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问题 安装的bio-linux启动时要求重复输入密码

安装的bio-linux启动时要求重复输入密码,但没办法启动,想请教老师如何解决。

问题 hisat2 reads 与基因组进行比对出错

命令如第一张图,并未生成sam文件,生成一个summary文件,打开summary文件,信息在第二张图。请问错误在哪?应如何解决?谢谢!

问题 请问老师密度图绘制出来为什么是这样?

还有后续步骤中分析B与A组的差异 求解,谢谢老师们 经过测试,用视频讲解里的GSE完全没问题,用我自己要分析的数据就会出现这种缺失值,请问该如何处理这种?如何继续分析下去

问题 LD连锁不平衡计算关于碱基序列之间的关系

我查到的关于LD的计算都是在Aa这样的基因型之间的计算方式,但我们平时实验的时候是碱基序列更多一些,针对每个基因位点,应该如何考虑它的LD计算。

文章 TCGA-ceRNA网络构建

...,所以他们之间存在一定的相互作用。 目前在TCGA中研究比较多的是lncRNA, 编码蛋白的基因以及miRNA 三者之间的ceRNA调控网络。 构建ceRNA 网络,需要进行两类分析: 1. 差异表达分析: 分别对lncRNA, 编码蛋白的基因,miRNA 进行差...

问题 疾病与正常对照的微生物群落CoNet分析

老师,请问我在进行疾病与正常对照的微生态群落分析,在环境因子中无法设置连续变量值,是否可填入0、1进行分组分析呢?或者应该如何进行这类的网络分析?

问题 疾病与正常对照的微生物群落CoNet分析

老师,请问我在进行疾病与正常对照的微生态群落分析,在环境因子中无法设置连续变量值,是否可填入0、1进行分组分析呢?或者应该如何进行这类的网络分析?

问题 诱变材料,且已自交 6 代,是否可用 QTL-seq 的方法来定位到基因?

...交,然后构建野生型和突变型混池再测序,这样(杂交)比较耗时,而 QTL-seq 只需拿到稳定极端表型就可以测序,所想弄清楚 诱变材料且已自交 6 代,是否可采用 QTL-seq 的方法来定位到基因?为什么?静等老师回复,非常非常...

文章 使用DNA序列做主成分分析(PCA)——R语言adegenet包

...path,chunkSize = 10,parallel = F) 数据读入以后做一些分析就比较容易了 首先是看一下snp位点在染色体上的分布密度 library(ggplot2)snpposi.plot(position(flu),genome.size = 1700,codon = F)+     theme_bw() 还可以划分不同的密码子位置 snpposi.plot(...

问题 genome-annotation缺失tantan

在用omicsclass/genome-annotation镜像进行注释时报错,代码如下“funannotate mask -i pilon_polished2.fasta -o tz-mask.fasta”,提交后显示“Missing Dependencies: tantan.  Please install missing dependencies and re-run script”。请问老师如何解决依赖项缺失问题

文章 TCGA 数据进行lncRNA, Gene 的WGCNA 联合分析

...        WGCNA分析需要大量的样本,而TCGA上癌症样本正好比较多,符合WGCNA 分析对样本数量的要求。 又因为蛋白编码基因的表达定量和lncRNA 的表达定量都是采用高通量测序,所以两者在量纲是等同的,可以将表达矩阵放在一起...

问题 OUT分析速度太慢

...近一整天都跑不出来,也不报错,电脑配置也不差,请问如何提高速度,另外两种pick_open_reference_otus和pick_closed_reference_otus方法也试了,很慢。

问题 一次搜索多个结构域

老师好,请问想一次搜索多个pfam应该如何修改命令“hmmsearch --domtblout WRKY_round1_hmmerOut.txt --cut_tc WRKY.hmm ../01.data_prepare/Arabidopsis_thaliana.gene.pep.fasta”; 对于ring finger这种pfam众多的家族,可以一次性把所有pfam一起做出来吗?还是一...

问题 单细胞测序数据rds文件替代某列信息

老师您好!我想问下单细胞测序数据如何将rds文件和pbmc.metadata.tsv文件中的某列信息给替换成其它信息?麻烦老师解答,谢谢

文章 特殊染色技术的原理及其在实践中的应用

...剂价格较为昂贵,对于一部分病人以及某一些基层医院是比较难以接受的。而组织化学技术则具有无需复杂的实验条件以及较为昂贵的试剂操作又比较简单的优势,在临床病理学诊断中具有重要的应用价值。   比如,当细胞中...