问题 GWAS分析排序后出现sortPositions: false keepDepth: false的报错并且没有结果输出是什么原因

/share/work/biosoft/tassel/latest/lib/ahocorasick-0.2.4.jar:/share/work/biosoft/tassel/latest/lib/biojava-alignment-6.0.4.jar:/share/work/biosoft/tassel/latest/lib/biojava-core-6.0.4.jar:/share/work/biosoft/tassel/latest/lib/biojava-genome-6.0.4.jar:/share/work/biosoft/tassel/latest/lib/biojava-phyl...

文章 IF=3.47|非肿瘤-眼部老年黄斑变性ceRNA文章思路

...大多数受影响的患者还没有特效的治疗方法。 文章： 分析思路： 数据介绍： 来自GEO两个表达数据，包括AMD患者和正常对照：    主要结果： 1.两个数据集，分别以患者和对照为分组筛选差异基因： 2. 共有的差异表达基...

问题 CCS报错---unsupported sequencing chemistry combination

... 100356200 basecaller version: 2.3.0.0.140640 另外尝试了不同的ccs版本都报一样错,有遇到过同样问题的大佬求指教，比较急，谢谢~

文章 不同物种基因组之间的比对与可视化

...的序列（参考序列）进行比较，寻找相似的区域。4.结果分析： 分析比对结果，识别共同的序列、结构变化、演化关系等信息。这可能需要使用一些工具和软件来解释和可视化比对结果，例如使用基因组浏览器（如UCSC Genome Brows...

问题 TCGA数据用您们的脚本下不下来，每个TCGA的project数据组织都不一样，我不知道为什么您们就可以用一个脚本自信的运行所有的project

我的就卡在了图下那个步骤，我那个Project根本没有FKPM数据，您们这个代码的通用性真的令人头大

文章 研究“屁”的论文：怎样给论文取一个好标题？

...姐姐看了一下，这篇论文首先阐明了屁的产生原理，然后分析了这个自然现象如何一步步变成了社会现象，并成为社会道德评价中被否定的行为。 通篇下来逻辑清晰，观点明确，从生理角度延伸到社会角度，揭发其中的社会学...

文章 IF=8.86|肝癌免疫相关lncRNA预后标志物文献解读

...断、评估和治疗中显示出有希望的预测和预后价值 数据分析思路 从TCGA数据库获得LIHC基因表达谱数据，ensemble获得gtf文件，根据注释文件得到lncRNA的表达数据；从ImmPort获得免疫相关基因对lncRNA以及免疫相关基因做相关性分析...

问题 BLAST 比对建库

老师，请教一个问题： （1）我通过基因家族分析课程19课时的方法，从NCBI下载已知Human 目标基因蛋白序列，获得了XXX.fa 文件。提交到了NCBI-CD-search，获得了如下结果（图一）；提交到Pfam数据库，获得了图二暂未出结果（图二...

文章 IF=13.8 | 青藏高原人群肠道微生物生物标志物的荟萃分析及微生物群衍生的丁酸盐在高海拔适应中的功能

...uR方法对样本进行处理。校正批次效应后，通过Shannon指数分析发现，高海拔汉族和藏族人群的肠道微生物组Shannon指数显著高于低海拔汉族人群，但低海拔汉族与低海拔藏族之间没有显著差异。这种差异主要体现在物种丰富度上...

文章 RunUMAP函数报错,

brain <- RunUMAP(brain, reduction = "pca", dims = 1:30)执行降维分析的函数,umpa的时候报错 报错信息如下: Error in irlba::irlba(L, nv = n, nu = 0, maxit = iters) :   function 'as_cholmod_sparse' not provided by package 'Matrix' 如何解决?,主要是因为Matrix和irlba...

问题 你好，我不小心把镜像下载到C盘了，不小心爆盘了。有办法解决吗？ windows

修改docker镜像的默认存储位置

文章 linux下ClustalW2安装

...有两个下载链接。 FTP和HTTP下载都可以，然后找到最新版本的linux 64位安装包。 右键复制链接地址，在linux中使用wget 命令下载。 wget  http://www.clustal.org/download/current/clustalw-2.1-linux-x86_64-libcppstatic.tar.gztar -zxvf clustalw-2.1-linux-x86_...

文章 pubmed按影响因子分类文献

...的文献都能搜索得到，但是pubmed的高级功能可能很多人还不知道->那就是自定义筛选条件：最好的应用就是将文献按照影响因子进行分类，如下图所示： 做到这个只需简单三步就能完成： 注册NCBI账号 ：（如果有账号...

问题 docker镜像加速和教程界面不一样，不设置镜像加速下载速度很慢，这种情况该怎么办呢

问题 我想问一下在进行WGD分析时，要算复制时间，基于物种进化速率的公式：The divergent time of the whole-genome triplication (WGT) event was calculated using the formula divergence dateKs / 2r.

Based on the divergent time (77 million years ago) between F. americana and C. canephora and the mean Ks value (1.36) of syntenic gene pairs between F. americana and C. canephora, it estimated 8.83 × 10−9 substitutions per site per year of synonymous nucleotide substitutions rate (r) fo...