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问题 stringtie分析后没有基因名字

在用stringtie进行转录本组装拼接定量后,从服务器上下定量后的文件t_data.ctab文件,打开后发现gene_names一列没有基因名字,在R中用ballgwon包进行差异基因筛选后发现,同样没有基因名字,这是为什么呢?我的参考基因组和注释...

文章 GATK 4.4.0报错“ A JNI error has occurred, please check your installation and try again”

...,请检查安装并重试。 出现报错的原因: 1. javac与java版本同所致,可以采用以下方法进行检查。如果真的一致就安装或者指定一个一致的。 javac -versionjava -version 2. 安装了多个版本的JDK,可以把匹配的都卸了,留...

文章 VScode文档列对齐插件-code alignment

VScode有一个文档列对齐的插件: 该插件可以根据同的符号,甚至正则表达式作为列分割符号实现文档的列对齐,对于文档阅读很友好,下地址: https://marketplace.visualstudio.com/items?itemName=cpmcgrath.Codealignment 插件同符号...

文章 基因家族分析--低成本SCI文章思路

...。 5、与胁迫相关的启动子区域顺式作用元件预测,利用在线工具(http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/)搜索了Hsp20基因家族成员启动子区域的顺式作用元件,发现StHsp20s除StHsp20-41外至少具有一种与胁迫相关顺式元件 ...

问题 老师,你好!

...种目前参考基因组刚刚公布,转录组和全基因组的id并匹配。我准备做的是WRKY家族,现在打算是用拟南芥钓出来的我的物种的WRKY蛋白序列(全基因组),然后用我的WRKY蛋白序列再去转录组蛋白序列中钓WRKY蛋白序列,用钓到的...

文章 circos-基因组圈图绘制软件基础绘图

...片,emmm……你想有多漂亮就能有多漂亮。它提供了部分在线绘图的功能,可以戳这里了解一下:教你绘制circos图。但是基于对图片的要求同,掌握了命令行的方式进行绘图,能够获得的结果也就越完善。这里就从最简单的入...

文章 GEO数据挖掘生物信息文章解读(直肠癌)

...传到STRING蛋白互作数据库,利用cytoscape软件当中的cytoHubba插件寻找 hub基因,最后取其中连通性最高的top10个基因构建网络,分别是:CCL19, CXCL1, CXCL5, CXCL11, CXCL12, GNG4, INSL5, NMU, PYY, SST(下图)。 分析上面hub基因对直肠癌的诊断作...

问题 docker支持Windows11版本

问题 老师好,请问应该怎么下/处理原始数据才能在single-cell:v3.0镜像里进行分析呢?

...该怎么下/处理原始数据才能在single-cell:v3.0镜像里进行分析呢?请老师指点迷津,谢谢! (图1)(图2)(图3)(图4)(图5

文章 eclipse当中R插件StatET安装

1.StatET插件来源及安装要求: 官网地址:http://www.walware.de/ 插件地址:http://download.walware.de/eclipse-4.6 2.安装步骤: 手动添加地址安装,点击菜单栏 help>Install New Software: 选中要安装的插件: 然后就可以安装完成。 3....

文章 R语言取整

...程: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解深入?图表看懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学...

问题 老师,请问我在cytoscape中使用conet插件绘制互作网络图,我上传了两个文件,第一个文件是图一,第二个文件是图二,我想用OTU的ID号做分析相,想做门水平的细菌,第二个表是抗性基因的数据,想观察抗性基因和门水平菌的共现性网络。但是总是显示报错,请问您知道大概有什么原因吗?

文章 免费下中文文献神器-iData知识检索

...为例: 题目:水稻组蛋白甲基化转移酶基因OsSET34的功能分析 小编顺便看了下该文章在知网中的下价格,如下图,15元,也是很贵,但是........... 所以小编转战iData知识检索,果真检索到了该论文,如下图,直接在检索框...

问题 CoNet和cytocluster这两个APP的插件

能传我CoNet和cytocluster这两个APP的插件吗,我的电脑没法下

话题 插件安装