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问题 Hic挂载时 K值选择

我的物种染色体数目为2n=24,在划分contig成group这里的K值是设置为24吗?但是设置为24之后跑出来只有一个sample.clean.counts_GATC.24g1.txt,显示所有contig都划分到这个组里了,为什么呢?该如何解决?

文章 顺式作用元件基础知识及预测

...表,做好高级个性化分析发表高分1区不是梦!T2T基因组/比较基因组/泛基因组分析学习链接:T2T基因组组装与注释分析;动植物泛基因组分析 ;比较基因组分析4. 群体重测序遗传进化分析+GWAS文章,篇篇10+分,缩短分析周期,...

问题 SNP数据统计

...at clean.vcf.gz|grep -v "#"|wc -l查看不同样品共获得多少SNP,那如何查看每个样品各自拥有多少SNP呢?在该文件SNP_gene_ann.stat中可以查到每个样品的SNP,但是总数和使用指令zcat clean.vcf.gz|grep -v "#"|wc -l获得SNP总数不一致,那SNP总数应该...

问题 SNP数据统计

...at clean.vcf.gz|grep -v "#"|wc -l查看不同样品共获得多少SNP,那如何查看每个样品各自拥有多少SNP呢?在该文件SNP_gene_ann.stat中可以查到每个样品的SNP,但是总数和使用指令zcat clean.vcf.gz|grep -v "#"|wc -l获得SNP总数不一致,那SNP总数应该...

问题 单细胞测序FindAllmarkers

...wn}` is not found."))) Execution halted 想请假老师,我应该怎么调整?谢谢老师

问题 关于注释文件染色体位置信息

...照课堂上的fadix命令,则构建不了染色体长度相关信息。如何根据在ncbi上的注释文件.gff进行fadix呢

问题 糖苷水解酶家族1 在茶树染色体的定位图

如何绘制染色体定位图? 这部分数据在基因组里找吗?哪个文件呀?

问题 去冗余的同时,提取前两列的信息

老师,请问如何修改这个脚本select_redundant_mRNA.pl,使得运行该脚本后,在得到去冗余的geneID后,还能得到对应的文件第二列的内容

文章 R语言绘制维恩图空值NA处理

...那么空值就读成了NA,需要去除才行; 数据如下,不同比较组的得到的差异基因ID,需要用R绘制韦恩图: 代码及注意事项如下: library(Vennerable) #由于行数不一样,设置fill参数;na.strings 设置空值为NA: All_DEG_venn<-read.table...

文章 论文作者署名:导师和学生之间的一场大战

...? 一般来说,文章的主要撰写人应该是学生, 所以目前比较常见的是,最终学生会是第一作者,老师为通讯作者, 这应该是惯例,但是也不排除像第一个新闻里的那样,导师非要署名第一作者。。。 因为学生做老师的课题...

问题 GWAS 曼哈顿 Manhattan 图像问题

采用你们课程的:Rscript $scriptdir/gwas_manhattan_plot.r 以及Rscript $scriptdir/qq_plot.r制作Manhattan图和QQ图后,Manhattan图最高的SNP仅仅显示半圆,请问如何修复(就是修改可视化Manhattan图的纵坐标)

问题 tree_tax出错

...×0 而课程视频显示的为:34×4请教,是哪里出问题,该如何解决?

文章 使用compare_means()t.test进行显著性检验时报错

compare_means()函数用于比较两个或多个独立样本之间的均值。 compare_means( f, data = mydata, paired =FALSE, method = "t.test") #函数的普遍用法 f : formula,x ~ group形式的公式,其中x是表示数据值的数值变量,group是表示相应组的具有一个或...

问题 在linux中提取gtf文件部分基因的信息

老师您好,请问在Linux中如何从gff文件提取部分基因的位置信息呢? 目前已有文件:物种的gtf文件;需要提取的蛋白id文件

问题 关于基因组注释中mysql 语句创建用户的问题

老师您好,我在用mysql 语句  创建用户 使PASA可以访问数据库时,出现如下错误该如何解决