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文章 Evolview绘制进化树时添加热图

...树“(A:0.1,(B:0.2,(C:0.3,D:0.4)100:0.05)100:0.1)90:0.43;”。 [2].   数据集格式如下: #heatmap !legendTitle Example of heatmap #图例说明 !showLegends 1                       #是否显示图例 0:隐藏,1:显示 #!defaultStrokeColor pink #!default...

文章 SNP不能转化成CAPS标记?来试试dCAPS吧!

...简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读;转录组(无参)结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,...

文章 项目管理软件的应用现状与发展趋势

...件以企业管理需求为基础,以IT技术为支撑,为企业提供数据信息的综合管理办法。随着项目管理思想逐步被接受,市面上涌现出越来越多的管理软件出现在公众的面前,如雨后春笋般层出不穷,一时间“管理软件”名声大噪。...

文章 怎样画一张曼哈顿图CMplot

...w.githubusercontent.com/YinLiLin/R-CMplot/master/R/CMplot.r") 加载示例数据 > data(pig60K)   #calculated p-values by MLM> head(pig60K)          SNP Chromosome Position    trait1     trait2     trait31 ALGA0000009          1    52297 0.77...

问题 老师,我提取cds ,pep用基因的ID,作为序列的ID命令。运行出来"No such file or directory; can't open file ./.longest_isoform.gff3"但是我打开输出文件看是有数据的。是不是不用管No such file or direc...提示

下面是运行图和输出文件

问题 老师,想请问一下WGCNA中绘制性状与模块相关性图出现colorMatrix[, c] : incorrect number of dimensions

前面的代码都没有问题,运行绘制的代码的时候出现错误: 我检查了数据的格式和维度,数据的情况如下: 性状数据的具体内容如下: textMatrix矩阵内容如下: 实在是不知道问题出在了哪里。。。

问题 想问下用ADMIXTURE进行群体结构分析后,用课程提供代码可视化的时候,一直出现如下图的报错是怎么回事儿?输入文件的P,Q,nosex文件都检查了,没发现哪里的问题,之前其实也做过同样的分析,没有出现问题。这次只是数据量和个体数不同。应该怎么办?谢谢大家。

问题 ###16S/18S 方法1:dada2 数据质量过滤,合并,去嵌合,去引物一步完成。这个步骤代码报错,请老师帮我看一下这个问题,之前有帖子也有这个问题,说是建议下载咱们课程提供的docker镜像,我就是下载的咱们课程的docker镜像,但还是出现了这个问题,请老师解答,谢谢!

问题 老师 就是 我在过滤数据的时候 下面截屏中利用vcfutils.pl进行过滤的时候 生成的文件还有7.2 Gb,但是用vcftools进行过滤后还剩764Mb的文件,这个是不是过滤掉的太多啦呀 麻烦您重新帮我设置一个过滤参数嘛 谢谢我重测序的个体才36个

文章 百万样品GWAS解释精神疾病间的遗传关系

...变对精神疾病的贡献很微小,为此必须要拥有十分庞大的数据去将可靠的信息从背景噪音中分离出来。 研究者为了检测25种精神和神经疾病的遗传模式,对265,218例病患和 784,643例conrols 进行了全基因组关联分析(GWAS)。同时在1,...

问题 老师你好我在做WGCNA分析时,将癌症样本定义为1,癌旁样本定义为0,同样的代码都是把表型文件以及表达文件以CSV格式输入但是,用另外一组数据出来的结果得到的是性状与模块相关性热图上P值和相关性值全是NA

我去查询了网上的相关资料发现有人建议把输入的表型文件的内容数值化但是结果还是不行不知道哪里出了问题,请问老师这的确是输入文件的原因么

文章 家蚕7篇基因家族文章下载

... 日常科研中你我经会常遇到看不懂的图表,不会挖掘的数据,没有思路的文章,沟通不畅的个性化分析,求人不如求己,一切痛点都能解决: 1. 单细胞/空间转录组正在大火,高分文章必备,0基础学单细胞/空间转录组分析,...

问题 OTU分析报错

...的问题,也都看了您对大家的回复,检查了自己的内存和数据库路径满足要求,还是会报错,同时无法生成”otu_table.biom“文件,用的是与您一致的示范数据,请问是否有别的解决办法,谢谢!

文章 IGV可视化使用

...么    Integrative Genomics Viewer(IGV) 是一款针对高通量测序数据进行可视化的专业软件。如转录组测序Reads与参考基因组序列比对结果,物种参考基因组序列和注释文件,都可使用IGV进行可视化浏览。 它支持各种数据类型,包括基...

文章 R语言按列合并文件,并保持其中一个文件的原有顺序

...欣","小明","小红"),english=c(95,77,59,42)) 用merge()函数将两个数据框合并,最终生成结果顺序发生了变化,且无论math和english顺序是否变化,得到的是一样的结果 c <- merge(math,english)c name math english 1 小亮 64 95 2 小明 76 59 3...