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文章 hclust_analysis.r 转录组数据层次聚类分析

使用说明: usage: hclust_analysis.r [-h] -i filepath [-d distance] [-m method] [-T top]                         [-S] [-M max.nc] [-k bestk] [-s size] [-a alpha] [-e]                         [-L] [-X label] [-Y label] [-t label] [-o path]                    ...

文章 一秒让你读懂 DevOps 的本质及行业现状与趋势

...⽀持将持续集成的结果部署到对应的测试环境,所有部署版本在测试环境中可随时访 问,⽀持灰度发布到⽣产环境中。 四、持续部署: 它是将代码部署到生产环境的阶段。在这里,我们确保在所有服务器上正确部署代码。...

问题 在学习基因组重测序过程中,执行变异结果统计与绘图展示的命令报错

...at.pl -vcf indel.unknown_multianno.vcf -type indel 报错:2024-03-26 10:56:32:    Rscript /work/my_reseq/scripts/barplot.r -i /work/my_reseq/5.var_ann/SNP_gene_ann.stat -o /work/my_reseq/5.var_ann -n SNP_gene_ann --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omicscla...

问题 为什么启动镜像时总是出现这样的报错啊老师

前面的步骤也都是按照老师的要求上传的,在基因家族分析环境搭建这一节视课中,老师说上传课程压缩包我上传的是已经解压过的知道会会有影响。

问题 我的转录本数据和gene ID一致,所以我用的转录本ID来做的circle绘图,但是进行下去

我用的是转录本ID 知道这个软件是能用转录本ID ,但是我转换成gene ID 也行,请老师给建议 难道是由于染色体数量多于拟南芥所以这里也要改吗? 老师还请您指导

问题 GATK CALL 变异后导入GenomicsDBImport 出现问题

...的时候出现了问题。我用的命令是:gatk  --java-options "-Xmx50g" GenomicsDBImport  \   -L intervals.list  --tmp-dir $tmpdir  -R $REF --batch-size 5 \   --reader-threads 5 --max-num-intervals-to-import-in-parallel 5 \   --genomicsdb-workspace-path db --sample-name-map coho...

问题 COAD数据提示列一致保存成功

> # 下数据, 数据比较大,耐心等待 > GDCdownload(query = query, +             directory = DataDirectory,files.per.chunk=6, method='client') Downloading data for project TCGA-COAD Of the 521 files for download 521 already exist. All samples have been already downloaded ...

文章 “特朗普”成为科研新热点,100多篇CNS都有他......

前几天,Nature在线发表了一篇研究报告,标题是——Trump’s plan would make government stupid 翻译一下:特朗普的计划会让政府变得愚蠢 这位作者可是地地道道的美国人,说,他们“研究”起自己的大Boss可真是毫留情面, ...

问题 mysql镜像启动问题

...ql mkdir log data conf  #下mysql 官方镜像  #docker pull mysql:5.7 #启动镜像 docker run -p 3399:3306 --name mysql_pasa \ -v $PWD/log:/var/log/mysql \ -v $PWD/data:/var/lib/mysql \ -v $PWD/conf:/etc/mysql \ -e MYSQL_ROOT_PASSWORD=123456 \ -d mysql:5.7 老师,我按照上面...

问题 一个优秀的产品经理平时都会用到什么工具呢?

... 有用来获取资讯的 有用来处理任务的   还有专门用来分析某新产品用的 … 一个优秀的产品经理 可能都会用到的下面举例的一些工具 (知道你有多优秀呢?一起来看看吧!)

问题 如何从CAFE结果中提取扩张(或收缩)的基因家族

...基因是扩张产生的,因此能对扩张基因家族进行GO或KEGG分析。请问如何从CAFE的结果中找到扩张基因家族里包含的基因ID呢?

问题 老师你好我在做WGCNA分析时,将癌症样本定义为1,癌旁样本定义为0,同样的代码都是把表型文件以及表达文件以CSV格式输入但是,用另外一组数据出来的结果得到的是性状与模块相关性热图上P值和相关性值全是NA

我去查询了网上的相关资料发现有人建议把输入的表型文件的内容数值化但是结果还是知道哪里出了问题,请问老师这的确是输入文件的原因么

问题 您好老师,我想咨询一下plink 软件core dumped报错

我看您在组学大讲堂中回复的“他的plink命令是 /biosoft/miniconda/bin/plink,我试了一下在 /biosoft/miniconda 目录下下了v1.9版本plink,使用 /biosoft/miniconda/plink 就能够运行了”,这个具体怎么运行呢?老师您可以教一下我吗?

问题 您好老师,我想咨询一下plink 软件core dumped报错

我看您在组学大讲堂中回复的“他的plink命令是 /biosoft/miniconda/bin/plink,我试了一下在 /biosoft/miniconda 目录下下了v1.9版本plink,使用 /biosoft/miniconda/plink 就能够运行了”,这个具体怎么运行呢?老师您可以教一下我吗?

问题 有关TBTOOLS做出三连图后显示统一的问题

老师: 您好!我用TBtools做了一个三连图,但是转录本方面有点显示EXON,有的显示CDS,统一。尝试把GTF文件中的所有"EXON"替换为"CDS"或"CDS"替换为"EXON"后,却又显示UTR部分,知道为什么。。。 请问怎么解决?!谢谢!