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文章 univariate_cox.r 临床数据单因素cox回归分析

使用方法： 指定单个变量做cox回归分析，可以是临床数据 $Rscript $scriptdir/univariate_cox.r -h usage: /share/nas1/huangls/test/TCGA_immu/scripts/univariate_cox.r [-h] -i data -t time -e event -v variate [variate ...] [-b blocksize] [-o outdir] [-p prefix] unvar...

文章 三代纠错软件LoRDEC安装

...：https://gite.lirmm.fr/lordec/lordec-releases/wikis/home#lordec  安装版本：0.9 下载之后解压并安装： 环境变量设置，提高GCC版本为 6.4： export PATH=/share/work/biosoft/gcc/gcc-v6.4.0/bin/:$PATHexport LD_LIBRARY_PATH=/share/work/biosoft/gcc/gcc-v6.4.0/lib64/:$LD_LIBRA...

问题 跪求解答，关于基因组文件大小

您好，我在Ensembl下载了海葵基因组序列，怎么这么小，这是不全还是就是小尼，另外基因家族分析时家族成员只有7个可以吗？家族成员数量和文章档次相关吗

文章 Nature communications 评价怎么样？好投吗？

...四名男博士的瓜，相信大家都知道， 其实学霸姐姐本人不是很愿意将这个事情与“女博士”挂钩， 各行各业，男男女女，好也罢，坏也罢， 这都是个人的选择，与“女”无瓜，与“女博士”这个群体也无瓜。 希望大家不要...

问题 在BSA分析结果给的候选区域文件quantile99_SNPs_in_region_gene_anno中，发现与all_sample_snp.vcf对比后，发现好多SNP位点没有，请问是什么原因？

在BSA分析结果中，对候选区域文件quantile99_SNPs_in_region_gene_anno的SNP位点进行查看并与all_sample_snp.vcf对比发现在这个候选区域中，有些位点没有，这是什么原因？ 候选区域及候选区域基因注释的文件中，如snp位点142198是一个在父母...

文章 从docker file 导入docker

例如导入NCBI安装好的sratoolkit工具的docker镜像，免去安装的麻烦：https://github.com/ncbi/docker/tree/master/sra-toolkit   目前最新的版本2.10.4：https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software

问题 treemix指定root的问题

老师你好，听完课程以后，有一点我不是很明白。treemix软件说明书是要指定root的，但是我是一个种的群体，没有放其他外群信息，在不知道群体关系的情况下，是不是可以不用指定root进行基因流分析呢

问题 老师，我在做基因家族鉴定，提取结构域序列，出现这样提示，请问怎么解决

...l the Bio::SeqIO module) (@INC contains: /home/pc/miniconda3/lib/site_perl/5.26.2/x86_64-linux-thread-multi /home/pc/miniconda3/lib/site_perl/5.26.2 /home/pc/miniconda3/lib/5.26.2/x86_64-linux-thread-multi /home/pc/miniconda3/lib/5.26.2 .) at script/domain_xulie.pl line 6. BEGIN failed--compilation...

问题 微生物共存网络数据准备

老师，有个小问题请教一下，微生物共存网络那里的课程好像没有更新，所以演示内容里taxonomy和feature table用的都是OTU ID，但是我现在的taxonomy的表头是feature id，好像和table里的OTU id不一样，这影响分析吗

问题 在Bio-Linux中安装软件

老师 您好 我想用咱们网易云课堂中提供的Bio-linux安装一些有参转录组分析课程中的软件，但是安装不上去。

问题 做生信的笔记本什么配置够啊？

最近想买个笔记本电脑，顺道做些简单的生信分析，不知道买什么配置够呢？

问题 gtf文件获得基因长度报错

老师，您好，我在做转录组分析的时候，利用get_gene_length_from_gtf.py脚本获得基因长度的时候报错，如下图： 而我的gtf文件如下图： 不知道什么原因，生成gene.bed文件时时正常的，谢谢！

文章 Nature：2019年度最佳科学图片top10，总有一张震撼到你！

一到年底，就到了各种大盘点的时刻， Nature也不例外， 12月16日，Nature官网发布了2019年度最佳科学图像Top10, 这10张图片见证了整个2019年科学界的重大的事件， 微观的、宏观的、绝美的、鲜艳的、勇敢的...... 每一张图片背后...

文章 TCGA数据库介绍

...型的，免费的癌症研究参考数据库。试图通过应用基因组分析技术，特别是采用大规模的基因组测序，将人类全部癌症（近期目标为50种包括亚型在内的肿瘤）的基因组变异图谱绘制出来，并进行系统分析，旨在找到所有致癌和...

文章 最新研究：爱笑的人，论文质量一般不会太差......

你一定听说过一句话： 爱笑的女孩，运气一般都不会太差....... 这浓浓的非主流气息...... 但是现在，有研究表明，这句话是有科学依据的！ 尤其是对于我们科研人原来说，爱不爱笑，可能真的和你的科研“运气”有关。 ...