运行终止后，生成的结果文件如下
...llumina HiSeq 2500 平台PE100进行测序，平均每个样品产生14G的数据，详情见下表： 变异检测 测序后的数据利用BWA version 0.7.3a MEM比对到人类参考基因组上（GRCh37/hg 19），利用GATK的HaplotypeCaller方法进行变异检测，并对变异信息进行...
Python中可以使用栈（stack）数据结构来分析数据。下面是一个使用栈来判断一个字符串中的括号是否匹配的例子： def is_matching_parentheses(string): stack = [] for char in string: if char == '(': stack.append(char) elif char ...
R语言 vegan包计算物种累计曲线 vegan 包是进行群落数据分析最常用的R包，其中的 specaccum 函数用来计算物种的累计曲线。输入数据，otutable：列表示不同的物种，行表示不同的采样点，中间的数字代表物种丰度：示例代码:require(v...
...定和DNA测序技术，制定样品处理的规范和质控标准，提高数据分析的精确性和评估数据的效用。在计划后期，预计可以完成目前所发现的200多种类型癌症和肿瘤的基因图谱。 TCGA试验项目的大致安排是这样的：人类癌症生物标本...
...排序降维分析？ 试想一下面对P（种）×N（样品）的原始数据矩阵（OTU table），即使是通过距离算法（欧式距离，jaccard距离，bray-curtis，unifrac距离等）得到两两样品之间的距离矩阵，也是N（样品）×N（样品）的大量数据，如果...
为什么我没改这个基因组名字为自己物种好像也没有啥影响？ 说到影响就是 是不是会影响后面的命令的运行？ #将基因组序列文件和注释文件批量链接到当前文件夹 cat ../id.txt|while read ind;do ln -s ../data/${ind}.fa.gz ./ ln -s ....
... 后基因组时代，生物科研圈最大的矛盾是：与日俱增的数据量和科研人员处理数据的能力不足之间的矛盾。所以，谁会生物信息分析，谁能处理基因数据谁就是课题组最亮的仔！ 在这个天高气爽的秋天组学大讲堂为大家准备...
...的相似度越大 fuzzywuzzy的process模块可以比较两组（个）数据，并输出比对分数 如下面的脚本即是比对自己的一组数据和参考的一组数据，并得出比对结果，比如我这里使用基因 #!/usr/bin/env python3 import pandas as pd from fuzzywuzzy impo...
...简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...
我选择的是结直肠癌的临床样本，所以数据量也不小吧，为什么数据的生存状态只有一种?看不懂
...到主成分分析，一般我们都是使用Plink，GCTA等软件基于SNP数据来操作，那么如果我们用蛋白质序列，能不能做主成分分析，如何做呢？ 答案是可以做，让我们一起来学习怎样做出与文献一样的图吧~ 文献思路 文献中的思路是...
你好，我想问问计算kaks时，我利用别人文章的数据进行验证，数据从NCBI下载，在TBtools进行提取基因，用MEGA比对和DNAsp计算kaks,可是结果和文章的结果不一致。终止密码子去掉也不对，