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文章 GEO数据与WGCNA--挖掘胶质瘤共表达网络的关键模块与通路

...个样品可以划分成两个cluster（如下图，cluster1：16，cluster2：123）。 网络构建与模块划分 取平均表达量最高的4000个基因，按照无尺度网络的标准确定power值为6，并以模块最小基因数50,进行网络构建，最终获得8个模块。同时依...

问题 老师我想问一下，MENA在analysis the network 报错的问题

This is your first time to run parameter calculations on soil20231205 at 0.890 threshold. It will take a few minutes...R project wrong! Please report web administrator.setwd("D:/wwwroot/MENA/datasets/196868ld/1701851366")library(sna)cor.data<-read.table("soil20231205 Pearson Correlation_0.890 4 R...

文章 Rocky 9.1电脑安装

1.开机，按DEL键进入BIOS 2.点启动菜单，选择USB启动，注意选择第一个，不要用最后一个，否则安装会一直报错。 3.安装Rochy9.1，这里直接回车安装即可，不需要删除多余字符。 4.之后就是正常设置安装系统了，可参考R...

文章 生成OTU方法如何选择，OTU/ASV?

...生成OTU除了聚类的方法，还有降噪的方法。本文分析DADA2、Deblur、Unoise3共三种降噪方法的异同点。 1DADA2 Callahan等人在2016年推出DADA的更新版DADA2，文章发表在Nature Method上。文中对比了DADA2的方法和UPARSE聚类方法的得到OUT的效果...

文章 两个诺贝尔奖强强联合--CRISPR基因编辑的ESC/iPSC应用于再生和个性化医学

...和年龄相关性黄斑变性）的宝贵细胞来源而受到欢迎。在2010年，首次使用人类胚胎干细胞治疗脊髓损伤，并在此之后对人类胚胎干细胞进行了十几项临床试验，以治疗严重的缺血性左心室功能不全，年龄相关性黄斑变性，帕金...

文章 Nature communications 评价怎么样？好投吗？

...好发啊！ 我们再来看看Nature Communications的影响因子： 2017年是12.353， 2018年是11.878， 近几年来，NC的影响因子变化不是很大，今年虽然稍微下降了一点，但也一直保持在10分以上。 Nature Communications是顶刊还是水刊？ 长期以来...

文章 火山图--ggplot2

ggplot2包绘制火山图加载R包以及案例数据temp1 library('ggplot2') head(temp1,10)       -log10FDR      logFC Regulate64170   1.971938 -2.2884388     Down6674    1.864104 -1.2460804     Down7401    1.864104  1.2950939       Up57217   1.864...

文章 linux命令cut指定输出分隔符

输出分隔符指定: -output-delimiter cut -f 1,2 --output-delimiter=$'\t' trait/trait|ee

文章 R语言按列合并文件，并保持其中一个文件的原有顺序

...data.frame(name=c("小亮","小欣","小明","小红"),english=c(95,77,59,42)) 用merge()函数将两个数据框合并，最终生成结果顺序发生了变化，且无论math和english顺序是否变化，得到的是一样的结果 c <- merge(math,english)c name math english 1 小亮 64 ...

文章 16S扩增子测序后的PICRUSt预测功能分析原理

...，软件就可以建立一个已知物种基因信息的进化树。　　2　　实现物种输入到基因输出的转化　　前面已经根据已知的物种建立起一个带有基因信息（种类和数量）的进化树，通过未知物种的序列信息寻找其在进化树中的亲缘...

文章 详细介绍如何利用iTOL在进化树中用颜色体现样品分组信息

... #6633ff bold    1.583334    label   #6633ff bold    1.5217992    label   #6633ff bold    1.5562    label   #6633ff bold    1.5...181661    label   #6633ff bold    1.5180835    label   #6633ff bold    1.5382    label   #6633ff...

问题 泛基因家族分析

...应该怎么处理。具体问题如下：1.两个tsv文件有啥差异。2.shell中的26Pan-genes.list文件对应哪一个文件？是last.gene.pair文件，但是我看内容格式都不大一样。

文章 SCI期刊选择困难症有治了！推荐一款选刊神器！速领！

...漂亮的图，点这个链接：单细胞/空间转录组分析实操  2. 2区文章发文新思路，0实验就能发文章，省钱省时间，套路化内容好写易发表，0基础学习最新版基因家族分析/泛基因家族分析链接：最新基因家族分析 ；最新版泛基因...

问题 如何进行go的注释和富集

老师，新年好！ 我想知道有什么简便的方法（我不会R   本地blast） 1、如何用线上blastp  进行swissprot注释？ 2、如何查找一批基因的GI号？

问题 swissport功能注释

...，进行nr注释，可以比对到近缘物种的叶绿体上（见下图2），但是将整条contig拿出来做nr注释，就得没有该叶绿体基因的注释信息（见下图3）。那么，该怎么合理的解释这种现象呢？