...ows子系统 。利用虚拟化技术和Linux内核来实现其功能。相比较于Hyper —V可以提供更快的性能和完全的系统调用兼容性。 具体安装操作： 1. 开启CPU虚拟化 在主板BIOS中打开一下CPU的虚拟化功能。 操作详见教程：https://www.omicscl...
经常会遇到对bed文件或其他相关数据的排序，记录一下如何先按照染色体号排序，然后按照坐标位置排序。 sort -k1,1 -k2n file1 > file2 排序完成后如下：
...个界面，有不同组装完整的筛选，系统会自动为我们筛选比较好的基因组，一般来说我们选择level这一列中，测序水平最高的一组。就是黑色部分占据面积最多的哈~(比如下面)，size最大的一个就可以，点击Assembly列链接： ...
如题，请教。如何修改assign命令下blast的比对阈值？ qiime1的assign_taxonomy.py命令可以用uclust, blast, sortmerna, rdp等方法比对，同时可以通过修改一些比对的阈值来设置比对的‘门槛’。 但我发现，使用blast方法比对时的阈值，官网...
...片，生成的PDF也是空的，无法打开，想问一下这样的问题如何解决。 这是教程代码运行结果： 这是我电脑上的运行结果： 生成的pdf文件是0k并且无法打开： 代码都是一模一样的，软件也没有报错，但是就是没有输出图片...
TCGA数据下载完成后，运行prepare代码进行数据整理时报错，如图所示，如何解决？谢谢啦！
... 我用我的FPKM均值在MAPMAN上画图。如下 要如何分析每个途径有哪些上调，哪些下调，哪些先上调后下调，哪些先下调后上调？每个去看吗？会不会太主观了？有那么多个途径。求指教，或者能不能分享下经典的用MA...
...后gap的列后再进行数据分析： 0，不需要，但在序列两两比较的时候，还是会去除后进行比较； BDparas = 1 1 0.1 * birth, death, sampling；*设置出生率、死亡率和取样比例。若输入有根树文件中的时间单位发生改变，则需...
...mes_angle=45, #调节热图角度 hjust =1, #调整热图标签位置，解决文字与热图重叠问题。 ) pdf(file=paste(opt$outdir,"/",opt$name,".pdf",sep=""), height=opt$height, width=opt$width) print(p1) dev.off() 3.热图文件：m...
...低强度的信号点，刮擦的痕迹，背景太高等等，整个图像比较均一，背景均一。 基于affy包中的image()函数，对AffyBatch对象直接可以绘制出每一个样本芯片的灰度图， 以GSE66196数据为例，绘制第一个样本灰度图。 image(AffyBatch[,1])...
...itute，JGI）于2005年创立，是综合的微生物基因组数据库及比较分析系统。IMG收录了细菌、古菌、质粒、病毒以及少量真核生物基因组数据，其数据主要来源于NCBI的RefSeq数据库，但是增添了更加详细的注释信息，例如CRISPR序列、...
使用方法： 指定多个基因表达量做多因素cox回归分析，并构建预后模型，以及评估预后模型： $Rscript $scriptdir/multi_cox.r -h usage: /share/nas1/huangls/test/TCGA_immu/scripts/multi_cox.r [-h] -i data -t time -e event -v variate [variate ...] [...
...cut -d "(" -f1 > ko-gene 4. 和我们的基因-KO编号list文件进行比较 cut -d "|" -f1 KOlist | sed "s/\t/ /g" > kegg.kocat ko |while read -r line; do if grep -q " [[:space:]]*$line$" kegg.ko ; then echo "$line";else echo "false" ;fi ;done > result result文件里面如果...
R语言中如何依据rainbow取色？ rainbow()可以获取彩虹色板 rainbow(n, s = 1, v = 1, start = 0, end = max(1, n - 1)/n, alpha = 1) 例如，基于彩虹色渐变获取10个颜色,依次由red、yellow、green、cyan、green、blue 、magenta等顺序细化而成： > rainbow(10)...
...候选基因是在超出阈值线的区域吗？如果都没有超出，该如何解决，能否适当降低阈值，比如设90%置信区间，该怎么计算。（3）能否给出上面这个图的代码呢，大部分论文都是放的这种图，既然是重现文献课程。（４）BSA的欧...