...
...单克隆抗体制备服务（杂交瘤技术、噬菌体展示技术、单B细胞）、抗体工程（人源化、稳定细胞系建立、杂交瘤细胞测序）和生物检测服务（体外药效评价、免疫学检测、生物安全检测）等，以客户需求为导向，以技术实力为...
python $scriptdir/merge_gene_count.py -p all_gene_count -f normal_rep1_gene.tsv -l normal_rep1 -f normal_rep2_gene.tsv -l normal_rep2 -f normal_rep3_gene.tsv -l normal_rep3 -f tumor_rep1_gene.tsv -l tumor_rep1 -f tumor_rep2_gene.tsv -l tumor_rep2 -f tumor_rep3_gene.tsv -l tumor_rep3 Traceback (most...
...法工具集，可以对基因组广泛使用的数据格式如BAM、BED、GFF、VCF等进行交集、并集、计数及格式转变等操作。想更详细的了解Bedtools可参考官方教程：bedtools: a powerful toolset for genome arithmetic — bedtools 2.30.0 documentation。 基因组特...
通常我们用的都是通过blast比对来确定我们需要的家族成员，首先是比对序列，再次是需要目标物种的蛋白序列，来进行比对，通常比对的时候我们都需要设定e-value值。今天我们来学习一下利用HMMER来鉴定基因家族成员。1 、利...
... --i-classifier $silva_classifier \ --i-reads ../02.feature_table/repset-seqs.qza \ --p-n-jobs 10 \ --p-confidence 0.7 \ --o-classification taxonomy.qza 报错 Traceback (most recent call last): File "/root/miniconda3/envs/qiime2-amplicon-2024.2/lib/python3.8/site-packages/q2c...
...iss-prot数据库并进一步获得了GO注释号。 1. 我想在想讲这个结果导入WEGO进行作图，请问上面两份结果需要怎么处理，是需要合并吗，怎么合并？ 我是参考一片文献进行操作的，他的描述如下：CDS sequences with SSR were aligned against N...
我使用的命令是这样：hisat2-build -p 2 --ss splicesites.tsv --exon exons.tsv $fa $HISAT2Index； 对应的变量都已经赋值了，报错如下：
...。我曾使用过的有worktile 、Teambitio、禅道、JIRA等，其中个人印象最深，体验最好的是——CORNERSTONE。 CORNERSTONE可以称得上是新一代智能项目管理平台，它与我先前体验过其他的项目管理工具相比，产品功能显得更完善也更强大...
...者弄清项目的剩余时间，评估工作进度，调整工作任务，更好地把握项目的整体。 除此之外，您还可以将监测工作进度的任务交给 CORNERSTONE 的【统计报表】可查看团队总体任务状态，也可查看团队成员个人工作贡献，便于...
之前在做dcaps标记，开始只找到网站版的软件，后来发现一个不错的脚本软件——SNP_Primer_Pipeline 脚本代码：https://github.com/pinbo/SNP_Primer_Pipeline 利用其中的 getCAPS-with-user-input.py 可以同时做caps和dcaps标记引物设计，用法如下： p...