文章 排序分析PCA、PCoA、CA、NMDS、RDA、CCA等区别与联系

...排序降维分析？ 试想一下面对P（种）×N（样品）的原始数据矩阵（OTU table），即使是通过距离算法（欧式距离，jaccard距离，bray-curtis，unifrac距离等）得到两两样品之间的距离矩阵，也是N（样品）×N（样品）的大量数据，如果...

问题 泛基因家族分析的数据准备的里面有一个加载全局变量env.sh,请问这个有什么作用？里面改没改这个Ref=B73为自己的物种有什么区别呢，修改了要不要加这个基因组的具体路径？

 为什么我没改这个基因组名字为自己物种好像也没有啥影响？   说到影响就是 是不是会影响后面的命令的运行？ #将基因组序列文件和注释文件批量链接到当前文件夹 cat ../id.txt|while read ind;do ln -s ../data/${ind}.fa.gz ./ ln -s ....

问题 生存分析出现的问题

我选择的是结直肠癌的临床样本，所以数据量也不小吧，为什么数据的生存状态只有一种?看不懂 

文章 fuzzywuzzy模糊匹配和提取

...的相似度越大 fuzzywuzzy的process模块可以比较两组（个）数据，并输出比对分数 如下面的脚本即是比对自己的一组数据和参考的一组数据，并得出比对结果，比如我这里使用基因 #!/usr/bin/env python3 import pandas as pd from fuzzywuzzy impo...

文章 2023年秋季线下/直播培训火热报名中！

... 后基因组时代，生物科研圈最大的矛盾是：与日俱增的数据量和科研人员处理数据的能力不足之间的矛盾。所以，谁会生物信息分析，谁能处理基因数据谁就是课题组最亮的仔！ 在这个天高气爽的秋天组学大讲堂为大家准备...

问题 老师我想问一下我没有以下这种情况，就是比如说鉴定的马铃薯基因在马铃薯数据库中有，但是在ncbi中没有找到它的序列，这种情况应该怎么做呢，因为要做基因定量的话只有在ncbi中可以看到它的CDS区

问题 你好 我现在在用cytoscape的conet做共现网络分析图，去掉世系之后确实是可以运行正常的，但是我做的图是需要世系的，因为需要标出图例，表明是在门分类下 具体是哪种微生物，请问我要怎么去调整taxonomy的数据格式才能使得conet不报错

文章 perl——当split函数用空格做分隔符时

...简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...

问题 kaks计算

你好，我想问问计算kaks时，我利用别人文章的数据进行验证，数据从NCBI下载，在TBtools进行提取基因，用MEGA比对和DNAsp计算kaks,可是结果和文章的结果不一致。终止密码子去掉也不对，

文章 lncRNA调控预测

...，输入miRNA和lncRNA的 ID编号即可预测。支持基于实验验证数据的预测，也支持基于算法的电子预测如果有大量的miRNA或lncRNA需要进行批量的预测，也可以下载该数据库里的数据，进行本地的预测。 2. lncRNA-RNA互作预测分析：LncTar ...

文章 跟着文献学做图 | 用蛋白质序列做主成分分析（PCA）

...到主成分分析，一般我们都是使用Plink，GCTA等软件基于SNP数据来操作，那么如果我们用蛋白质序列，能不能做主成分分析，如何做呢？ 答案是可以做，让我们一起来学习怎样做出与文献一样的图吧~ 文献思路 文献中的思路是...

问题 建立进化树

建树的时候会有很多支持值为0的分支，这个应该怎么处理数据呢？ 而且我怀疑这个出现的原因是我删除了gap的原因，一开始没删除gap的数据无法建树，然后我就删除了全部gap。

文章 z-Transform数据得到z-score方法公式

z-Transform Sometimes one has the problem to make two samples comparable, i.e. to compare measured values of a sample with respect to their (relative) position in the distribution. An often used aid is the z-transform which converts the values of a sample into z-scores: with zi ... z-transfo...

问题 老师好，我在使用samtools进行染色体长度获取时出现了这种报错。此物种的gff3文件没有具体的染色体长度注释，以及使用基因组染色体的fasta文件进行统计的话数据很多，工作量很大，麻烦老师帮忙看看怎么解决这个问题。谢谢老师！

文章 如何鉴定长距离运输的mRNA?

...与参考基因对应材料之间存在差异，所以作者利用重测序数据（120x）替换原参考基因上的SNP、Indel等变异信息，重新构建优化了基因组。转运mRNA识别：如下图，以南瓜接穗黄瓜砧木为列，识别有接穗南瓜向下运输至黄瓜砧木的mR...