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文章 组学大讲堂周年庆特大优惠---VIP最高返礼6800元!!

...情页:VIP详情页 点此处联系客服了解详情:客服 省钱能手,性价比爆棚原价21980元的超级VIP限时限量6.9折优惠(券后15166元,限量10个名额),还送独享服务器 7.8 折券,租服务器都能省钱。 注:亦可选择原价购买享优惠...

文章 TCGA-构建ceRNA网络的软件GDCRNATools

...的,后来无意间看到了GDCRNATools这个R包,该软件包,功能比较强大,能够完成ceRNA网络分析的所有分析内容。 该软件的主要功能可以概括如下:    1. 数据下载         1.1   支持转录组数据和miRNA数据的下载和数据合并  ...

文章 pRRophetic包预测药物敏感性

...geeleher/pRRophetic/blob/master/vignetteOutline.pdf pRRophetic包是一个比较古老的R包,主要用途就是从基因表达数据预测表型(即使用癌症基因组计划CGP细胞系数据预测临床结果),预测外部细胞系(CCLE)的药物敏感性,也可用于临床数据...

问题 McscanX找组内复制基因,组间复制基因

某个物种用mcscanX组内找到的物种复制基因对与组间找到的物种复制基因数量不等是什么原因?如何取舍?

问题 本地镜像代码运行不了

...ctory报错,把RStudio安装到该文件夹下也不行,请问老师该如何解决

文章 正则表达式

正则表达式是一个程序,它拥有自己的简单编程语言。通过“模式”将“字符串”分为两组(匹配/不匹配)。 1. 简单模式(//),匹配简单的直接量字符串。      $_="yabba dabba doo";     if(/abba/){        print "It matched!\n"...

问题 替换蛋白编号信息的问题

我按照老师的方法pel get_fa_by_id.pl  at.gff arabiopsis_thaliana.tair10.pep.all.fa pep.fa 替换蛋白编号信息(删除其他转录本的数据),代码执行通过没有报错,但pep.fa替换后的文件为空,请问如何解决?代码是老师上课中用的代码

文章 GEO在线分析工具--GEO2R进行基因差异表达分析

...异分组 搜索出所有样品之后,选择Define groups,选定差异比较分组的样品(如果是多平台数据,请先确定平台)。在Define groups下拉输入框中,先输入control,点击Enter键,确定第一个分组,同样输入第二个分组tumour,设定第二组...

问题 关于麦基因家族中的同源性问题

你好,我想问一下,对于麦的基因家族来说,如何判断基因在麦ABD三个家族中的同源性呢 能跟我讲一下具体的操作方法和流程吗,谢谢,感激不尽

问题 mutmap

... mutmap 分析的时候,最好去除 SNP-index 值于 0.3 的数据,如何在脚本里加入 --min-SNPindex  参数呢?非常期待您的回复,万分感谢!

问题 使用FUSION进行TWAS分析权重训练问题

再使用自己的数据进行权重训练的时候,当使用加入blup模型运行GEUV.compute_weights.sh脚本时报错,去除该模型可以正常运行时怎么回事?需要如何解决?

文章 把正在运行的任务提交后台

如何把正在运行的任务提交到后台运行: 1.首先把任务暂停 ctrl+z 2.然后bg指令挂起 这时如果直接退出终端任务依然会停掉,所以 3.使用disown命令将任务从终端的管理中解除: disown %1#%1是指解除第一个任务的管理,想要直...

文章 微生物多样性分析之Bray curtis距离

...oger Bray和John T. Curtis的名字命名的主要基于OTUs的计数统计比较两个群落微生物的组成差异。与unifrac距离包含的信息完全不一样相比于jaccard距离Bray-Curtis则包含了OTUs丰度信息。其中S_(A,i)和S_(B,i)表示第i个OTU分别在A群落和B群落中...

问题 基因家族分析---没有蛋白序列可以做基因家族分析吗?

例如:只有***.genomic.fna文件和***.gff文件,能通过blast搜索家族基因吗?如何搜索呢个?

问题 在做系统发育树时遇到了问题

想用拟南芥和自己的数据一起跑系统发育树,结果报错了,是我的基因名字太长了吗,这种情况怎么搞,是要修改基因名吗,如何批量的修改基因名啊