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问题 想请教一下，如果在stringtie定量后，得到的某基因有多个转录本，那么它的定量结果，即FPKM值应该如何取舍？

...exon_number "2"; cov "14.629032"; 比如上面FAN_iscf00000040.1基因有3个转录本，最后的FPKM值也有三个，像这种情况该如何取舍？谢谢！

文章 必须收藏！比较基因组学分析必备神器-OrthoVenn2

...通用性更强，单次在线分析的上限物种数量提高了1倍达12个。OrthoVenn2还提供了本地版本下载，可以处理更大数据量的分析，无物种数限制，分析环境封装于docker镜像中，个人安装docker后直接下载OrthoVenn2镜像即可使用，还未安装d...

文章 统计不同分组差异表达结果并统计上下调基因数目并绘制柱状图

...因的数目，并绘制柱状图； R语言代码： library(reshape2)local({r <- getOption("repos")  ;r["CRAN"] <- "http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/" ;options(repos=r)}) library(ggplot2)library(cowplot)library(RColorBrewer)library(Vennerable)brewer.pal(7,"Set1")display.bre...

文章 核苷酸替换模型-GTR是所有模型中考虑参数最多最复杂的模型，其他所有模型是GTR模型的特例

原文链接：http://evomics.org/resources/substitution-models/nucleotide-substitution-models/ The use of maximum likelihood (ML) algorithms in developing phylogenetic hypotheses requires a model of evolution. The frequently used General Time Reversible (GTR) family of nested models encompasses ...

问题 关于基因受选择计算

...体中是否基因受到选择，我用到的命令是 vcftools --vcf sample.vcf --weir-fst-pop population_1.txt --weir-fst-pop population_2.txt --out P_1_2 --fst-window-size 10000 --fst-window-step 1000 然后选取结果中top1%的区段和我基因区段做overlap，然后去看是否受到选...

问题 请问差异代谢物数量过多能否调高筛选条件？最大能提高多少？

利用VIP&gt;1；p<0.05筛选出的差异代谢物数量太多了，能不能吧VIP的阈值提高至1.3或者1.5呢？

文章 第11期《基因家族分析实操培训班》邀您参加！

基因家族（Gene family），是来源于同一个祖先，由一个基因通过基因重复而产生两个或更多的拷贝而构成的一组基因，它们在结构和功能上具有明显的相似性，编码相似的蛋白质产物。 基因家族分析，一个老生常谈的分析内容...

问题 这个脚本如果直接从ensamble下载cds和pep还需要去提取吗，是不是可以直接转换格式

for species in Anser_brachyrhynchus Equus_caballus Homo_sapiens Mus_musculus Oryctolagus_cuniculus Ovis_aries_rambouillet Sus_scrofa.Sscrofa;do      genome=$datadir/$species.genome.fa.gz   gff=$datadir/$species.gff.gz   #保留蛋白编码基因   agat_sp_filter_feature_by_attribute_value...

文章 MUMmer + SVMU : CNVs

...ta .  echo "lastz ref.fa[multiple]  $query.fa[multiple] --chain --format=general:name1,strand1,start1,end1,name2,strand2,start2,end2 --ambiguous=iupac  &gt; $query.lastz.txt 2&gt; $query.lastz.log" &gt;&gt;lastz.cmds.sh  echo "svmu $query.delta ref.fa $query.fa h $query.lastz.txt $query &amp;&gt...

文章 MySQL报错：ERROR 2002 (HY000): Can't connect to local MySQL server through socket '/tmp/mysql.sock'

...ERROR 2002 (HY000): Can't connect to local MySQL server through socket '/tmp/mysql.sock' (2) 出现问题原因： 有可能是 my.cnf 配置文件中设置了 [mysqld] 的参数 socket ，而没有设置[client]的参数socket mysql.sock 文件有什么用： mysql 支持 socket 和 TCP/IP 连...

问题 老师，我想问一下，我在预测顺式作用元件时，在提取出来的基因上游1500bp的文件中，有的基因是这样的

&gt;PGSC0003DMG400010704 nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttttttttttaaaaaaaTGTTTAAG 前面出现的这些n正常吗？然后后面这种有些大写有些小写的也正常吗？

问题 fst_pi_select_sweep.r软件不可用

[root@eff2c0ebb6b8  08:44:02 /work/3.map/vcf]# fst_pi_select_sweep.r --fst F-G.fst  --pi1 FS_F.pi --pi2 FS_G.pi --zscore --log2 -A FS_F -B FS_G -c 0.05 -n fst-pi.F-vs-G  -f pdf bash: /work/3.map/scripts/fst_pi_select_sweep.r: /biosoft/miniconda/bin/Rscript: bad interpreter: No such file or direc...

文章 AI助手帮我解决如何修改kvm虚拟机root密码

...问题为例，看下AI的解决效果。 对话如下 ：https://www.doubao.com/thread/w986bf96b90261a31 这里给出了3种方法，我们选择使用第一种方法： 其中用到了virt-edit命令，我们顺便问下他的下载和使用： 我试了一下发现密码没有修改成...

文章 ImmuCellAI 免疫细胞估算，RNA-seq 和芯片数据

...计开发了一种T细胞亚型丰度预测算法 ImmuCellAI (Immune Cell Abundance Identifier)，并于2020年4月发表在AdvancedScience 杂志上 (IF = 15.8)。 在该分析方法中，ImmuCellAI能够基于RNA-Seq或芯片的转录组数据，准确地估计18种T细胞和6种其他类型...

文章 深入理解Linux shell中2>&1的含义 标准错误输出与输入

1 和 2 在 Linux 中代表什么 在Linux系统中0 1 2是一个文件描述符 从上表看的出来，我们平时使用的 echo "hello" &gt; t.log 其实也可以写成 echo "hello" 1&gt; t.log 关于2&gt;&amp;1的含义 关于输入/输出重定向本文就不细说了，不懂的...