文章 读博能有多惨？毕不了业还要被当数据研究！

...家分享一下， 如图： 一个字，惨! 毕不了业还要被当数据研究，博士们真的是惨兮兮的呢。。。 比起最近的毕业论文答辩、考研等热点话题满天飞， 考博之战，真的每年都显得那么的静悄悄， 这是不是说明，考博是小...

问题 老师，我想问一下共线性分析时family.txt中的染色体实例上是at1,2,3,4,5，那这个数据是根据基因家族的ID代表的每条基因所在的位置得来的吗，如果我研究的物种基因家族分布在12条染色体上，那我就要写成1,2,3,4,5.....12，是这样的吗

文章 muscle软件介绍

...章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，提...

问题 共线性分析

我想做基因共线性分析，课程示例中的生成文件，我的数据库不全，我想要自己补全， 这是示例文件，我想问一下第二行gene_symbol:LON3 description:Lon protease homolog 3,mitochondrial [Source:UniprotKB/Swiss-Prot;Acc:Q9M9L8 ] 是必须有么？因为我这...

文章 group_by()和any()连用判断每个分组中的元素是否满足特定条件

当需要处理一个包含分组信息的数据框时： #创建示例数据df <- data.frame(  group = c("A", "A", "B", "B","C","C"),  value = c(1, 0, 1, 1, 0, 0)) 如果我们想要判断每个分组中是否存在元素>0,可以使用group_by()先对数据进行分组，然后使用filt...

文章 修改Docker本地镜像与容器的存储位置的方法

...题，最直接的方法当然是挂载分区到这个目录，但是我的数据盘还有其他东西，这肯定不好管理，所以采用修改镜像和容器的存放路径的方式达到目的。 这个方法里将通过软连接来实现。 首先停掉Docker服务： systemctl stop docker...

问题 我想请教一下16s高级扩增子分析中的，微生物共存网络的问题，在“确定物种间存在相互作用关系的阈值，将相关性R矩阵内不符合的数据转换为0”这步中，按照视频中给的代码进行操作后报错，原因是矩阵中有缺失值，请问这个缺失值如何处理，把他如何赋值为0？

文章 linux目录结构详细讲解

...。建议单独分区，并设置较大的磁盘空间，方便用户存放数据。/lib，/usr/lib，/usr/local/lib：系统使用的函数库的目录，程序在执行过程中，需要调用一些额外的参数时需要函数库的协助，该目录下存放了各种编程语言库。典型的l...

问题 关于重复序列注释的问题

在重复序列注释中，提示重复序列数据库的位置是RepeatMaskerLib=/share/work/biosoft/RepeatMasker/RepeatMasker/Libraries/RepeatMaskerLib.h5；但我docker获得的镜像genome-assembly:v1.0中/share/work/biosoft/却没有RepeatMasker这个文件夹。请问是否是重复序列数...

问题 基因数目较少，做wgcna是否有意义?

老师您好，我的表达量数据只有193个基因，且都属于同一基因家族，但有23个样本。请问用这样的数据做wgcna，能得到有生物学意义的模块么？

问题 老师，在学习扩增子高级分析群落数据co-occurrence network分析，运行代码network=net_pro(igraph) 出现报错 Error in average.path.length(igraph) : At core/paths/shortest_paths.c:188 : Weight vector must be non-negative, got -0.509662. Invalid value

文章 PBS 命令

...简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...

问题 老师，你好！

...《基因家族成员转录表达模式分析》提到可以使用转录组数据进行热图绘制，但是我的研究物种目前参考基因组刚刚公布，转录组和全基因组的id并不匹配。我准备做的是WRKY家族，现在打算是用拟南芥钓出来的我的物种的WRKY蛋...

文章 pheatmap绘制热图详解

...hat offers more control over dimensions and appearance. 热图是对实验数据（尤其是基因的表达量）分布情况进行分析的直观可视化方法，可以用来进行实验数据的质量控制和差异数据的具像化展示，还可以对数据和样品进行聚类，观测样品...

文章 文献-子宫内膜癌-单细胞与空间转录组联合分享

...0. doi: 10.3389/fimmu.2023.1145300. PMID: 37081869; PMCID: PMC10110842. 数据： 单细胞：Single-cell RNA-seq (scRNA-seq) data for 5 patients with EAC (GSE173682) 空间转录组：spatial transcriptomic data for one patient with EC (GSM6177623 in GSE203612) were downloaded from Gene Expre...